More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2103 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2103  rhodanese-like protein  100 
 
 
108 aa  221  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.588432 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2223  Rhodanese domain protein  82.41 
 
 
108 aa  188  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2080  rhodanese-like protein  86.11 
 
 
108 aa  186  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.218119  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3362  rhodanese-like protein  84.11 
 
 
108 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00352544 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1499  rhodanese-like protein  86.41 
 
 
111 aa  185  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3514  hypothetical protein  82.86 
 
 
107 aa  176  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308602  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1239  rhodanese-like protein  80.58 
 
 
137 aa  173  6e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.549266  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2590  rhodanese domain-containing protein  50.47 
 
 
113 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2475  rhodanese domain-containing protein  57.43 
 
 
108 aa  111  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1392  rhodanese domain-containing protein  47.52 
 
 
120 aa  100  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.100688  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1618  rhodanese domain-containing protein  47.47 
 
 
175 aa  97.8  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.576106 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0241  rhodanese domain-containing protein  45 
 
 
118 aa  92  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3723  rhodanese domain-containing protein  45.1 
 
 
112 aa  90.5  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.464029  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1705  Rhodanese domain protein  49.4 
 
 
185 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000174118 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0678  Rhodanese domain protein  44.44 
 
 
110 aa  85.1  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.682716 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5025  Rhodanese domain protein  44.76 
 
 
107 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.569347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4973  Rhodanese domain protein  44.76 
 
 
107 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.133162 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4510  rhodanese domain-containing protein  44.76 
 
 
107 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2435  rhodanese domain-containing protein  43.56 
 
 
106 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.192108  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1792  rhodanese-like protein  46.07 
 
 
177 aa  73.9  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2894  rhodanese domain-containing protein  43.82 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.127379  normal  0.672082 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1190  Rhodanese domain protein  33.94 
 
 
126 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1183  rhodanese-like protein  34.29 
 
 
122 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0154  rhodanese domain-containing protein  41.18 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1280  rhodanese-like protein  37.86 
 
 
170 aa  68.2  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.678095 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3100  inner membrane protein YgaP  39.39 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.5055  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2911  inner membrane protein YgaP  39.39 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2995  inner membrane protein YgaP  39.39 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.366204  normal  0.0280507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3735  rhodanese domain-containing protein  36.73 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00254792 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1937  rhodanese-like protein  40.7 
 
 
120 aa  66.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.964453  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2978  hypothetical protein  39.39 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.1375 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0487  Rhodanese domain protein  33.98 
 
 
134 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2943  inner membrane protein YgaP  38.38 
 
 
175 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.143183 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5070  rhodanese domain-containing protein  38.78 
 
 
106 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.34245  normal  0.0277572 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0775  Rhodanese domain protein  34.62 
 
 
124 aa  63.9  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.61343 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1502  rhodanese domain-containing protein  36.63 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.184229  normal  0.558017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3684  putative sulfurtransferase (rhodanese)  43.9 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0311109  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2851  Rhodanese domain-containing protein  36.08 
 
 
220 aa  63.5  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4138  Rhodanese domain protein  37.37 
 
 
102 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1431  rhodanese domain-containing protein  37.84 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.430812  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0744  rhodanese domain-containing protein  36.63 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.547874 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4164  Rhodanese domain protein  37.37 
 
 
102 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.741744  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2024  Rhodanese domain protein  34.78 
 
 
131 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2860  Rhodanese domain protein  33.66 
 
 
129 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5363  Rhodanese domain protein  36.27 
 
 
106 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3913  rhodanese-like protein  36.78 
 
 
132 aa  62.4  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103396  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2629  Rhodanese domain protein  38.83 
 
 
216 aa  62.4  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.770931  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1330  rhodanese domain-containing protein  39.39 
 
 
112 aa  61.6  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.434015 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0520  molybdopterin biosynthesis-like protein MoeZ  34.62 
 
 
386 aa  62  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.185889  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2349  Rhodanese domain protein  33.01 
 
 
141 aa  61.2  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000398103  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0112  rhodanese domain protein  35.29 
 
 
104 aa  61.2  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00002113  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2023  Rhodanese domain protein  36 
 
 
142 aa  61.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1271  rhodanese-like protein  34.52 
 
 
138 aa  60.5  0.000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0149  rhodanese domain-containing protein  42.05 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0127705 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2982  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  33.65 
 
 
392 aa  59.7  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.379913 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4022  rhodanese-like protein  37.5 
 
 
102 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.203152  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1308  Rhodanese domain protein  33 
 
 
271 aa  58.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.197822  normal  0.0310663 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2500  rhodanese-like protein  36.45 
 
 
186 aa  58.2  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2644  Rhodanese domain protein  35.05 
 
 
102 aa  57.8  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00713239  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0455  rhodanese domain-containing protein  30.84 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1308  Rhodanese domain protein  38 
 
 
118 aa  57.8  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0428  Rhodanese domain protein  34.86 
 
 
116 aa  57.8  0.00000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000514418  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0667  Rhodanese domain protein  28.16 
 
 
104 aa  56.2  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1591  Rhodanese domain protein  38.61 
 
 
178 aa  56.6  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0149932  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0463  rhodanese domain-containing protein  31.73 
 
 
132 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0564  Rhodanese domain protein  33.7 
 
 
98 aa  55.8  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000375905  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1785  Rhodanese domain protein  35.4 
 
 
277 aa  55.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0151  Rhodanese domain protein  33.66 
 
 
123 aa  55.8  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0364235  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3760  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  35.51 
 
 
393 aa  55.1  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.62685  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8385  molybdopterin/thiamine biosynthesis family protein  32.26 
 
 
393 aa  55.1  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250903  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2496  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  34.26 
 
 
399 aa  55.1  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000124873 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0195  rhodanese domain-containing protein  30.36 
 
 
136 aa  54.7  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3899  rhodanese domain-containing protein  35.71 
 
 
129 aa  54.3  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.485004 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1483  rhodanese-like protein  35.04 
 
 
140 aa  53.9  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197506  normal  0.337603 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06750  molybdopterin biosynthesis-like protein MoeZ  34.26 
 
 
398 aa  54.3  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0573  rhodanese-like protein  37.35 
 
 
109 aa  53.9  0.0000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146252  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0337  rhodanese domain-containing protein  34.51 
 
 
290 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.680282 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1959  hypothetical protein  31.37 
 
 
320 aa  53.9  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1997  Rhodanese domain protein  31.13 
 
 
141 aa  52.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.885175  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2364  rhodanese-like domain protein  31.13 
 
 
141 aa  52.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC05040  endoplasmic reticulum protein, putative  37.78 
 
 
179 aa  53.5  0.000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.575301  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2399  rhodanese-like protein  36.9 
 
 
138 aa  53.1  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2633  Rhodanese domain protein  33.73 
 
 
123 aa  53.5  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.728751  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0936  rhodanese-like protein  36.08 
 
 
181 aa  53.5  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0889376  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2737  rhodanese domain-containing protein  36.59 
 
 
125 aa  52.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.909386  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4028  rhodanese domain-containing protein  40.74 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1015  Rhodanese domain protein  35.35 
 
 
174 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0383  beta-lactamase domain protein  29.29 
 
 
471 aa  52.4  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1038  rhodanese domain-containing protein  35.35 
 
 
174 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1642  rhodanese domain-containing protein  29.7 
 
 
103 aa  52.8  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1680  rhodanese domain-containing protein  30.97 
 
 
154 aa  52.8  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2962  rhodanese domain-containing protein  32.53 
 
 
145 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3836  rhodanese domain-containing protein  35 
 
 
98 aa  52.8  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02524  predicted inner membrane protein with hydrolase activity  35.35 
 
 
174 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2948  putative inner membrane protein  35.35 
 
 
174 aa  52  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7815  molybdopterin biosynthesis-like protein MoeZ  36.36 
 
 
393 aa  51.6  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1051  rhodanese-like protein  36.78 
 
 
122 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2803  putative inner membrane protein  35.35 
 
 
174 aa  52  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3213  putative inner membrane protein  35.35 
 
 
174 aa  52  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4506  rhodanese domain protein  30.21 
 
 
186 aa  52  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000693639 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>