More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1986 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1986  transport system permease protein  100 
 
 		 340 aa  641    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2479  transport system permease protein  81.76 
 
 		 340 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.158013 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5521  transport system permease protein  55.48 
 
 		 341 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3843  transport system permease protein  53.31 
 
 		 349 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.19753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4152  transport system permease protein  53.01 
 
 		 349 aa  306  3e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0212216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4300  transport system permease protein  55.95 
 
 		 349 aa  306  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0865  transport system permease protein  59.09 
 
 		 322 aa  297  2e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  48.48 
 
 		 344 aa  292  7e-78  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1994  transport system permease protein  47.99 
 
 		 331 aa  288  7e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2735  transport system permease protein  56.63 
 
 		 353 aa  287  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  46.29 
 
 		 369 aa  287  2e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  47.72 
 
 		 372 aa  282  7.000000000000001e-75  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  46.25 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  45.51 
 
 		 332 aa  275  8e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0497  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  49.36 
 
 		 354 aa  271  2e-71  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.760715  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1695  transport system permease protein  51.79 
 
 		 349 aa  271  2e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0857998  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0510  iron compounds ABC transporter, permease protein  48.45 
 
 		 339 aa  269  4e-71  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  46.08 
 
 		 336 aa  266  4e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4263  transport system permease protein  48.23 
 
 		 337 aa  266  5e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000122038  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1676  transport system permease protein  52.24 
 
 		 349 aa  265  5.999999999999999e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0248  transport system permease protein  50.99 
 
 		 331 aa  265  7e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24720  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  43.71 
 
 		 362 aa  263  3e-69  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1424  transport system permease protein  51.06 
 
 		 350 aa  263  3e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.320274  normal  0.156715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4649  transport system permease protein  51.62 
 
 		 337 aa  258  8e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000978499 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  42.34 
 
 		 350 aa  257  2e-67  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  43.21 
 
 		 346 aa  256  4e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0813  HmuU protein  43.98 
 
 		 336 aa  253  3e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00319044  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1533  hexapaptide repeat-containing transferase  43.37 
 
 		 335 aa  253  4.0000000000000004e-66  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.804151  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1948  iron(III) ABC transporter, permease protein  47.78 
 
 		 326 aa  250  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0628531 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0028  transport system permease protein  51.81 
 
 		 354 aa  249  6e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  44.28 
 
 		 368 aa  247  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_28  iron ion transport system, inner membrane component  40.95 
 
 		 347 aa  243  3.9999999999999997e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260829  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5707  transport system permease protein  42.94 
 
 		 344 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  43.16 
 
 		 338 aa  235  1.0000000000000001e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1614  ABC transporter permease  43.69 
 
 		 341 aa  233  5e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01860  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  45.83 
 
 		 358 aa  231  1e-59  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0684072 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1287  response regulator  41.56 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.023456  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  39.08 
 
 		 359 aa  229  4e-59  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1514  transport system permease protein  42.77 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1538  transport system permease protein  41.13 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1490  ABC transporter, permease protein, FecCD family  43.09 
 
 		 327 aa  223  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1205  transport system permease protein  43.09 
 
 		 327 aa  223  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150198 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0447  transport system permease protein  40.37 
 
 		 340 aa  222  9e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.279756  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1202  ABC transporter permease  44.44 
 
 		 326 aa  222  9e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.820499  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  42.86 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3222  transport system permease protein  46.45 
 
 		 358 aa  220  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1043  hypothetical protein  43.77 
 
 		 334 aa  220  3e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.696998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1542  transport system permease protein  41.83 
 
 		 340 aa  218  8.999999999999998e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  40.91 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3529  transport system permease protein  40.45 
 
 		 348 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.914078  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3031  transport system permease protein  44.3 
 
 		 337 aa  217  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26440  iron(III) ABC transporter-permease protein  47.94 
 
 		 332 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0418  transport system permease protein  52.23 
 
 		 350 aa  215  9e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.0414709 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  37.74 
 
 		 356 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0602  ABC transporter permease  37.91 
 
 		 333 aa  212  5.999999999999999e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1373  transport system permease protein  44.87 
 
 		 332 aa  212  9e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1482  transport system permease protein  42.26 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0954  transport system permease protein  44.58 
 
 		 356 aa  211  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492896  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2329  transport system permease protein  41.99 
 
 		 348 aa  210  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0154  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  41.01 
 
 		 351 aa  208  9e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0529  transport system permease protein  44.89 
 
 		 342 aa  207  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.550834  normal  0.720175 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47150  transport system permease protein  47.5 
 
 		 334 aa  205  9e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2552  transport system permease protein  38.7 
 
 		 363 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2075  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  42.98 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2005  transport system permease protein  42.02 
 
 		 349 aa  202  5e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0934692  normal  0.372795 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  35.5 
 
 		 337 aa  202  6e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2846  transport system permease protein  41.47 
 
 		 345 aa  202  8e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1462  transport system permease protein  42.03 
 
 		 339 aa  202  8e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.868  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0891  ABC transporter permease  37.5 
 
 		 324 aa  199  6e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.194642  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3703  transport system permease protein  38.17 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.912274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2064  transport system permease protein  44.29 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0372  transport system permease protein  39.53 
 
 		 346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.314263  normal  0.28598 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3469  transport system permease protein  39.43 
 
 		 339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1425  transport system permease protein  41.16 
 
 		 339 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0232  transport system permease protein  39.35 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.691146 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  36.87 
 
 		 375 aa  189  8e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1169  transport system permease protein  42.9 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1656  transport system permease protein  40.19 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0636963  normal  0.143618 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  33.44 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1213  transport system permease protein  43.45 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0536991  hitchhiker  0.0000000935619 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1495  ABC transporter, permease protein, FecCD family  43.45 
 
 		 341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  37.43 
 
 		 361 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  33.44 
 
 		 330 aa  184  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2393  iron ABC transporter, permease protein  35.69 
 
 		 359 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  33.52 
 
 		 346 aa  182  7e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  38.74 
 
 		 452 aa  179  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  38.61 
 
 		 367 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0279  ABC transporter permease  37.46 
 
 		 326 aa  179  8e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.590868  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  33.72 
 
 		 367 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  38.24 
 
 		 354 aa  176  6e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  35.53 
 
 		 355 aa  176  7e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  38.01 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  36.01 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  37.7 
 
 		 347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  33.85 
 
 		 350 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  39.45 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  39.32 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  37.59 
 
 		 330 aa  169  6e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  37.5 
 
 		 334 aa  169  9e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  38.32 
 
 		 354 aa  169  9e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>