187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3103 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  100 
 
 		 236 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  75.31 
 
 		 240 aa  355  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  73.95 
 
 		 237 aa  341  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  71.97 
 
 		 237 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  67.23 
 
 		 236 aa  314  6e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  72.17 
 
 		 238 aa  280  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  61.73 
 
 		 251 aa  266  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  67.81 
 
 		 241 aa  255  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  58.04 
 
 		 243 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  58.13 
 
 		 238 aa  244  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  55.82 
 
 		 242 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  57.77 
 
 		 243 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  56.33 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  54.58 
 
 		 241 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  53.54 
 
 		 193 aa  188  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  51.98 
 
 		 209 aa  187  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  42.75 
 
 		 247 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  40.4 
 
 		 237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  42.8 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  40.08 
 
 		 251 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  36.43 
 
 		 254 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  35.5 
 
 		 562 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  40.93 
 
 		 248 aa  115  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  38.82 
 
 		 274 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  39.39 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  37.07 
 
 		 559 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  39.06 
 
 		 241 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  37.13 
 
 		 997 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  37.65 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  38.4 
 
 		 225 aa  108  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  33.46 
 
 		 254 aa  108  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  37.56 
 
 		 447 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  38.05 
 
 		 454 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  35.53 
 
 		 561 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  39.18 
 
 		 452 aa  105  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  34.19 
 
 		 207 aa  102  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  36.92 
 
 		 255 aa  102  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  34.47 
 
 		 255 aa  100  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  33.97 
 
 		 246 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  34.75 
 
 		 570 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  37.56 
 
 		 449 aa  99.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  33.46 
 
 		 566 aa  98.6  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  36.99 
 
 		 453 aa  98.2  9e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  34.87 
 
 		 251 aa  97.1  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  30.4 
 
 		 244 aa  97.4  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  38.92 
 
 		 212 aa  95.9  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  34.85 
 
 		 258 aa  95.1  9e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  34.88 
 
 		 570 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  36.22 
 
 		 236 aa  92.4  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  37.04 
 
 		 235 aa  92.4  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  32.92 
 
 		 237 aa  92  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 692 aa  91.3  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  41.14 
 
 		 550 aa  90.9  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  32.87 
 
 		 449 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  35.32 
 
 		 652 aa  89.4  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  32.41 
 
 		 248 aa  89.7  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  33.49 
 
 		 250 aa  89.7  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  34.23 
 
 		 261 aa  88.2  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  33.2 
 
 		 578 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  33.17 
 
 		 234 aa  87  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  35.45 
 
 		 219 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  33.94 
 
 		 232 aa  86.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  31.6 
 
 		 260 aa  86.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  34.39 
 
 		 257 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  34.75 
 
 		 645 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 670 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.01 
 
 		 710 aa  82.8  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  32.39 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3979  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.83 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  32.26 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  31.87 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  31.96 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  33.04 
 
 		 638 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  30.8 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  31.51 
 
 		 213 aa  77.8  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.03 
 
 		 661 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  32.28 
 
 		 571 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.64 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  35.94 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  31.7 
 
 		 724 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  31.47 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  32.2 
 
 		 689 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2972  porin  30.28 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2867  porin  30 
 
 		 285 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.18 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  32.27 
 
 		 277 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.62 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  28.03 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  33.51 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  31.98 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  33.48 
 
 		 674 aa  72.4  0.000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  28.97 
 
 		 283 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2745  porin  30.63 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  31.51 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.94 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  30.8 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  29.49 
 
 		 693 aa  70.5  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  30.36 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  29.92 
 
 		 213 aa  70.1  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  30.17 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>