More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1533 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01581  fumarate hydratase (fumarase A), aerobic Class I  63.99 
 
 
548 aa  719    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.733068  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03993  anaerobic class I fumarate hydratase (fumarase B)  62.17 
 
 
548 aa  694    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2031  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  63.99 
 
 
548 aa  719    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0136036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3870  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  61.99 
 
 
548 aa  693    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2560  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  62.43 
 
 
549 aa  696    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0557449  normal  0.126998 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4022  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  62.2 
 
 
548 aa  702    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00935684  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0994  fumarate hydratase, class I  60.52 
 
 
541 aa  674    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1706  fumarate hydratase class I, anaerobic  63.18 
 
 
548 aa  707    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.142614  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1417  fumarate hydratase class I, anaerobic  62.5 
 
 
548 aa  695    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.70407 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4397  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  90.56 
 
 
551 aa  1045    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.617771  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1831  fumarase  62.43 
 
 
548 aa  705    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.640602  hitchhiker  0.002407 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1577  fumarate hydratase class I, anaerobic  63.18 
 
 
548 aa  697    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.551964 
 
 
-
 
NC_004310  BR0961  fumarate hydratase, class I  75.66 
 
 
539 aa  848    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.426877  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2239  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  73.26 
 
 
535 aa  833    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.747448 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1809  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  58.92 
 
 
540 aa  665    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.327698  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0881  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  61.6 
 
 
534 aa  675    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.44568  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4588  fumarate hydratase class I, anaerobic  61.99 
 
 
548 aa  696    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4245  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  65.93 
 
 
568 aa  729    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.201953  normal  0.0592114 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1023  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  62.59 
 
 
547 aa  699    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1875  fumarate hydratase class I, anaerobic  62.99 
 
 
548 aa  696    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.27379  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1820  fumarate hydratase  63.99 
 
 
548 aa  719    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.279126  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4646  fumarate hydratase class I, anaerobic  63.19 
 
 
548 aa  689    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3082  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily subunit beta  69.94 
 
 
551 aa  796    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2076  fumarate hydratase protein class I  73.02 
 
 
534 aa  832    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1492  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  63.31 
 
 
554 aa  716    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_19708  precursor of fumarase fumarase  63.69 
 
 
567 aa  711    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.473143  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1337  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  66.3 
 
 
548 aa  761    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.173905  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2570  fumarase  61.27 
 
 
541 aa  678    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.013592  normal  0.472366 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1687  fumarate hydratase  63.99 
 
 
548 aa  719    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.713112  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4676  fumarate hydratase  62.17 
 
 
548 aa  694    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3271  fumarate hydratase, class I  62.62 
 
 
547 aa  704    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5483  fumarase  91.47 
 
 
551 aa  1043    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2144  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  61.9 
 
 
548 aa  674    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.207467  normal  0.384871 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2206  fumarase  68.49 
 
 
548 aa  742    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0177181  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0693  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  56.24 
 
 
538 aa  641    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.635421  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0889  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  60.11 
 
 
541 aa  681    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000151157  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2068  fumarase  59.85 
 
 
540 aa  671    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3762  fumarate hydratase, class I  92.07 
 
 
555 aa  1054    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3404  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  62.24 
 
 
547 aa  702    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0713  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  68.22 
 
 
550 aa  769    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0340597  normal  0.16476 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0933  fumarate hydratase, class I  62.43 
 
 
547 aa  703    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.140694  normal  0.173179 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1533  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  100 
 
 
551 aa  1139    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.639003 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2018  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  72.88 
 
 
535 aa  832    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1636  fumarate hydratase class I, anaerobic  63.18 
 
 
548 aa  699    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.901964 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1651  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  59.37 
 
 
541 aa  658    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000020704  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1708  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  92.56 
 
 
551 aa  1063    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4675  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  65.56 
 
 
555 aa  729    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.63947  normal  0.0290276 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2615  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  57.81 
 
 
542 aa  636    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000086832  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4564  fumarate hydratase  63.19 
 
 
548 aa  690    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3184  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  62.22 
 
 
549 aa  694    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.493682  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4363  fumarate hydratase  62.17 
 
 
548 aa  694    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0162  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  77.34 
 
 
538 aa  861    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2018  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  63.99 
 
 
548 aa  719    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3285  fumarase  59.44 
 
 
534 aa  668    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5636  fumarate hydratase  61.8 
 
 
548 aa  691    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2322  fumarate hydratase  63.81 
 
 
548 aa  717    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.387044  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1798  fumarate hydratase  63.99 
 
 
548 aa  719    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.773214  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_86934  predicted protein  65.28 
 
 
560 aa  715    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.120062  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01571  hypothetical protein  63.99 
 
 
548 aa  719    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.900743  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1149  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  64.5 
 
 
554 aa  735    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.691464  normal  0.943485 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2225  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  75.71 
 
 
539 aa  849    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2336  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  61.93 
 
 
538 aa  680    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.801629  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3238  fumarase  61.89 
 
 
535 aa  692    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4555  fumarate hydratase class I, anaerobic  63.19 
 
 
548 aa  690    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0749  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  59.74 
 
 
541 aa  669    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000017058  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2916  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  77.15 
 
 
538 aa  871    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.36455 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0786  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  62.22 
 
 
547 aa  700    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141985  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1061  fumarase  65.99 
 
 
571 aa  749    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0631  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  61.91 
 
 
547 aa  678    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3905  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  61.99 
 
 
548 aa  693    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1587  fumarate hydratase  63.81 
 
 
548 aa  718    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.596697  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4695  fumarate hydratase class I, anaerobic  63.19 
 
 
548 aa  689    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4646  fumarate hydratase class I, anaerobic  63.57 
 
 
548 aa  693    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3258  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  62.22 
 
 
547 aa  696    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000853495  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5566  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  66.04 
 
 
548 aa  746    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24490  fumarase  63.55 
 
 
567 aa  741    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.208028  normal  0.69636 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3371  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  59.93 
 
 
541 aa  676    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1080  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  69.74 
 
 
546 aa  796    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03954  hypothetical protein  62.17 
 
 
548 aa  694    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0951  fumarate hydratase, class I  75.66 
 
 
581 aa  850    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1888  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  58.92 
 
 
540 aa  663    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1567  fumarate hydratase class I, anaerobic  62.99 
 
 
548 aa  695    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0632699 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3051  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  58.77 
 
 
540 aa  660    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0708755  normal  0.340068 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8500  fumarate hydratase, class I  66.79 
 
 
550 aa  763    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3124  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  67.04 
 
 
564 aa  757    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00427914  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6383  hydro-lyase Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, subunit beta  67.36 
 
 
547 aa  766    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0745  tartrate/fumarate family Fe-S type hydro-lyase  53.93 
 
 
550 aa  610  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517956 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0825  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate family  53.75 
 
 
550 aa  610  1e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2334  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  34.9 
 
 
505 aa  226  8e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000449013  normal  0.0431842 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1056  fumarase  32.71 
 
 
546 aa  225  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2102  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  34.19 
 
 
507 aa  225  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.228521  normal  0.564936 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2232  fumarase  33.79 
 
 
507 aa  224  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.476859  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1941  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  32.81 
 
 
507 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.757012  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2273  fumarase  33.6 
 
 
521 aa  223  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0060992  hitchhiker  0.00178376 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1955  fumarate hydratase protein  33.99 
 
 
507 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.728356  normal  0.488035 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0974  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  33.47 
 
 
519 aa  219  7.999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0854287  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1413  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  32.81 
 
 
507 aa  219  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0515679  normal  0.0934254 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1778  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  33.33 
 
 
511 aa  219  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3136  fumarase  32.74 
 
 
520 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.119324  normal  0.0284437 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1253  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  32.92 
 
 
503 aa  218  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00657617 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>