295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1718 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  100 
 
 
279 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  79.57 
 
 
279 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  79.57 
 
 
279 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  79.21 
 
 
279 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  75.29 
 
 
278 aa  401  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  70.91 
 
 
278 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  69.18 
 
 
279 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  58.39 
 
 
283 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  58.06 
 
 
286 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  57.71 
 
 
282 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  58.06 
 
 
344 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  58.89 
 
 
282 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  57.71 
 
 
282 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  57.71 
 
 
282 aa  306  3e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  59.77 
 
 
306 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  57.71 
 
 
282 aa  305  7e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  56.99 
 
 
282 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  59.39 
 
 
282 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  54.45 
 
 
283 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  58.27 
 
 
397 aa  297  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  57.89 
 
 
282 aa  295  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  57.89 
 
 
282 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  57.89 
 
 
282 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  56.27 
 
 
275 aa  295  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  57.89 
 
 
282 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  57.89 
 
 
282 aa  295  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  57.53 
 
 
290 aa  295  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  53.11 
 
 
283 aa  291  7e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  55.89 
 
 
294 aa  291  1e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  57.51 
 
 
301 aa  289  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  57.63 
 
 
284 aa  288  7e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  53.11 
 
 
283 aa  278  8e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  52.3 
 
 
283 aa  278  9e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  55.71 
 
 
285 aa  277  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  43.87 
 
 
687 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  48.55 
 
 
290 aa  204  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  46.72 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  36.54 
 
 
288 aa  154  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  36.43 
 
 
285 aa  148  8e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  34.85 
 
 
268 aa  142  6e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  36.25 
 
 
278 aa  142  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  35 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  35.56 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  34.92 
 
 
277 aa  125  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  32.21 
 
 
280 aa  125  9e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.85 
 
 
279 aa  123  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  31.85 
 
 
279 aa  122  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.82 
 
 
281 aa  118  9e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  37.84 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  35.74 
 
 
302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.62 
 
 
280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  35.33 
 
 
293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  28.95 
 
 
278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  35.79 
 
 
279 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  31.82 
 
 
338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  35.66 
 
 
276 aa  112  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  34.76 
 
 
300 aa  108  7.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  36.81 
 
 
281 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  35.27 
 
 
288 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  35.84 
 
 
361 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  29.75 
 
 
310 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  34.43 
 
 
303 aa  107  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  31.44 
 
 
310 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  29.75 
 
 
310 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  32.6 
 
 
289 aa  107  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  31.18 
 
 
309 aa  106  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  31.71 
 
 
313 aa  105  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  29.73 
 
 
311 aa  105  8e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  32.83 
 
 
333 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  31.93 
 
 
279 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  29.34 
 
 
309 aa  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  36.22 
 
 
286 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  30.25 
 
 
312 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  29.39 
 
 
304 aa  103  2e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  35.71 
 
 
287 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  35.81 
 
 
304 aa  104  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.94 
 
 
287 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  30.25 
 
 
312 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  37.56 
 
 
505 aa  103  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  32.58 
 
 
310 aa  102  6e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  41.38 
 
 
337 aa  102  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  33.19 
 
 
302 aa  102  7e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  31.3 
 
 
313 aa  102  8e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  39.77 
 
 
337 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.99 
 
 
316 aa  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  37.06 
 
 
303 aa  100  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  31.15 
 
 
324 aa  100  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  29.17 
 
 
310 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  30.63 
 
 
310 aa  97.8  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  29.02 
 
 
302 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  29.52 
 
 
297 aa  97.4  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  29.96 
 
 
325 aa  97.8  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.7 
 
 
313 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  34.03 
 
 
316 aa  97.1  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  32.44 
 
 
311 aa  96.7  4e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  31.25 
 
 
302 aa  96.3  5e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  32.95 
 
 
292 aa  96.3  5e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  28.9 
 
 
286 aa  94.7  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  33.94 
 
 
364 aa  94.4  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  29 
 
 
312 aa  94.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>