135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2934 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2934  PilT protein-like  100 
 
 
144 aa  289  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.119744  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0871  putative plasmid stability-like protein  53.24 
 
 
137 aa  124  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852163  normal  0.0312935 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2919  PilT protein domain protein  50.74 
 
 
140 aa  117  4.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2534  PilT protein, N-terminal  44.44 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.641844  normal  0.62652 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0013  PilT protein-like  49.28 
 
 
140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4008  putative PilT-like protein  42.36 
 
 
163 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2539  PilT domain-containing protein  42.86 
 
 
136 aa  107  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.948556 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2873  PilT protein domain protein  44.78 
 
 
135 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6277  PilT protein domain protein  42.11 
 
 
135 aa  103  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.466445  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4712  Serine O-acetyltransferase  52.1 
 
 
209 aa  103  7e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4336  PilT protein-like  41.43 
 
 
141 aa  102  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.586249 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1602  PilT protein-like  45.11 
 
 
135 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1390  PilT domain-containing protein  43.88 
 
 
141 aa  101  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0505  putative plasmid stability protein  41.78 
 
 
145 aa  101  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3420  PilT protein domain protein  44.2 
 
 
137 aa  99.4  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0857  PilT protein  40 
 
 
140 aa  99  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.159356 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3962  PilT domain-containing protein  42.54 
 
 
137 aa  99  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.1997 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1999  PIN domain protein  40.3 
 
 
150 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0463072  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6402  PilT protein domain protein  40 
 
 
141 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1213  PilT domain-containing protein  43.18 
 
 
143 aa  95.1  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.401096 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4543  PilT protein domain protein  42.11 
 
 
136 aa  94.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4565  PilT protein domain protein  37.86 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3902  PilT domain-containing protein  38.52 
 
 
136 aa  93.6  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3903  PilT protein-like  39.26 
 
 
136 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4465  PilT domain-containing protein  39.26 
 
 
136 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5837  PilT domain-containing protein  39.26 
 
 
136 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.380144  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4364  PilT domain-containing protein  38.97 
 
 
136 aa  93.2  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3418  PilT protein, N-terminal  37.23 
 
 
150 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317439  normal  0.0554428 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2084  PilT protein-like protein  40.6 
 
 
135 aa  92  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.236876  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2039  PilT domain-containing protein  40 
 
 
140 aa  91.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.837298  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0679  putative plasmid stability protein  40.44 
 
 
145 aa  90.5  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.536522  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5262  PilT protein domain protein  39.01 
 
 
142 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0679342  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1397  PilT protein-like  35.29 
 
 
137 aa  88.6  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00639192  normal  0.0193425 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1823  PilT domain-containing protein  37.06 
 
 
142 aa  88.6  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.402154  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2839  nucleic acid-binding protein contains PIN domain  36.96 
 
 
140 aa  88.2  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4581  PilT protein-like  40.14 
 
 
140 aa  87.4  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.766949  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4749  PilT domain-containing protein  41.48 
 
 
141 aa  87  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0624  PilT protein-like  43.07 
 
 
141 aa  85.9  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.810517  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4284  prevent-host-death protein  38.19 
 
 
145 aa  85.9  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.600657  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4538  PilT protein domain protein  38.89 
 
 
140 aa  84.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.104439 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4833  PilT protein-like  36.23 
 
 
139 aa  83.6  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3333  PilT domain-containing protein  36.23 
 
 
139 aa  83.6  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4182  PilT domain-containing protein  36.23 
 
 
139 aa  83.6  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9108  pilT protein, N-terminal  35.56 
 
 
143 aa  83.6  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4574  PilT domain-containing protein  38.46 
 
 
147 aa  82.4  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0680986  normal  0.0209411 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0713  PilT domain-containing protein  35.92 
 
 
141 aa  82  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000185206  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5170  PilT protein domain protein  39.86 
 
 
147 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2339  PilT protein domain protein  37.59 
 
 
141 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2733  PilT protein-like  35 
 
 
145 aa  79.3  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.489446  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1400  PilT protein domain protein  35.86 
 
 
140 aa  79.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.310156 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1430  hypothetical protein  40.2 
 
 
117 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87225  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0074  PilT protein domain protein  34.31 
 
 
139 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5181  PilT domain-containing protein  33.82 
 
 
136 aa  74.7  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895046  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3163  PilT protein domain protein  34.56 
 
 
139 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.732092  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1545  plasmid stabilization protein StbB-like  35.62 
 
 
151 aa  72.4  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00762824 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2505  PilT protein domain protein  36.05 
 
 
142 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1526  PilT protein domain protein  34.56 
 
 
138 aa  70.9  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2018  PilT domain-containing protein  34.29 
 
 
145 aa  68.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0657956  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3556  PilT domain-containing protein  41.18 
 
 
165 aa  68.2  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0469  PilT domain-containing protein  35.71 
 
 
141 aa  67  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5841  PilT domain-containing protein  35.51 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2795  PilT domain-containing protein  34.29 
 
 
140 aa  67  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.517688  normal  0.128803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3850  putative plasmid stabilization protein  33.08 
 
 
144 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3697  PilT protein domain protein  33.09 
 
 
138 aa  64.7  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1456  PilT protein domain protein  32.37 
 
 
139 aa  63.5  0.0000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.208651  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1780  plasmid stability protein, putative  32.37 
 
 
139 aa  63.5  0.0000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4028  PilT protein domain protein  32.17 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3767  PilT domain-containing protein  32.61 
 
 
140 aa  60.5  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546918  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1362  plasmid stability protein, putative  34.27 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00298137  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4575  PilT protein-like  34.78 
 
 
137 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3474  PilT domain-containing protein  31.65 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3569  PilT protein domain protein  33.58 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0018  plasmid stability protein StbB  31.69 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0242004  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3079  PilT protein-like  30.94 
 
 
146 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.046913  normal  0.55485 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0630  PilT protein domain protein  32.35 
 
 
137 aa  57.4  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.317071 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2468  PilT protein domain protein  31.25 
 
 
135 aa  57.4  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0500169  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23550  predicted nucleic acid-binding protein, contains PIN domain protein  33.09 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.46968  normal  0.640927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3346  PilT protein-like  30.94 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.732175  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4674  PilT protein domain protein  35.77 
 
 
141 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0576  PilT protein-like  36.61 
 
 
121 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0057  PilT protein domain protein  31.21 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.033229 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3455  PilT protein, N-terminal  31.72 
 
 
144 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1880  PilT-type plasmid stability protein  29.71 
 
 
140 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3575  PilT protein domain protein  31.91 
 
 
140 aa  55.1  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00704853  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3379  PilT domain-containing protein  38.3 
 
 
144 aa  55.1  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0721689  normal  0.597775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3889  PilT domain-containing protein  30.82 
 
 
142 aa  54.7  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0792  nucleic acid binding protein  32.41 
 
 
155 aa  54.3  0.0000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.705991  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0091  PilT protein-like  33.09 
 
 
144 aa  53.5  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3797  PilT domain-containing protein  32.68 
 
 
151 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0805  PilT protein-like  35.71 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.402403 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4710  PilT domain-containing protein  32.19 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552962 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0896  PilT protein-like  33.56 
 
 
139 aa  52.4  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3027  PilT protein domain protein  30.22 
 
 
140 aa  52  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4188  PilT domain-containing protein  32.19 
 
 
139 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.990127  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3192  PilT domain-containing protein  31.16 
 
 
141 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0076  PilT protein domain protein  33.09 
 
 
140 aa  52.8  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.379626  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2302  plasmid stabilization protein  29.71 
 
 
142 aa  52.4  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.171886  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7721  plasmid stability protein  32.37 
 
 
140 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.859418 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4019  PilT protein-like  30.28 
 
 
144 aa  51.2  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1070  PilT protein-like protein  29.45 
 
 
145 aa  51.6  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>