114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2344 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2344  hypothetical protein  100 
 
 
520 aa  1034    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.576103  normal  0.151104 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2942  hypothetical protein  48.64 
 
 
575 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2501  hypothetical protein  48.92 
 
 
588 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.732185 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3448  hypothetical protein  51.72 
 
 
537 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3881  hypothetical protein  46.88 
 
 
568 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.285346 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2106  hypothetical protein  50.5 
 
 
503 aa  414  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1584  hypothetical protein  47.9 
 
 
493 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.871855  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1376  hypothetical protein  34.79 
 
 
419 aa  199  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3965  hypothetical protein  34.68 
 
 
520 aa  194  3e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0922  hypothetical protein  33.18 
 
 
408 aa  188  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2818  hypothetical protein  51.7 
 
 
536 aa  160  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2782  hypothetical protein  51.37 
 
 
503 aa  160  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519133  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2723  hypothetical protein  47.88 
 
 
455 aa  159  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4300  hypothetical protein  50.76 
 
 
519 aa  156  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3408  hypothetical protein  52 
 
 
496 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0116345  normal  0.112401 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1284  hypothetical protein  52.9 
 
 
418 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257674  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1744  hypothetical protein  52.38 
 
 
411 aa  150  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54810  hypothetical protein  44.91 
 
 
347 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000274874  hitchhiker  6.2392400000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4791  hypothetical protein  44.91 
 
 
354 aa  147  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3470  hypothetical protein  45.64 
 
 
330 aa  146  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000424807  hitchhiker  0.00000991217 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0980  hypothetical protein  45.77 
 
 
361 aa  142  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.278264  normal  0.0591263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1779  hypothetical protein  40.62 
 
 
344 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3099  hypothetical protein  41.79 
 
 
349 aa  126  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.482447  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3070  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  31.91 
 
 
230 aa  85.5  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.428129  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2111  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
215 aa  81.6  0.00000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.405702 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0947  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.6 
 
 
247 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1503  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.05 
 
 
250 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0832  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.14 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.524335  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.56 
 
 
243 aa  77.4  0.0000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0420468 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0905  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.61 
 
 
187 aa  73.6  0.000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1263  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.17 
 
 
235 aa  72.4  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0385  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.78 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0310092  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.68 
 
 
309 aa  58.5  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3630  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.79 
 
 
211 aa  57.4  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2919  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.15 
 
 
210 aa  57  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265535  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2361  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.21 
 
 
142 aa  56.6  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0110232 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1577  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33.33 
 
 
303 aa  56.6  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000893286  normal  0.294184 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3373  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  36.27 
 
 
270 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5042  hitchhiker  0.00517308 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.8 
 
 
291 aa  56.6  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000029403  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0082  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.38 
 
 
368 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4027  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.27 
 
 
260 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2016  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  34.29 
 
 
253 aa  56.2  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.382992 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0164  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
219 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3565  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.31 
 
 
294 aa  55.1  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229432  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0546  hypothetical protein  33.01 
 
 
266 aa  55.1  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1842  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.91 
 
 
183 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0087761  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1237  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  47.95 
 
 
184 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5913  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
209 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3286  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  34.29 
 
 
251 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0799688  normal  0.416162 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1402  hypothetical protein  31.31 
 
 
276 aa  53.9  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2119  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.34 
 
 
142 aa  53.9  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240508 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2743  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33 
 
 
269 aa  53.9  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.68 
 
 
278 aa  53.9  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000908265  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.43 
 
 
171 aa  52.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550997  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0475  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.74 
 
 
292 aa  53.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.216205  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1366  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.69 
 
 
281 aa  53.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3023  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.66 
 
 
214 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00777053  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0722  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.27 
 
 
144 aa  52.8  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.728522  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1550  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.63 
 
 
278 aa  52.8  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000794871 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2795  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.76 
 
 
214 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.25 
 
 
209 aa  52.4  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.343  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2689  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.61 
 
 
278 aa  52.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.287545  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6152  hypothetical protein  39.74 
 
 
264 aa  52  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2197  normal  0.0289624 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5175  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.94 
 
 
475 aa  51.6  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2917  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.69 
 
 
281 aa  51.2  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.444945 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0095  hypothetical protein  25.78 
 
 
143 aa  51.2  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1290  hypothetical protein  35.14 
 
 
248 aa  50.8  0.00006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0817  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.29 
 
 
295 aa  50.8  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000447964  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1289  hypothetical protein  35.14 
 
 
248 aa  50.4  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1888  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  27.86 
 
 
332 aa  48.9  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1220  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.06 
 
 
413 aa  48.9  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.68044  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4524  hypothetical protein  25.47 
 
 
253 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0816159 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1098  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.7 
 
 
290 aa  48.5  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0664  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.36 
 
 
253 aa  48.1  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0656  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  23.83 
 
 
253 aa  47.8  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1314  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  31.96 
 
 
139 aa  48.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1510  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.78 
 
 
307 aa  48.1  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360333  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3161  hypothetical protein  29.7 
 
 
286 aa  48.1  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4815  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25.98 
 
 
217 aa  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.60436 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1993  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.72 
 
 
268 aa  47.8  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0819  hypothetical protein  28.36 
 
 
253 aa  47.4  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2364  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  29.91 
 
 
270 aa  47.4  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0212469  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0524  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.46 
 
 
177 aa  47.4  0.0006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.139747  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4618  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25.79 
 
 
370 aa  47.4  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00401863  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0825  hypothetical protein  28.36 
 
 
253 aa  47.4  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.2602e-53 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2878  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.42 
 
 
376 aa  47.4  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.362697  normal  0.415622 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1978  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.67 
 
 
223 aa  47.4  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2242  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.2 
 
 
427 aa  47  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.40808  normal  0.0761527 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3020  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.95 
 
 
243 aa  47.4  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000912863  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1784  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25.41 
 
 
236 aa  47.4  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.909249  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.78 
 
 
212 aa  47  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1444  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  45.33 
 
 
168 aa  46.2  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2050  enhanced entry protein  58.82 
 
 
249 aa  46.6  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.752408  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0142  putative enhanced entry protein EnhA  33.01 
 
 
232 aa  46.6  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.387138  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0668  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.61 
 
 
253 aa  46.2  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.988638  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0913  hypothetical protein  29.63 
 
 
253 aa  47  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5894  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.97 
 
 
375 aa  46.2  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1986  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.68 
 
 
257 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09580  Ykud domain-containing protein  28.03 
 
 
514 aa  46.2  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00711473  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0525  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.33 
 
 
155 aa  46.2  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>