More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2586 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2147  outer membrane autotransporter barrel domain protein  77.78 
 
 
1134 aa  1787    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3437  Outer membrane autotransporter  75.39 
 
 
1179 aa  1673    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0360967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2586  Outer membrane autotransporter barrel  100 
 
 
1154 aa  2303    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.501537  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2017  Outer membrane autotransporter barrel  78.41 
 
 
1156 aa  1823    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.375408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2102  outer membrane autotransporter  24.32 
 
 
1006 aa  184  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1650  autotransporter, putative  26.44 
 
 
1055 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4232  beta strand repeat-containing protein  32.76 
 
 
1446 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.819177  normal  0.109622 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3733  Outer membrane autotransporter barrel  26.51 
 
 
1038 aa  170  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.311183 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1649  autotransporter, putative  25.07 
 
 
1001 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6125  beta strand repeat-containing protein  31.18 
 
 
1325 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3734  Outer membrane autotransporter barrel  24.98 
 
 
1001 aa  164  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29394 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3549  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.17 
 
 
1125 aa  146  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2683  Outer membrane autotransporter barrel  24.32 
 
 
983 aa  145  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.525643  hitchhiker  0.000404465 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4738  outer membrane autotransporter  24.84 
 
 
1004 aa  142  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2684  Outer membrane autotransporter barrel  25.11 
 
 
1028 aa  140  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.335444  unclonable  0.0000368637 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4538  outer membrane autotransporter barrel domain protein  31.59 
 
 
710 aa  137  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1004  beta strand repeat-containing protein  24.78 
 
 
909 aa  127  8.000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1611  putative serine protease  23.87 
 
 
991 aa  126  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18630  putative serine protease  24.31 
 
 
995 aa  125  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.169589 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2954  autotransporter-associated beta strand repeat protein  26.95 
 
 
947 aa  124  7e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154236  hitchhiker  0.00450699 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0308  beta strand repeat-containing protein  28.29 
 
 
970 aa  123  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000319801  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4737  outer membrane autotransporter  24.09 
 
 
1033 aa  123  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2063  autotransporter beta-domain-containing protein  26.69 
 
 
954 aa  122  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.217829  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0206  beta strand repeat-containing protein  28.07 
 
 
970 aa  122  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0340  serine protease  28.29 
 
 
949 aa  121  7.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.000000485293  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1114  serine protease  27.26 
 
 
965 aa  121  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0955353  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0234  serine protease  27.78 
 
 
998 aa  120  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.249897  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4035  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase Dut  33.33 
 
 
994 aa  111  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.565458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24360  hypothetical protein  27.65 
 
 
974 aa  108  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.861832  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0135  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.12 
 
 
910 aa  103  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3844  outer membrane autotransporter barrel domain protein  23.06 
 
 
926 aa  103  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01745  serine protease  29.85 
 
 
942 aa  102  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2701  outer membrane autotransporter barrel domain protein  25.55 
 
 
906 aa  99.8  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000419199  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0273  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.71 
 
 
754 aa  95.9  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.424626 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0245  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  32.24 
 
 
882 aa  95.1  6e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.983074  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4226  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.66 
 
 
1454 aa  92.8  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.542738  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4066  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.46 
 
 
1081 aa  92.8  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.392825  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1928  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.94 
 
 
452 aa  92.8  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0488  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.24 
 
 
577 aa  92.4  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.718847  normal  0.491604 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1099  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  26.39 
 
 
495 aa  92  6e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0536343  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0365  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.05 
 
 
487 aa  90.1  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0256  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  32.08 
 
 
868 aa  89.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7520  outer membrane autotransporter domain-containing protein  26.48 
 
 
1177 aa  89  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0787  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.8 
 
 
612 aa  88.2  8e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17620  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.09 
 
 
595 aa  86.3  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2277  outer membrane autotransporter  29.89 
 
 
980 aa  84  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00703  serine protease  28.05 
 
 
911 aa  84  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.585891  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0364  subtilisin-like serine protease-like  27.83 
 
 
692 aa  82.8  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75506  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0552  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.57 
 
 
490 aa  81.6  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0931  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.38 
 
 
500 aa  81.6  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143808  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0488  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.62 
 
 
774 aa  81.3  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.510592  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2188  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.04 
 
 
415 aa  80.9  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.180724  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0357  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.87 
 
 
577 aa  80.5  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4060  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.08 
 
 
627 aa  80.1  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0156752  normal  0.194218 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0527  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.6 
 
 
688 aa  79.3  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.841411  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2354  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.76 
 
 
453 aa  79  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0234  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  31.13 
 
 
852 aa  78.6  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0664  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.09 
 
 
689 aa  77.4  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.38238  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1837  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.55 
 
 
770 aa  77.4  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00570496  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2173  Outer membrane autotransporter barrel  27.11 
 
 
1180 aa  77.4  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.193519  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1062  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.64 
 
 
710 aa  76.6  0.000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00000196875  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0449  Outer membrane autotransporter barrel  24.59 
 
 
816 aa  77.4  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.761733 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0783  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.06 
 
 
597 aa  75.9  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1068  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.26 
 
 
682 aa  75.9  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2865  outer membrane autotransporter  26.52 
 
 
994 aa  75.5  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1295  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.94 
 
 
639 aa  75.5  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0223  FHA domain-containing protein  24.65 
 
 
513 aa  75.1  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.443938 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2098  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.67 
 
 
426 aa  74.7  0.000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1185  subtilisin-like serine protease-like  30.77 
 
 
891 aa  73.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1203  outer membrane autotransporter  23.41 
 
 
1769 aa  73.6  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.58 
 
 
797 aa  73.2  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1417  serine protease  27.22 
 
 
1175 aa  72.8  0.00000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1371  serine protease  26.04 
 
 
1121 aa  72.8  0.00000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1566  Outer membrane autotransporter barrel  25.11 
 
 
1119 aa  72.4  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1888  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.68 
 
 
626 aa  72.4  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.67203  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1891  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.64 
 
 
626 aa  72.4  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5739  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  27.33 
 
 
298 aa  72  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.750481  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0678  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.14 
 
 
510 aa  72  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0623565  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5268  putative outer membrane autotransporter barrel  25.6 
 
 
1078 aa  71.6  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.362559 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2826  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.98 
 
 
718 aa  71.6  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.460965  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0162  subtilisin-like serine proteases-like  24.32 
 
 
576 aa  71.6  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.107211  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1864  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.83 
 
 
316 aa  71.2  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1456  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  23.81 
 
 
594 aa  71.2  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.661246  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1306  outer membrane autotransporter barrel domain protein  23.38 
 
 
1489 aa  70.5  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5200  autotransporter, putative  24.55 
 
 
986 aa  70.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0453  outer membrane autotransporter  38.1 
 
 
959 aa  70.5  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2600  subtilisin-like serine protease-like  26.99 
 
 
1315 aa  70.5  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0639979  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1827  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.64 
 
 
1054 aa  70.5  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.426628  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1829  intracellular serine protease  25.91 
 
 
316 aa  69.7  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH01120  Kex protein, putative  27.18 
 
 
917 aa  69.7  0.0000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0397465  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3306  intracellular serine protease  26.25 
 
 
315 aa  69.7  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151465 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1859  intracellular serine protease  25.91 
 
 
316 aa  69.3  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.749891  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1813  intracellular serine protease  25.91 
 
 
316 aa  69.3  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5638  Outer membrane autotransporter barrel  24.81 
 
 
488 aa  69.3  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190969  normal  0.144242 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2001  intracellular serine protease  25.91 
 
 
316 aa  69.3  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3593  subtilisin Carlsberg  26.02 
 
 
298 aa  68.9  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.940861  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2081  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.53 
 
 
848 aa  68.9  0.0000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1788  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.53 
 
 
635 aa  68.6  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0336  Outer membrane autotransporter barrel  24.43 
 
 
995 aa  68.9  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.988518 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1327  serine protease  26.25 
 
 
1131 aa  68.6  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>