More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1577 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  100 
 
 
410 aa  832    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  78.14 
 
 
398 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  77.14 
 
 
399 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  77.27 
 
 
397 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  77.48 
 
 
410 aa  592  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  78.85 
 
 
403 aa  584  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  70.89 
 
 
399 aa  538  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  52.34 
 
 
298 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  50.19 
 
 
262 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  51.49 
 
 
276 aa  239  5e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50 
 
 
276 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50 
 
 
276 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.39 
 
 
271 aa  232  8.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  50.2 
 
 
262 aa  232  8.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  46.51 
 
 
286 aa  231  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.04 
 
 
281 aa  231  3e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  51.05 
 
 
248 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  50 
 
 
250 aa  225  9e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  50.63 
 
 
261 aa  223  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  49.58 
 
 
245 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50 
 
 
245 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50.21 
 
 
245 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.64 
 
 
279 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  50.85 
 
 
243 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.85 
 
 
243 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  50 
 
 
243 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  45.78 
 
 
281 aa  212  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.19 
 
 
257 aa  209  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  44.98 
 
 
276 aa  209  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  44.98 
 
 
291 aa  209  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.04 
 
 
248 aa  205  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.96 
 
 
249 aa  203  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  43.95 
 
 
275 aa  203  5e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.54 
 
 
258 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  44.78 
 
 
255 aa  200  3e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.57 
 
 
258 aa  201  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.67 
 
 
266 aa  199  9e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.05 
 
 
253 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  45.49 
 
 
246 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  44.64 
 
 
251 aa  184  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.08 
 
 
249 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  35.78 
 
 
251 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  35.8 
 
 
262 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  35.71 
 
 
251 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.5 
 
 
264 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.97 
 
 
258 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  35.78 
 
 
279 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  36.21 
 
 
251 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.69 
 
 
257 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.12 
 
 
254 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.54 
 
 
244 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  35.93 
 
 
263 aa  129  7.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.02 
 
 
268 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  33.76 
 
 
257 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  33.33 
 
 
257 aa  126  6e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  35.06 
 
 
263 aa  126  6e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.19 
 
 
271 aa  125  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.48 
 
 
241 aa  125  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  33.73 
 
 
257 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  33.73 
 
 
257 aa  124  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  36.52 
 
 
247 aa  123  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  33.61 
 
 
244 aa  123  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  33.73 
 
 
257 aa  123  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.03 
 
 
247 aa  123  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  34.31 
 
 
257 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.61 
 
 
256 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  36.4 
 
 
244 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.62 
 
 
241 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  33.77 
 
 
253 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  33.07 
 
 
308 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  34.02 
 
 
243 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  33.75 
 
 
244 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  33.9 
 
 
240 aa  120  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.09 
 
 
256 aa  120  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  34.3 
 
 
243 aa  120  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  34.3 
 
 
243 aa  120  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.84 
 
 
258 aa  119  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.62 
 
 
249 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0245796  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  34.3 
 
 
243 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3565  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.93 
 
 
243 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
260 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  34.3 
 
 
243 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0275  RNA methyltransferase  33.19 
 
 
244 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00988641  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  31.88 
 
 
248 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  35.32 
 
 
241 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  32.91 
 
 
267 aa  117  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.31 
 
 
245 aa  116  6e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  33.47 
 
 
240 aa  116  6.9999999999999995e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.33 
 
 
246 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  34.01 
 
 
254 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  31.78 
 
 
241 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.76 
 
 
266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.76 
 
 
256 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.92 
 
 
248 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.47 
 
 
246 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  33.47 
 
 
246 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  33.74 
 
 
245 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  34.45 
 
 
241 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  34.2 
 
 
240 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  34.45 
 
 
241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>