More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2239 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  52.82 
 
 		 900 aa  890    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  43.57 
 
 		 834 aa  641    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  60.38 
 
 		 904 aa  1048    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  65.96 
 
 		 961 aa  1122    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  57.13 
 
 		 869 aa  1024    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1133  DNA topoisomerase I  48.86 
 
 		 816 aa  790    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  55.45 
 
 		 924 aa  907    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  61.49 
 
 		 885 aa  1076    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  69.98 
 
 		 901 aa  1205    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  45.31 
 
 		 823 aa  645    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  61.56 
 
 		 877 aa  1068    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  61.32 
 
 		 877 aa  1062    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  58.21 
 
 		 880 aa  943    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  60.54 
 
 		 914 aa  1053    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  57.72 
 
 		 884 aa  926    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  49.86 
 
 		 851 aa  653    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  47.62 
 
 		 820 aa  794    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  48.95 
 
 		 857 aa  765    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  84 
 
 		 911 aa  1528    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  57.6 
 
 		 884 aa  924    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  60.14 
 
 		 884 aa  1042    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  66.63 
 
 		 888 aa  1168    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  66.44 
 
 		 913 aa  1155    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  56.53 
 
 		 915 aa  968    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  89.33 
 
 		 911 aa  1514    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  58.67 
 
 		 859 aa  929    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0594  DNA topoisomerase I  39.53 
 
 		 827 aa  643    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  48.57 
 
 		 820 aa  813    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  53.72 
 
 		 907 aa  886    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  86.19 
 
 		 916 aa  1436    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 922 aa  1871    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  48.44 
 
 		 845 aa  745    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  89.09 
 
 		 914 aa  1507    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  87.27 
 
 		 911 aa  1498    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  88.8 
 
 		 936 aa  1525    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  64.31 
 
 		 909 aa  1171    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  54.79 
 
 		 893 aa  920    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  58.31 
 
 		 849 aa  944    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  66.94 
 
 		 977 aa  1138    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41359  predicted protein  46.85 
 
 		 840 aa  667    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0907147 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  62 
 
 		 849 aa  1095    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  61.34 
 
 		 896 aa  1010    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  65.54 
 
 		 894 aa  1144    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  49.86 
 
 		 851 aa  653    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  59.59 
 
 		 867 aa  1005    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  59.79 
 
 		 884 aa  1037    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3826  DNA topoisomerase I  58.07 
 
 		 852 aa  906    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.801079  normal  0.0383535 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0729  DNA topoisomerase I  55.7 
 
 		 891 aa  932    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.074453  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  43.55 
 
 		 854 aa  641    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  47.41 
 
 		 783 aa  643    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  61.07 
 
 		 894 aa  1061    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  57.31 
 
 		 851 aa  922    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  65.27 
 
 		 910 aa  1171    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  65.27 
 
 		 910 aa  1170    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  47.44 
 
 		 768 aa  634  1e-180  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  43.15 
 
 		 830 aa  634  1e-180  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  48.21 
 
 		 841 aa  633  1e-180  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  47.97 
 
 		 756 aa  629  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  45.04 
 
 		 797 aa  627  1e-178  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  47.21 
 
 		 759 aa  624  1e-177  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  47.23 
 
 		 759 aa  624  1e-177  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  43.77 
 
 		 783 aa  622  1e-177  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  49.21 
 
 		 758 aa  617  1e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  48.05 
 
 		 776 aa  617  1e-175  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  47.96 
 
 		 758 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  48.3 
 
 		 757 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  45.99 
 
 		 779 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  45.72 
 
 		 779 aa  600  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  45.48 
 
 		 799 aa  601  1e-170  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  46.49 
 
 		 765 aa  601  1e-170  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  46.35 
 
 		 765 aa  597  1e-169  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  45.28 
 
 		 824 aa  597  1e-169  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  43.03 
 
 		 815 aa  589  1e-167  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  42.47 
 
 		 815 aa  582  1e-164  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  39.89 
 
 		 895 aa  576  1.0000000000000001e-163  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  41.12 
 
 		 872 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  40.15 
 
 		 913 aa  572  1e-161  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  46.7 
 
 		 836 aa  570  1e-161  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  46.39 
 
 		 789 aa  568  1e-160  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  39.94 
 
 		 923 aa  568  1e-160  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0605  DNA topoisomerase I  40.4 
 
 		 954 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  43.87 
 
 		 793 aa  561  1e-158  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  45.25 
 
 		 780 aa  557  1e-157  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  39.22 
 
 		 904 aa  556  1e-157  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  41.41 
 
 		 926 aa  553  1e-156  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35810  DNA topoisomerase I  40.83 
 
 		 921 aa  554  1e-156  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.203227 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8444  DNA topoisomerase I  40.82 
 
 		 944 aa  554  1e-156  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0264145 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32680  DNA topoisomerase I  38.93 
 
 		 962 aa  549  1e-155  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  40.61 
 
 		 946 aa  550  1e-155  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  46.12 
 
 		 711 aa  550  1e-155  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  47.11 
 
 		 697 aa  550  1e-155  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0027  DNA topoisomerase I  39.28 
 
 		 874 aa  550  1e-155  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0497  DNA topoisomerase I  39.91 
 
 		 919 aa  546  1e-154  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.324618  normal  0.923376 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3469  DNA topoisomerase I  40.27 
 
 		 891 aa  543  1e-153  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.661677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0309  DNA topoisomerase I  39.66 
 
 		 1023 aa  543  1e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130268  normal  0.23063 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0873  DNA topoisomerase I  39.98 
 
 		 877 aa  539  9.999999999999999e-153  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.143011 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0344  DNA topoisomerase I  39.25 
 
 		 924 aa  542  9.999999999999999e-153  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4027  DNA topoisomerase I  39.65 
 
 		 943 aa  540  9.999999999999999e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.563129 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0571  DNA topoisomerase I  40.59 
 
 		 907 aa  538  1e-151  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.600151  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0846  DNA topoisomerase I  39.86 
 
 		 877 aa  536  1e-151  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>