More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3039 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3039  hypothetical protein  100 
 
 		 382 aa  757    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2484  ABC-2 type transporter  52.86 
 
 		 371 aa  379  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2863  ABC transporter, permease protein, putative  52.86 
 
 		 371 aa  379  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.633584  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2392  Fis family transcriptional regulator  52.32 
 
 		 387 aa  367  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.76466  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00590  ABC-2 type transport system hypothetical protein  51.74 
 
 		 380 aa  357  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0115211  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1478  ABC-2 type transporter  46.79 
 
 		 375 aa  356  5e-97  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1420  hypothetical protein  51.09 
 
 		 387 aa  353  2e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4063  ABC-2 type transporter  47.54 
 
 		 375 aa  352  8e-96  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1739  ABC-2 type transporter  53.24 
 
 		 377 aa  347  2e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3252  ABC-2 type transporter  47.01 
 
 		 375 aa  347  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3002  ABC-2 type transporter  45.97 
 
 		 375 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.871422 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1380  ABC-2 type transporter  47.35 
 
 		 368 aa  333  3e-90  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.607954  hitchhiker  0.00000190775 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  46.39 
 
 		 1106 aa  330  4e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0131  ABC-2 type transporter  45.58 
 
 		 378 aa  324  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.110874  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2368  hypothetical protein  43.56 
 
 		 379 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1796  ABC-2 type transporter  46.38 
 
 		 374 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4696  ABC-2 type transporter  45.82 
 
 		 384 aa  313  4.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508179  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2838  Fis family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 1171 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.360962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  44.14 
 
 		 385 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1284  ABC-2 type transporter  41.53 
 
 		 377 aa  306  4.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1491  ABC-2 type transporter  45.22 
 
 		 375 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8102  ABC-2 type transporter  44.69 
 
 		 379 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2422  ABC-2 type transporter  43.17 
 
 		 379 aa  299  5e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108502  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0851  inner membrane transport permease YbhS  41.26 
 
 		 376 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2559  ABC-2 type transporter, permease protein  43.2 
 
 		 377 aa  298  1e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0911  inner membrane transport permease YbhS  41.26 
 
 		 376 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0879  inner membrane transport permease YbhS  41.26 
 
 		 376 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.585114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0943  inner membrane transport permease YbhS  41.26 
 
 		 376 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0964  inner membrane transport permease YbhS  41.26 
 
 		 376 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1791  ABC-2 transporter component  44.12 
 
 		 376 aa  297  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00760  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.9 
 
 		 377 aa  296  4e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2849  ABC-2 type transporter  42.9 
 
 		 377 aa  296  4e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.478201  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0858  ABC-2 type transporter, permease protein  42.9 
 
 		 377 aa  296  4e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2850  ABC-2 type transporter  42.9 
 
 		 377 aa  296  4e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0149412 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0941  ABC-2 type transporter, permease protein  42.9 
 
 		 377 aa  296  4e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00777  hypothetical protein  42.9 
 
 		 377 aa  296  4e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0847  ABC-2 type transporter, permease protein  42.9 
 
 		 377 aa  296  4e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1519  ABC-2 type transporter  42.35 
 
 		 391 aa  295  6e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.762827  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0816  ABC-2 type transporter, permease protein  42.9 
 
 		 377 aa  295  8e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.658285 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2944  ABC-2 type transporter  42.35 
 
 		 391 aa  295  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.308426  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2814  ABC transporter, permease protein  41.42 
 
 		 391 aa  290  4e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1327  ABC-2 type transporter  42.35 
 
 		 384 aa  290  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2902  ABC-2 type transporter  41.42 
 
 		 391 aa  288  9e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.194373  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2513  ABC-2 type transporter  43.17 
 
 		 381 aa  286  4e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.865231  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  40.64 
 
 		 378 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0697  hypothetical protein  41.19 
 
 		 373 aa  282  5.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0715  hypothetical protein  41.19 
 
 		 373 aa  282  7.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1269  multidrug ABC transporter permease component  41.94 
 
 		 389 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0236284  normal  0.0534093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1018  ABC-2 type transporter  41.4 
 
 		 389 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1303  ABC-2 type transporter  41.13 
 
 		 389 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3707  ABC-2 type transporter  44.02 
 
 		 377 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0349  putative ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 		 364 aa  265  8e-70  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  39.57 
 
 		 377 aa  260  4e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  41.4 
 
 		 369 aa  259  4e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  37.33 
 
 		 377 aa  259  7e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0261  ABC transporter, permease protein, putative  36.81 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.822784  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  40.37 
 
 		 378 aa  251  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  39.26 
 
 		 378 aa  250  3e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  40.12 
 
 		 405 aa  245  8e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1294  ABC transporter, ATP-binding protein  39.63 
 
 		 378 aa  243  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.270477  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  37.32 
 
 		 377 aa  241  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  36.86 
 
 		 377 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  36.7 
 
 		 377 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  38.34 
 
 		 373 aa  230  4e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  36.22 
 
 		 376 aa  227  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  36.75 
 
 		 377 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  34.34 
 
 		 366 aa  223  4e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  35.44 
 
 		 376 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  37 
 
 		 376 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  36.54 
 
 		 376 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  35.11 
 
 		 376 aa  216  8e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  34.85 
 
 		 376 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3105  ABC-2 type transporter  35.55 
 
 		 427 aa  207  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  36.47 
 
 		 381 aa  204  2e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  34.89 
 
 		 369 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  33.33 
 
 		 375 aa  197  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  33.6 
 
 		 369 aa  197  3e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  29.79 
 
 		 376 aa  195  1e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1046  ABC-2 type transporter  29.86 
 
 		 383 aa  193  4e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  30.21 
 
 		 376 aa  191  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  30.4 
 
 		 376 aa  189  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  36.21 
 
 		 379 aa  187  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3308  ABC-2 type transporter  32.8 
 
 		 380 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3223  ABC-2 type transporter  32.8 
 
 		 380 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0649112  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  33.42 
 
 		 378 aa  186  6e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  31.52 
 
 		 377 aa  185  9e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  34.56 
 
 		 377 aa  184  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  29.23 
 
 		 368 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  33.51 
 
 		 376 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2837  ABC-2 type transporter  34.01 
 
 		 370 aa  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.273381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  30.27 
 
 		 371 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1079  putative ABC transporter ATP-binding protein or permease protein  33.33 
 
 		 375 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2485  ABC-2 type transporter  35.77 
 
 		 369 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2864  ABC transporter, permease protein, putative  35.77 
 
 		 369 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.141451  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0920  ABC-2 type transporter  35 
 
 		 376 aa  179  4.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518017 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2393  ABC-2 type transporter  34.94 
 
 		 369 aa  177  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  30.21 
 
 		 367 aa  176  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  30.91 
 
 		 384 aa  176  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  30.08 
 
 		 381 aa  176  7e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5640  ABC-2 type transporter  28.69 
 
 		 368 aa  176  8e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.332161 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>