104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1959 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1959  cobalt transport protein CbiM  100 
 
 
208 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3436  cobalt transport protein CbiM  77.23 
 
 
203 aa  297  6e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.790482  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3140  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  60 
 
 
430 aa  211  7e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00188953  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1951  cobalt transport protein CbiM  55.84 
 
 
211 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70301  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2022  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  48.28 
 
 
197 aa  181  5e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  9.20884e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3500  cobalt transport protein CbiM  47.72 
 
 
211 aa  173  2e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3139  cobalt transport protein CbiM  50 
 
 
204 aa  169  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2093  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  51.01 
 
 
201 aa  169  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00179951  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3138  cobalt transport protein CbiM  44.95 
 
 
208 aa  166  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1190  cobalt transport protein CbiM  47.98 
 
 
204 aa  165  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  4.65772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0756  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  48.06 
 
 
204 aa  164  7e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.535261  normal  0.785347 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1321  cobalt transport protein CbiM  46.43 
 
 
211 aa  157  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1365  cobalt transport protein CbiM  46.43 
 
 
211 aa  157  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1346  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  41.71 
 
 
198 aa  145  5e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0137458  unclonable  1.05881e-06 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3207  cobalt transport protein CbiM  48.5 
 
 
205 aa  144  9e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1133  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  40.82 
 
 
198 aa  137  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.540876 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1471  cobalt transport protein CbiM  47 
 
 
207 aa  135  6e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.699456  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1936  cobalt transport protein CbiM  46.23 
 
 
204 aa  125  6e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.219318 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0557  cobalt transport protein CbiM  38.78 
 
 
195 aa  123  1e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.583466  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3947  cobalt transport protein CbiM  49 
 
 
205 aa  121  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2474  cobalt transport protein CbiM  37.62 
 
 
201 aa  119  4e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0171  cobalt transport protein CbiM  37.24 
 
 
194 aa  113  2e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0543  cobalt transport protein CbiM  37.06 
 
 
193 aa  105  4e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2782  cobalt transport protein CbiM  36.02 
 
 
214 aa  98.6  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.104857  decreased coverage  0.00186647 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2131  cobalt transport protein CbiM  35.12 
 
 
197 aa  80.9  1e-14  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1044  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.33 
 
 
246 aa  71.2  1e-11  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.116161 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1803  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.49 
 
 
352 aa  67.8  1e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000373388  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2184  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.94 
 
 
241 aa  67  2e-10  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00256059 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0273  cobalt transport protein CbiM  37 
 
 
231 aa  65.9  4e-10  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.163023  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4360  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.13 
 
 
328 aa  65.5  5e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2567  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.99 
 
 
216 aa  63.9  2e-09  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.29234  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0174  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30 
 
 
326 aa  62.8  4e-09  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.801433  normal  0.632766 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2134  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.67 
 
 
261 aa  60.8  1e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2752  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.91 
 
 
354 aa  60.5  2e-08  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1739  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.52 
 
 
204 aa  59.3  4e-08  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.749284  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0298  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.21 
 
 
213 aa  59.3  4e-08  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.306858  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1279  cobalamin biosynthesis protein CbiM, putative  35.98 
 
 
343 aa  58.2  8e-08  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0499926  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0743  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.81 
 
 
241 aa  58.5  8e-08  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0772  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.81 
 
 
241 aa  58.2  8e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0519153  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1755  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.48 
 
 
306 aa  57.8  1e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.379762  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1480  cobalt transport protein CbiM  27.27 
 
 
213 aa  57.8  1e-07  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0512  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.8 
 
 
343 aa  56.6  3e-07  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.21192 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1182  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.32 
 
 
331 aa  56.2  3e-07  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00505251  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2291  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  27.19 
 
 
235 aa  55.1  7e-07  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.372139 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1370  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.11 
 
 
232 aa  55.1  7e-07  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.711039  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1780  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.87 
 
 
307 aa  55.1  8e-07  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347196  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1200  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.09 
 
 
347 aa  54.3  1e-06  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.028093  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6032  membrane protein  34.67 
 
 
217 aa  54.7  1e-06  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1243  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.14 
 
 
233 aa  53.5  2e-06  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  3.23865e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5179  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.15 
 
 
229 aa  53.1  3e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4182  cobalt transport protein CbiM  29.11 
 
 
251 aa  53.1  3e-06  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1450  cobalt transport protein CbiM  40.3 
 
 
226 aa  52.8  4e-06  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.208192  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1351  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.3 
 
 
233 aa  52.8  4e-06  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.309906  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2002  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.51 
 
 
355 aa  52.8  4e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.38373e-24 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2046  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.46 
 
 
232 aa  52  7e-06  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2063  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.46 
 
 
232 aa  52  7e-06  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0721765  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2109  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.46 
 
 
232 aa  52  7e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.494306  normal  0.0409829 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0681  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  25.81 
 
 
333 aa  51.2  9e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4058  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  27.83 
 
 
235 aa  50.8  1e-05  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.815174  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0192  cobalt transport protein CbiM  29.68 
 
 
230 aa  50.8  1e-05  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0108763  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1402  cobalt transport protein CbiM  29.89 
 
 
212 aa  50.8  1e-05  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1292  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.08 
 
 
299 aa  51.2  1e-05  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.46518  normal  0.800906 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2762  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.09 
 
 
348 aa  51.2  1e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1148  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.56 
 
 
218 aa  50.8  1e-05  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00870535  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0062  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.86 
 
 
213 aa  50.4  2e-05  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000311798  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0780  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.72 
 
 
348 aa  50.4  2e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.7293e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0163  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.76 
 
 
310 aa  48.5  6e-05  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.118647  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0090  cobalt transport protein CbiM  28.02 
 
 
210 aa  48.5  7e-05  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1569  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.43 
 
 
233 aa  48.1  8e-05  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1073  hypothetical protein  26.03 
 
 
599 aa  47.8  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.842265 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1927  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.08 
 
 
242 aa  47.8  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3808  cobalt transport protein CbiM  27.23 
 
 
245 aa  47  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0076  hypothetical protein  31.53 
 
 
222 aa  47  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1805  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.03 
 
 
341 aa  46.6  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.23856e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1327  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.59 
 
 
229 aa  46.2  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.871033  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0531  cobalt transport protein CbiM  29.77 
 
 
230 aa  45.4  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1959  cobalt transport protein CbiM  31.3 
 
 
226 aa  45.1  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1057  cobalt transport protein CbiM  27.75 
 
 
330 aa  45.1  0.0009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0495  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM  37.39 
 
 
210 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2352  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.7 
 
 
310 aa  44.7  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.235435  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0882  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.73 
 
 
421 aa  44.7  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1385  cobalamin biosynthesis protein CbiM  29.81 
 
 
250 aa  44.3  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1767  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  26.2 
 
 
219 aa  44.3  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.113369  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2621  cobalt transport protein CbiM  27.53 
 
 
214 aa  44.3  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.78373  normal  0.0472515 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1558  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  25.37 
 
 
202 aa  43.9  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2565  cobalt transport protein CbiM  32.28 
 
 
239 aa  43.9  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.779557  normal  0.114693 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0712  cobalamin biosynthesis protein CbiM  27.52 
 
 
235 aa  43.9  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0523  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.39 
 
 
210 aa  43.5  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.354717  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2769  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.11 
 
 
342 aa  43.5  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1006  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  27.4 
 
 
238 aa  43.5  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.154415  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0528  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.39 
 
 
210 aa  43.5  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0580281  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4293  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.91 
 
 
230 aa  43.1  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1637  cobalt transport protein CbiM  31.58 
 
 
242 aa  43.1  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.000771093 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0486  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  26.15 
 
 
337 aa  43.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2441  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.61 
 
 
346 aa  42.7  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.365569  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1863  cobalt transport protein CbiM  29.53 
 
 
352 aa  42.7  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.292788  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3205  cobalt transport protein CbiM  26.4 
 
 
229 aa  42.7  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1116  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  25.35 
 
 
238 aa  42.7  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3892  cobalt transport protein CbiM  28.04 
 
 
256 aa  42  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.885543 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3004  cobalt transport protein CbiM  26.76 
 
 
321 aa  42  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>