118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1730 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1730  hypothetical protein  100 
 
 
165 aa  330  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.666521  decreased coverage  0.00187959 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1737  hypothetical protein  91.36 
 
 
166 aa  276  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.997374  normal  0.0699743 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4247  protein of unknown function DUF892  87.88 
 
 
166 aa  273  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3563  hypothetical protein  86.42 
 
 
166 aa  263  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.892765  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2670  hypothetical protein  77.16 
 
 
167 aa  241  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0525668  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4912  hypothetical protein  78.18 
 
 
164 aa  234  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.550913 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4791  hypothetical protein  67.9 
 
 
165 aa  228  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5596  hypothetical protein  69.23 
 
 
166 aa  223  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.756785  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4540  protein of unknown function DUF892  66.05 
 
 
165 aa  222  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.369842 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1136  hypothetical protein  67.74 
 
 
165 aa  220  7e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4275  protein of unknown function DUF892  65.43 
 
 
165 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1446  hypothetical protein  68.55 
 
 
165 aa  218  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.187122  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2664  hypothetical protein  71.78 
 
 
165 aa  215  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.104786  normal  0.942807 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5614  protein of unknown function DUF892  67.74 
 
 
168 aa  215  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.255585 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3526  hypothetical protein  59.15 
 
 
164 aa  212  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5592  protein of unknown function DUF892  64.33 
 
 
166 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544575  hitchhiker  0.00495302 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3491  hypothetical protein  64.6 
 
 
163 aa  211  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2984  hypothetical protein  65.82 
 
 
164 aa  205  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4295  hypothetical protein  64.42 
 
 
167 aa  195  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5257  protein of unknown function DUF892  60.98 
 
 
162 aa  192  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0740  hypothetical protein  58.06 
 
 
192 aa  188  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2220  protein of unknown function DUF892  57.58 
 
 
175 aa  187  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3294  hypothetical protein  59.12 
 
 
163 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.335875 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3057  hypothetical protein  63.58 
 
 
165 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.460854  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7975  protein of unknown function DUF892  55.28 
 
 
179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0289  protein of unknown function DUF892  57.93 
 
 
162 aa  181  3e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.302406 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1820  hypothetical protein  62.96 
 
 
169 aa  180  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.418457  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0468  hypothetical protein  63.41 
 
 
165 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.53229  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9043  hypothetical protein  62.58 
 
 
165 aa  178  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.034068  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3906  protein of unknown function DUF892  58.75 
 
 
180 aa  177  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3614  hypothetical protein  58.33 
 
 
180 aa  177  7e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4293  protein of unknown function DUF892  57.5 
 
 
180 aa  177  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3827  hypothetical protein  67.18 
 
 
149 aa  176  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1033  hypothetical protein  54.94 
 
 
168 aa  168  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.665565  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2862  protein of unknown function DUF892  51.88 
 
 
168 aa  167  5e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.217094  normal  0.674493 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2390  protein of unknown function DUF892  55.97 
 
 
196 aa  167  7e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.421917  normal  0.147329 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4845  protein of unknown function DUF892  52.76 
 
 
167 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00641789  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3365  hypothetical protein  53.8 
 
 
198 aa  161  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.430964  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4071  hypothetical protein  52.83 
 
 
168 aa  160  9e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0479613  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1470  hypothetical protein  50.92 
 
 
168 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0321654  normal  0.306321 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1308  protein of unknown function DUF892  53.37 
 
 
191 aa  158  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.758326  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2066  hypothetical protein  49.07 
 
 
195 aa  158  3e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0139243 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2659  hypothetical protein  51.59 
 
 
217 aa  157  4e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3218  hypothetical protein  54.43 
 
 
167 aa  157  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.708155  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4465  protein of unknown function DUF892  50.92 
 
 
168 aa  157  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1633  hypothetical protein  59.12 
 
 
181 aa  157  8e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.351952 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0993  protein of unknown function DUF892  47.59 
 
 
217 aa  156  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5401  protein of unknown function DUF892  58.28 
 
 
167 aa  155  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.949113 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1727  protein of unknown function DUF892  53.46 
 
 
184 aa  155  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403983  hitchhiker  0.000459015 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4862  hypothetical protein  57.06 
 
 
177 aa  154  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5347  protein of unknown function DUF892  57.06 
 
 
167 aa  154  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3141  hypothetical protein  49.04 
 
 
189 aa  153  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51971  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4247  hypothetical protein  53.69 
 
 
158 aa  150  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0753724 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2646  hypothetical protein  49.04 
 
 
189 aa  150  5e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3832  hypothetical protein  51.83 
 
 
168 aa  150  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148177  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4833  protein of unknown function DUF892  50 
 
 
180 aa  149  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4780  hypothetical protein  49.35 
 
 
183 aa  149  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.786292 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2287  hypothetical protein  53.75 
 
 
168 aa  148  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1657  hypothetical protein  50.92 
 
 
168 aa  147  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0448276  normal  0.877202 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6464  hypothetical protein  56.44 
 
 
167 aa  147  9e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.255827  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5546  hypothetical protein  48.78 
 
 
168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.376366  normal  0.380191 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1370  protein of unknown function DUF892  46.34 
 
 
168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0196  hypothetical protein  48.72 
 
 
169 aa  145  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2487  protein of unknown function DUF892  46.58 
 
 
247 aa  142  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.48482  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1856  hypothetical protein  49.38 
 
 
167 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.542717 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1417  protein YciF  49.38 
 
 
167 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.341518  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1647  YciF protein  49.68 
 
 
166 aa  142  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2489  non-heme manganese-containing catalase  47.24 
 
 
421 aa  141  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1919  hypothetical protein  48.75 
 
 
167 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.137818  hitchhiker  0.0000284113 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1861  protein YciF  48.75 
 
 
167 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.919479 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1599  hypothetical protein  48.75 
 
 
167 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.154464 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3127  hypothetical protein  47.24 
 
 
164 aa  138  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.136423 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0036  hypothetical protein  47.2 
 
 
175 aa  138  3.9999999999999997e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0130409 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01232  hypothetical protein  47.13 
 
 
166 aa  137  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2390  protein of unknown function DUF892  47.13 
 
 
166 aa  137  7.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0588252  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1367  YciF protein  47.13 
 
 
166 aa  137  7.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.177269  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1456  YciF protein  47.13 
 
 
166 aa  137  7.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000775316  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2369  hypothetical protein  47.13 
 
 
166 aa  137  7.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.820184  hitchhiker  0.000000156892 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01242  hypothetical protein  47.13 
 
 
166 aa  137  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1874  YciF protein  47.13 
 
 
173 aa  136  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000112449 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1889  YciF protein  47.13 
 
 
173 aa  136  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0111142 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5574  protein of unknown function DUF892  44.1 
 
 
183 aa  136  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3730  protein of unknown function DUF892  46.54 
 
 
169 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3623  hypothetical protein  45.34 
 
 
169 aa  133  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0183446 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1678  hypothetical protein  48.73 
 
 
166 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108531  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0088  ycfI, putative structural proteins  48.73 
 
 
166 aa  131  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.136593  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1724  hypothetical protein  48.73 
 
 
166 aa  131  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2256  hypothetical protein  46.1 
 
 
169 aa  130  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949168  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2545  hypothetical protein  43.64 
 
 
168 aa  130  6.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4158  protein of unknown function DUF892  42.77 
 
 
162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1026  hypothetical protein  47.24 
 
 
187 aa  119  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.158329  hitchhiker  0.000105516 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5857  protein of unknown function DUF892  39.13 
 
 
174 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0615276  normal  0.702479 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5840  protein of unknown function DUF892  58.82 
 
 
253 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.197691  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5097  hypothetical protein  43.67 
 
 
165 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3186  hypothetical protein  43.59 
 
 
174 aa  117  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1599  protein of unknown function DUF892  39.33 
 
 
164 aa  111  5e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0568744  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3344  protein of unknown function DUF892  40.76 
 
 
212 aa  110  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480671 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2297  hypothetical protein  44.44 
 
 
161 aa  110  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2773  protein of unknown function DUF892  35.37 
 
 
165 aa  106  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2857  hypothetical protein  38.57 
 
 
197 aa  92.8  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>