170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2788 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  100 
 
 
578 aa  1179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  40.67 
 
 
997 aa  348  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  42.56 
 
 
561 aa  196  7e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  41.87 
 
 
562 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  41.96 
 
 
559 aa  191  3e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  39.35 
 
 
570 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  39.34 
 
 
570 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  38.49 
 
 
566 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6126  putative outer membrane protein  37.58 
 
 
577 aa  169  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  37.03 
 
 
571 aa  166  9e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  35.22 
 
 
583 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  1.22606e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  35.37 
 
 
255 aa  130  7e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  36.65 
 
 
254 aa  112  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  35.62 
 
 
693 aa  107  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  35.93 
 
 
254 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  33.05 
 
 
255 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  31.98 
 
 
232 aa  100  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  36.78 
 
 
242 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.76 
 
 
244 aa  98.6  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  33.99 
 
 
243 aa  98.6  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  34.44 
 
 
246 aa  98.6  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  37.6 
 
 
238 aa  97.8  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  33.15 
 
 
274 aa  97.4  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  32.62 
 
 
250 aa  97.1  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  35.02 
 
 
251 aa  95.1  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  34.4 
 
 
236 aa  94.7  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  32.19 
 
 
248 aa  94  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  33.9 
 
 
245 aa  93.6  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  32.6 
 
 
229 aa  92.4  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  34.01 
 
 
243 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  35 
 
 
241 aa  91.3  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  28.79 
 
 
228 aa  91.3  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  32.81 
 
 
250 aa  91.3  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  33.61 
 
 
240 aa  91.3  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.2 
 
 
236 aa  90.9  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  31.17 
 
 
689 aa  90.9  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.05 
 
 
661 aa  90.5  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  31.2 
 
 
258 aa  89  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  29.92 
 
 
724 aa  88.6  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  31.95 
 
 
670 aa  88.6  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  32.35 
 
 
237 aa  88.6  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  30.86 
 
 
237 aa  88.2  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  29.71 
 
 
638 aa  88.6  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.98 
 
 
243 aa  88.2  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  34.66 
 
 
234 aa  88.2  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  37.65 
 
 
598 aa  88.2  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  30.42 
 
 
453 aa  87.4  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  35.09 
 
 
245 aa  87.4  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  32.76 
 
 
234 aa  87.4  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  29.2 
 
 
652 aa  87  9e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  33.33 
 
 
260 aa  86.7  1e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  33.71 
 
 
248 aa  86.3  2e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  29.66 
 
 
240 aa  85.5  2e-15  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  29.8 
 
 
447 aa  86.3  2e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  30.47 
 
 
239 aa  85.9  2e-15  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  31.45 
 
 
237 aa  85.1  3e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  32.16 
 
 
193 aa  85.5  3e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  32.79 
 
 
240 aa  84.3  5e-15  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  32.03 
 
 
662 aa  84.7  5e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  31.56 
 
 
240 aa  84.7  5e-15  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  31.88 
 
 
237 aa  84.3  6e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  28.24 
 
 
230 aa  84  7e-15  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  28.24 
 
 
230 aa  84  7e-15  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  34.03 
 
 
692 aa  83.2  1e-14  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  31.78 
 
 
235 aa  82.8  1e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  30.89 
 
 
258 aa  82.4  2e-14  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  32.17 
 
 
680 aa  82  3e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  32.8 
 
 
710 aa  81.3  5e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  28.57 
 
 
452 aa  80.5  7e-14  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  34.5 
 
 
550 aa  80.5  7e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  27.97 
 
 
207 aa  79.7  1e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  32.31 
 
 
236 aa  79.7  1e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  28.28 
 
 
645 aa  80.1  1e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  30.18 
 
 
283 aa  79.3  2e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  34.86 
 
 
238 aa  79.3  2e-13  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  33.48 
 
 
247 aa  79.3  2e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  34.29 
 
 
241 aa  78.2  3e-13  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  35.67 
 
 
241 aa  77.8  5e-13  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  32.91 
 
 
674 aa  77.8  6e-13  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  32.92 
 
 
257 aa  77.4  6e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  29 
 
 
225 aa  76.6  1e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  34.1 
 
 
229 aa  76.3  1e-12  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  28.45 
 
 
225 aa  76.3  1e-12  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  31.03 
 
 
207 aa  76.6  1e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  35.36 
 
 
215 aa  75.5  2e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  1.70273e-05 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  30.54 
 
 
258 aa  75.5  2e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  30.61 
 
 
665 aa  74.3  5e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  29.37 
 
 
251 aa  73.6  9e-12  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  31.16 
 
 
228 aa  73.6  1e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  34.07 
 
 
207 aa  73.6  1e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  31.76 
 
 
251 aa  73.2  1e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  31.16 
 
 
228 aa  73.2  1e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  28.57 
 
 
449 aa  72.8  2e-11  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  28.94 
 
 
236 aa  72.4  2e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  29.66 
 
 
261 aa  72.8  2e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  27.6 
 
 
454 aa  71.6  4e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  28.69 
 
 
251 aa  70.9  7e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  32.14 
 
 
212 aa  68.9  2e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  32.26 
 
 
703 aa  67.8  5e-10  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  30.8 
 
 
703 aa  67.8  6e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.725177 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>