More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1663 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1663  inner-membrane translocator  100 
 
 		 326 aa  649    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3618  inner-membrane translocator  86.88 
 
 		 328 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466346  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1849  inner-membrane translocator  87.8 
 
 		 328 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.200349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1950  inner-membrane translocator  86.25 
 
 		 328 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  85.58 
 
 		 334 aa  549  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2128  inner-membrane translocator  64.81 
 
 		 344 aa  430  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.208516 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1100  inner-membrane translocator  65.94 
 
 		 343 aa  426  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0111942  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1500  inner-membrane translocator  65.94 
 
 		 336 aa  404  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  39.32 
 
 		 616 aa  231  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1708  inner-membrane translocator  42.19 
 
 		 348 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550604  normal  0.0112984 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1828  inner-membrane translocator  41.54 
 
 		 331 aa  226  3e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000769607  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0851  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.7 
 
 		 333 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.589569  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  40.98 
 
 		 344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  38.69 
 
 		 326 aa  216  2.9999999999999998e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0897  inner-membrane translocator  40.48 
 
 		 357 aa  216  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3750  ABC transporter related  37.46 
 
 		 603 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.408417  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0337  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.77 
 
 		 609 aa  206  6e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1090  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 359 aa  200  3.9999999999999996e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.538994  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2007  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.01 
 
 		 357 aa  199  6e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3398  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0288037 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  37.26 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1564  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 339 aa  189  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1532  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 368 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1437  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 368 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1453  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 366 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.230295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2301  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.281867 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0361  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 333 aa  170  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0863  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.15 
 
 		 334 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0562534  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1140  inner-membrane translocator  34 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1906  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2426  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  39.44 
 
 		 368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1602  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 336 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.47347  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5993  putative branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  37.37 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  0.170989 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0794  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.605525  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3647  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0606167  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 318 aa  150  4e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 297 aa  146  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 321 aa  145  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.67 
 
 		 339 aa  145  9e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 319 aa  145  9e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.88 
 
 		 326 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1929  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 318 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.456236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  29.74 
 
 		 603 aa  142  8e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.56 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  31.43 
 
 		 407 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 328 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.23 
 
 		 328 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0801  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  29.36 
 
 		 407 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 330 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  33.73 
 
 		 347 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 336 aa  132  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  30.12 
 
 		 463 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  30.41 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 376 aa  130  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  32.7 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 357 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 463 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0908  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.579851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 463 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  30.49 
 
 		 327 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1097  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.701299  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  28.88 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 474 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0143  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1135  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.433507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  32.65 
 
 		 350 aa  123  5e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 327 aa  123  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  32.65 
 
 		 350 aa  122  8e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2587  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.629922  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  28.96 
 
 		 443 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5640  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2955  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678807  normal  0.182209 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  30.22 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7433  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  33.14 
 
 		 363 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  30.74 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 350 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.09 
 
 		 423 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 562 aa  119  6e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 293 aa  119  9e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  31.29 
 
 		 321 aa  119  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5535  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 361 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.875545  hitchhiker  0.00000782274 
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.32 
 
 		 459 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5537  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 385 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  33 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>