More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2557 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  78.29 
 
 
482 aa  697    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  75.47 
 
 
494 aa  682    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  72.75 
 
 
507 aa  660    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  77.85 
 
 
482 aa  727    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
484 aa  952    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  78.51 
 
 
482 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  79.38 
 
 
494 aa  730    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  55.17 
 
 
499 aa  462  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.78 
 
 
470 aa  412  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.88 
 
 
531 aa  410  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  40.93 
 
 
474 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  40.85 
 
 
474 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.4 
 
 
502 aa  277  4e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.43 
 
 
479 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.26 
 
 
471 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.29 
 
 
464 aa  262  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
460 aa  261  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.58 
 
 
471 aa  258  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  38.46 
 
 
480 aa  256  5e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.98 
 
 
484 aa  249  7e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  36.67 
 
 
467 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.63 
 
 
464 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.83 
 
 
467 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  38.24 
 
 
470 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.02 
 
 
462 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  33.68 
 
 
503 aa  239  9e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.58 
 
 
496 aa  239  9e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.58 
 
 
496 aa  239  9e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.24 
 
 
461 aa  238  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.76 
 
 
479 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.42 
 
 
481 aa  231  3e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.05 
 
 
479 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  34.09 
 
 
512 aa  229  8e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.26 
 
 
519 aa  229  9e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.2 
 
 
515 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.36 
 
 
513 aa  224  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.78 
 
 
512 aa  223  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.89 
 
 
486 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  31.68 
 
 
569 aa  216  5e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.63 
 
 
504 aa  216  9e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.05 
 
 
497 aa  216  9e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.97 
 
 
504 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
509 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.77 
 
 
531 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.66 
 
 
483 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.34 
 
 
532 aa  212  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.5 
 
 
500 aa  212  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.55 
 
 
489 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.86 
 
 
525 aa  211  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.98 
 
 
501 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.7 
 
 
504 aa  209  7e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.34 
 
 
483 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.23 
 
 
496 aa  209  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.89 
 
 
477 aa  208  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.41 
 
 
477 aa  208  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.75 
 
 
529 aa  207  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.59 
 
 
486 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.99 
 
 
470 aa  207  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.55 
 
 
496 aa  207  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
518 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.49 
 
 
484 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1941  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.85 
 
 
497 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211357  normal  0.0401761 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.79 
 
 
512 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.83 
 
 
473 aa  204  2e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
484 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  29.77 
 
 
495 aa  204  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.75 
 
 
475 aa  203  6e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.67 
 
 
464 aa  202  8e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
505 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.51 
 
 
479 aa  202  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.19 
 
 
537 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.71 
 
 
525 aa  201  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.51 
 
 
489 aa  201  3e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.61 
 
 
476 aa  201  3e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.3 
 
 
459 aa  200  5e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.69 
 
 
469 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  34.98 
 
 
479 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.51 
 
 
432 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.98 
 
 
485 aa  198  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.28 
 
 
497 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.35 
 
 
478 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  32.63 
 
 
485 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.04 
 
 
483 aa  196  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.13 
 
 
484 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.29 
 
 
511 aa  196  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
482 aa  196  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  30.21 
 
 
547 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.13 
 
 
484 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6990  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.77 
 
 
479 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0598431  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31 
 
 
484 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.83 
 
 
480 aa  195  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.02 
 
 
472 aa  195  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.45 
 
 
533 aa  195  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  32.42 
 
 
485 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.37 
 
 
484 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.62 
 
 
479 aa  195  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.84 
 
 
471 aa  194  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.1 
 
 
511 aa  194  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.67 
 
 
515 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  32.44 
 
 
511 aa  194  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>