More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2037 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2037  secretion protein HlyD  100 
 
 		 446 aa  873    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.35853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  33.49 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  34.77 
 
 		 449 aa  191  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 402 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  31.47 
 
 		 390 aa  182  9.000000000000001e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  33.11 
 
 		 429 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  34.92 
 
 		 430 aa  180  4.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  31.09 
 
 		 398 aa  179  7e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.03 
 
 		 430 aa  177  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  34.27 
 
 		 418 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  33.88 
 
 		 425 aa  176  8e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 418 aa  176  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  32.44 
 
 		 403 aa  170  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.77 
 
 		 419 aa  170  6e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.18 
 
 		 404 aa  168  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  29.4 
 
 		 444 aa  168  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 407 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  31.87 
 
 		 471 aa  167  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3060  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 		 424 aa  166  8e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.88 
 
 		 430 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  30.89 
 
 		 429 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.1 
 
 		 419 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 405 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 489 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  32.59 
 
 		 413 aa  162  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 428 aa  160  6e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.6 
 
 		 429 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.07 
 
 		 430 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.84 
 
 		 416 aa  151  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.08 
 
 		 419 aa  149  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 409 aa  149  1.0000000000000001e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  28.31 
 
 		 412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  32.72 
 
 		 493 aa  147  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  35.46 
 
 		 433 aa  146  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  30.75 
 
 		 394 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.19 
 
 		 395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000359698  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 		 465 aa  133  6.999999999999999e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  32.74 
 
 		 434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3707  RND family efflux transporter MFP subunit  28.08 
 
 		 437 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00914113 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 442 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.98 
 
 		 466 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  28.32 
 
 		 408 aa  125  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  29.4 
 
 		 417 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  31.11 
 
 		 446 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  27.71 
 
 		 400 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  28.06 
 
 		 408 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  42.36 
 
 		 455 aa  120  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  27.55 
 
 		 416 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  29.66 
 
 		 411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  27.32 
 
 		 405 aa  117  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 		 410 aa  117  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  28.03 
 
 		 416 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.47 
 
 		 410 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  28.47 
 
 		 416 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  27.85 
 
 		 384 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 		 409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  28.68 
 
 		 444 aa  111  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2603  secretion protein HlyD  27.79 
 
 		 389 aa  110  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22725  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  26.57 
 
 		 399 aa  109  1e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  27.63 
 
 		 416 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.52 
 
 		 448 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  29.86 
 
 		 414 aa  107  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  29.1 
 
 		 372 aa  107  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  25.24 
 
 		 377 aa  107  6e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  27.47 
 
 		 401 aa  105  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  24.34 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  29.44 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  29.44 
 
 		 372 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1312  RND efflux transporter  27.23 
 
 		 401 aa  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130358  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  29.44 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  27.47 
 
 		 401 aa  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 410 aa  105  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.19 
 
 		 438 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 464 aa  103  4e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  29.19 
 
 		 372 aa  103  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  27.74 
 
 		 371 aa  103  7e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  29.63 
 
 		 449 aa  103  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 445 aa  103  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  27.74 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.74 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  27.74 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  27.74 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  27.74 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  27.74 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  27.74 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 		 406 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  26.46 
 
 		 405 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  24.54 
 
 		 402 aa  101  2e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  27.74 
 
 		 371 aa  101  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  23.47 
 
 		 390 aa  100  5e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  27.18 
 
 		 383 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  23.24 
 
 		 390 aa  100  5e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 		 406 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  22.61 
 
 		 390 aa  100  7e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 		 396 aa  100  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.45 
 
 		 398 aa  100  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>