More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2568 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  77.4 
 
 		 490 aa  695    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  76.52 
 
 		 461 aa  673    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  81.92 
 
 		 463 aa  750    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  79.96 
 
 		 460 aa  753    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 		 464 aa  923    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  82.14 
 
 		 522 aa  767    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  81.49 
 
 		 487 aa  726    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  53.41 
 
 		 463 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  53.78 
 
 		 518 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  54.13 
 
 		 497 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  54.13 
 
 		 488 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  53.32 
 
 		 488 aa  442  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  50 
 
 		 478 aa  437  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  50.79 
 
 		 480 aa  434  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  49.89 
 
 		 489 aa  432  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  49.23 
 
 		 463 aa  412  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.58 
 
 		 483 aa  396  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  47.73 
 
 		 472 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  54.52 
 
 		 553 aa  387  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  47.19 
 
 		 472 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  48.54 
 
 		 472 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  45.92 
 
 		 469 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  47.05 
 
 		 438 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.28 
 
 		 461 aa  329  7e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.72 
 
 		 464 aa  323  3e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.47 
 
 		 456 aa  322  6e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40 
 
 		 538 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  40.22 
 
 		 452 aa  301  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  40.22 
 
 		 456 aa  300  3e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.15 
 
 		 455 aa  295  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  37.25 
 
 		 472 aa  290  3e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.91 
 
 		 517 aa  239  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.79 
 
 		 462 aa  230  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.07 
 
 		 494 aa  229  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.81 
 
 		 497 aa  226  8e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.67 
 
 		 497 aa  225  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.75 
 
 		 462 aa  224  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.06 
 
 		 485 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  34.14 
 
 		 466 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.43 
 
 		 465 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  33.56 
 
 		 456 aa  199  7e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.92 
 
 		 466 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.18 
 
 		 428 aa  195  1e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.88 
 
 		 562 aa  192  8e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.96 
 
 		 497 aa  189  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.74 
 
 		 477 aa  188  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.42 
 
 		 492 aa  181  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.71 
 
 		 460 aa  179  7e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.95 
 
 		 405 aa  170  6e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.51 
 
 		 464 aa  169  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.51 
 
 		 473 aa  154  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.33 
 
 		 449 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.4 
 
 		 538 aa  146  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.73 
 
 		 446 aa  135  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  26.07 
 
 		 436 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  24.94 
 
 		 423 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  25.31 
 
 		 432 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  24.29 
 
 		 469 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.82 
 
 		 442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.28 
 
 		 444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  24.64 
 
 		 436 aa  129  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  25.12 
 
 		 445 aa  125  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.39 
 
 		 471 aa  124  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  25.61 
 
 		 425 aa  124  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.98 
 
 		 484 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.09 
 
 		 501 aa  123  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  24.17 
 
 		 471 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.78 
 
 		 473 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.08 
 
 		 470 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.75 
 
 		 472 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.78 
 
 		 473 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.44 
 
 		 468 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  25.64 
 
 		 430 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.17 
 
 		 472 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.96 
 
 		 524 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.89 
 
 		 470 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.8 
 
 		 431 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.54 
 
 		 475 aa  119  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.95 
 
 		 472 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.52 
 
 		 455 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.07 
 
 		 519 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.35 
 
 		 466 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.36 
 
 		 471 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.36 
 
 		 471 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.36 
 
 		 471 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  23.84 
 
 		 423 aa  117  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  25.18 
 
 		 440 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.71 
 
 		 450 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  23.71 
 
 		 469 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.33 
 
 		 471 aa  113  9e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.33 
 
 		 475 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.83 
 
 		 472 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.76 
 
 		 461 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.52 
 
 		 476 aa  111  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.22 
 
 		 459 aa  110  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.62 
 
 		 446 aa  109  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.61 
 
 		 456 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.18 
 
 		 445 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.1 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.73 
 
 		 456 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>