More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3078 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  100 
 
 		 215 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  63.51 
 
 		 213 aa  265  5e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  59.9 
 
 		 208 aa  234  7e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3497  hypothetical protein  64.77 
 
 		 215 aa  221  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00582186 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6118  hypothetical protein  52.36 
 
 		 222 aa  211  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  51.89 
 
 		 222 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  47.83 
 
 		 223 aa  194  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  52.71 
 
 		 231 aa  185  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  49.46 
 
 		 236 aa  184  8e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  48.77 
 
 		 224 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  46.08 
 
 		 224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  52.46 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  44.71 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7077  hypothetical protein  42.65 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5797  dimethylmenaquinone methyltransferase  48.24 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121139 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  42.65 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  47.47 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4429  hypothetical protein  47.64 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.436944 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  44.22 
 
 		 237 aa  159  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  42 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.13 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.4 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  47.4 
 
 		 450 aa  143  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.46 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  52.45 
 
 		 187 aa  139  4.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3787  Dimethylmenaquinone methyltransferase  44.66 
 
 		 227 aa  138  7.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.924473  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.7 
 
 		 233 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42 
 
 		 225 aa  128  6e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  53.17 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  35.03 
 
 		 212 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.36 
 
 		 231 aa  125  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  39.68 
 
 		 216 aa  122  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.15 
 
 		 205 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.97 
 
 		 232 aa  122  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4165  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.76 
 
 		 196 aa  121  8e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777049  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  34.76 
 
 		 212 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  34.52 
 
 		 246 aa  117  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.96 
 
 		 229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.21 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  36.27 
 
 		 231 aa  115  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  47.02 
 
 		 232 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  47.34 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  47.34 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.29 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.29 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  37.31 
 
 		 227 aa  112  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  34.22 
 
 		 224 aa  112  5e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  43.56 
 
 		 232 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3908  dimethylmenaquinone methyltransferase  45.14 
 
 		 203 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  34.72 
 
 		 229 aa  109  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.88 
 
 		 211 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.68 
 
 		 228 aa  108  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  39.25 
 
 		 235 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.02 
 
 		 212 aa  107  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  42.31 
 
 		 232 aa  106  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5802  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.62 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3170  demethylmenaquinone methyltransferase  44.44 
 
 		 203 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.685896  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.43 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  35.2 
 
 		 428 aa  104  1e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  36.2 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  38.24 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0457  Orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.95 
 
 		 426 aa  103  2e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  35.53 
 
 		 437 aa  102  4e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2644  hypothetical protein  37.78 
 
 		 529 aa  102  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.452342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.05 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  35.91 
 
 		 227 aa  102  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2615  hypothetical protein  37.78 
 
 		 509 aa  102  5e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2659  hypothetical protein  37.78 
 
 		 509 aa  102  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0329856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.14 
 
 		 230 aa  102  5e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3877  Dimethylmenaquinone methyltransferase  37.66 
 
 		 224 aa  101  8e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1224  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.32 
 
 		 226 aa  100  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.59 
 
 		 232 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.23 
 
 		 204 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  34.71 
 
 		 227 aa  99.4  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1403  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.59 
 
 		 438 aa  99  5e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.175956  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  36 
 
 		 227 aa  98.6  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0321  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.59 
 
 		 438 aa  98.2  7e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  32.65 
 
 		 237 aa  97.8  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  35.58 
 
 		 234 aa  97.4  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  34.5 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0516  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.62 
 
 		 438 aa  96.3  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.35671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1170  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.17 
 
 		 413 aa  95.9  4e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  37.42 
 
 		 227 aa  94.4  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  30.05 
 
 		 429 aa  94.7  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2121  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  38.98 
 
 		 428 aa  94.4  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  32.72 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5179  hypothetical protein  33.33 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1837  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.01 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4781  dimethylmenaquinone methyltransferase  37 
 
 		 220 aa  94  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593242  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4868  hypothetical protein  29.91 
 
 		 247 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.158749 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0590  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.41 
 
 		 206 aa  93.2  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246427  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3664  hypothetical protein  30.88 
 
 		 248 aa  92.4  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0707  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  37.13 
 
 		 428 aa  92.4  4e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172064 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0038  hypothetical protein  35.12 
 
 		 238 aa  92.8  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  35.11 
 
 		 227 aa  92  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00687  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.06 
 
 		 207 aa  92.4  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4321  hypothetical protein  32.95 
 
 		 227 aa  91.7  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0744  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  40.85 
 
 		 429 aa  90.9  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.225207  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.94 
 
 		 207 aa  90.1  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3520  hypothetical protein  30 
 
 		 489 aa  90.5  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>