More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2496 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 267 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  86.69 
 
 		 263 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  86.69 
 
 		 276 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  84.03 
 
 		 263 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  81.37 
 
 		 266 aa  456  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  81.37 
 
 		 263 aa  451  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  79.85 
 
 		 266 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  71.76 
 
 		 262 aa  394  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  63.36 
 
 		 262 aa  358  6e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  65.12 
 
 		 279 aa  356  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  64.73 
 
 		 260 aa  356  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  64.62 
 
 		 260 aa  350  1e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  63.22 
 
 		 261 aa  350  1e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  64.64 
 
 		 263 aa  343  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  65.15 
 
 		 264 aa  343  1e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  63.5 
 
 		 263 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  67.44 
 
 		 258 aa  338  5e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  62.99 
 
 		 263 aa  336  2.9999999999999997e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  62.4 
 
 		 258 aa  334  7e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  60.46 
 
 		 263 aa  329  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  59.54 
 
 		 270 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  58.94 
 
 		 262 aa  308  4e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  58.91 
 
 		 259 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  57.63 
 
 		 264 aa  306  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  58.53 
 
 		 259 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  57.63 
 
 		 264 aa  305  7e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  55.6 
 
 		 263 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  55.6 
 
 		 263 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  57.25 
 
 		 264 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  56.2 
 
 		 259 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  55.86 
 
 		 262 aa  293  3e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  53.53 
 
 		 268 aa  292  4e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  55.6 
 
 		 266 aa  291  1e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  55.81 
 
 		 261 aa  290  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  55.04 
 
 		 259 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  55.17 
 
 		 261 aa  285  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  56.32 
 
 		 264 aa  279  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  51.92 
 
 		 258 aa  274  1.0000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  51.74 
 
 		 261 aa  271  8.000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  51.35 
 
 		 259 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  52.09 
 
 		 303 aa  267  1e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  52.29 
 
 		 271 aa  262  4e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  50.58 
 
 		 260 aa  261  8.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  49.81 
 
 		 255 aa  258  6e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  51.75 
 
 		 262 aa  257  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  49.62 
 
 		 270 aa  255  6e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  50.97 
 
 		 269 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  49.62 
 
 		 256 aa  251  7e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 263 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  47.92 
 
 		 270 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  49.24 
 
 		 264 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  49.04 
 
 		 260 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  49.23 
 
 		 264 aa  248  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  45.95 
 
 		 264 aa  244  6.999999999999999e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0675  exodeoxyribonuclease III  43.06 
 
 		 281 aa  244  9.999999999999999e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.107108  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  49.61 
 
 		 255 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  46.15 
 
 		 259 aa  241  6e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  46.36 
 
 		 308 aa  241  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  47.53 
 
 		 256 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  49.42 
 
 		 255 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  46.97 
 
 		 283 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  47.69 
 
 		 265 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  47.31 
 
 		 257 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  47.31 
 
 		 256 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  47.15 
 
 		 284 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  46.92 
 
 		 265 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  48.06 
 
 		 256 aa  234  8e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  46.18 
 
 		 259 aa  234  8e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  45.14 
 
 		 260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  45.77 
 
 		 272 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  46.54 
 
 		 265 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  47.31 
 
 		 261 aa  231  9e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  45.66 
 
 		 260 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  46.92 
 
 		 266 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  44.96 
 
 		 274 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0371  exodeoxyribonuclease III  42.09 
 
 		 279 aa  226  4e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.226435  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  43.85 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  45.35 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  45 
 
 		 256 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1001  exodeoxyribonuclease III  42.52 
 
 		 259 aa  220  1.9999999999999999e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0471864  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  47.71 
 
 		 258 aa  220  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  44.74 
 
 		 265 aa  220  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 		 257 aa  220  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  43.02 
 
 		 277 aa  218  6e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  44.44 
 
 		 256 aa  217  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  43.02 
 
 		 322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  42.37 
 
 		 256 aa  215  5e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  42.8 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  42.8 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  42.8 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  42.8 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  42.8 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  41.83 
 
 		 279 aa  214  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  43.68 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  42.8 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  42.41 
 
 		 258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  42.02 
 
 		 258 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  40.54 
 
 		 261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  42.91 
 
 		 254 aa  210  2e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.616331  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  39.92 
 
 		 255 aa  209  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>