More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1695 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
381 aa  770    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  74.55 
 
 
388 aa  588  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  77.69 
 
 
387 aa  586  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  74.29 
 
 
387 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  48.03 
 
 
373 aa  323  2e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 
383 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.04 
 
 
376 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 
376 aa  155  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
384 aa  151  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
374 aa  146  5e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
376 aa  132  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
382 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
390 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
383 aa  126  6e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.71 
 
 
399 aa  123  5e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  29.09 
 
 
392 aa  123  6e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
378 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
378 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
378 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
378 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 
399 aa  122  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.72 
 
 
391 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.12 
 
 
404 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
404 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
380 aa  119  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 
404 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  32.28 
 
 
406 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  29.89 
 
 
379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  27.15 
 
 
380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.7 
 
 
373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 
378 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  31.37 
 
 
368 aa  117  5e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 
397 aa  117  5e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
393 aa  116  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
372 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  31.09 
 
 
368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1214  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.02 
 
 
371 aa  114  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.02 
 
 
371 aa  114  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
373 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
375 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
376 aa  113  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
381 aa  113  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
394 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  29.23 
 
 
413 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 
374 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
387 aa  112  9e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
407 aa  112  9e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.09 
 
 
373 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
373 aa  112  9e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 
384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  29.22 
 
 
373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.85 
 
 
371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  27.89 
 
 
371 aa  112  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  29.85 
 
 
371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.37 
 
 
393 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.85 
 
 
371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 
401 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  30.22 
 
 
373 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  29.67 
 
 
373 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  30.22 
 
 
373 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  30.84 
 
 
371 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.25 
 
 
399 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 
392 aa  110  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
372 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
372 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
372 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.18 
 
 
380 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  29.25 
 
 
371 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30 
 
 
374 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.75 
 
 
373 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
372 aa  109  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
376 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6407  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
380 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
374 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.94 
 
 
397 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
384 aa  108  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
373 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  30.77 
 
 
383 aa  108  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
379 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 
401 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
372 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
388 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
397 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
402 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
388 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
372 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
397 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
397 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>