More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1443 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1443  phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 
269 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.600581  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1628  phosphomethylpyrimidine kinase  76.32 
 
 
266 aa  397  1e-110  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.522982  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1082  phosphomethylpyrimidine kinase  74.25 
 
 
271 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1310  phosphomethylpyrimidine kinase  77.15 
 
 
268 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5600  hydroxy-methylpyrimidine kinase /hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase  73.58 
 
 
266 aa  377  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429432  normal  0.105983 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4493  phosphomethylpyrimidine kinase  73.31 
 
 
266 aa  362  3e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1617  phosphomethylpyrimidine kinase  74.72 
 
 
272 aa  362  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4934  phosphomethylpyrimidine kinase  66.16 
 
 
268 aa  319  3e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4470  phosphomethylpyrimidine kinase  65.78 
 
 
268 aa  316  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.668119  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  64.53 
 
 
268 aa  313  3e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4453  phosphomethylpyrimidine kinase  62.93 
 
 
270 aa  304  8e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  0.352817 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0209  phosphomethylpyrimidine kinase  63.88 
 
 
304 aa  286  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.606568  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4968  phosphomethylpyrimidine kinase  66.54 
 
 
267 aa  286  3e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.949163  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0218  phosphomethylpyrimidine kinase  63.5 
 
 
291 aa  283  2e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.940459  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1135  phosphomethylpyrimidine kinase  53.96 
 
 
266 aa  281  7e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.878652  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1554  phosphomethylpyrimidine kinase  53.96 
 
 
266 aa  281  7e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1544  phosphomethylpyrimidine kinase  53.96 
 
 
266 aa  281  7e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2391  phosphomethylpyrimidine kinase  53.96 
 
 
266 aa  281  7e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2239  phosphomethylpyrimidine kinase  53.96 
 
 
266 aa  281  7e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0961  phosphomethylpyrimidine kinase  53.96 
 
 
266 aa  281  7e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3082  phosphomethylpyrimidine kinase  53.96 
 
 
266 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.190737 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02031  phosphomethylpyrimidine kinase  53.58 
 
 
266 aa  280  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01995  hypothetical protein  53.58 
 
 
266 aa  280  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2250  phosphomethylpyrimidine kinase  54.75 
 
 
268 aa  274  9e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.660572  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2378  phosphomethylpyrimidine kinase  54.34 
 
 
266 aa  273  2e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305846  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1958  phosphomethylpyrimidine kinase  67.68 
 
 
271 aa  273  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0610158  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2289  phosphomethylpyrimidine kinase  54.34 
 
 
266 aa  272  5e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.426705  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2490  phosphomethylpyrimidine kinase  54.34 
 
 
266 aa  272  5e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2060  phosphomethylpyrimidine kinase  58.21 
 
 
269 aa  271  7e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.373143 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0285  phosphomethylpyrimidine kinase  61.8 
 
 
295 aa  270  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2382  phosphomethylpyrimidine kinase  53.96 
 
 
266 aa  269  3e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.779831 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2041  phosphomethylpyrimidine kinase  57.84 
 
 
269 aa  269  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6036  phosphomethylpyrimidine kinase type-2  57.84 
 
 
269 aa  269  4e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.190496  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2710  phosphomethylpyrimidine kinase  52.83 
 
 
266 aa  267  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.227545  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3577  phosphomethylpyrimidine kinase  52.08 
 
 
266 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.385467 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2333  phosphomethylpyrimidine kinase  53.58 
 
 
266 aa  265  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1236  phosphomethylpyrimidine kinase  57.46 
 
 
269 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.252768 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5350  phosphomethylpyrimidine kinase  57.84 
 
 
269 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.120967 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2711  phosphomethylpyrimidine kinase  52.26 
 
 
267 aa  262  5e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.725967  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1942  phosphomethylpyrimidine kinase  57.09 
 
 
269 aa  261  7e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.719295  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2073  phosphomethylpyrimidine kinase  57.09 
 
 
269 aa  261  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3649  phosphomethylpyrimidine kinase type-2  59.16 
 
 
267 aa  259  4e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1191  phosphomethylpyrimidine kinase  51.5 
 
 
267 aa  258  6e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.16328  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1203  phosphomethylpyrimidine kinase  51.74 
 
 
266 aa  255  7e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.564031  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1361  phosphomethylpyrimidine kinase  55.43 
 
 
268 aa  254  9e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1321  phosphomethylpyrimidine kinase  51.74 
 
 
266 aa  254  9e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3091  phosphomethylpyrimidine kinase  51.35 
 
 
266 aa  254  1e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0488797  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1301  phosphomethylpyrimidine kinase  49.25 
 
 
267 aa  252  5e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185406  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0928  phosphomethylpyrimidine kinase  57.09 
 
 
271 aa  250  2e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0346056  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0372  phosphomethylpyrimidine kinase  55.89 
 
 
285 aa  249  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591258  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2979  phosphomethylpyrimidine kinase  48.5 
 
 
267 aa  249  4e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6681  phosphomethylpyrimidine kinase  56.76 
 
 
269 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.432529 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0486  phosphomethylpyrimidine kinase  52.45 
 
 
284 aa  249  4e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1658  phosphomethylpyrimidine kinase  55.81 
 
 
268 aa  248  5e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0210202 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0605  phosphomethylpyrimidine kinase  52.31 
 
 
267 aa  248  5e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0649  phosphomethylpyrimidine kinase  48.26 
 
 
267 aa  247  1e-64  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0890915  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2479  phosphomethylpyrimidine kinase  55.97 
 
 
268 aa  246  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0351011  hitchhiker  0.000627669 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2146  multifunctional hydroxymethylpyrimidine phosphokinase/4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine hydrolase  53.58 
 
 
518 aa  244  8e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35123e-15 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0042  phosphomethylpyrimidine kinase  57.25 
 
 
284 aa  243  2e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0834315  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0828  phosphomethylpyrimidine kinase  51.15 
 
 
264 aa  243  4e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.192548  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0125  phosphomethylpyrimidine kinase  51.53 
 
 
285 aa  242  4e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4939  phosphomethylpyrimidine kinase  63.26 
 
 
267 aa  242  5e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2392  multifunctional hydroxymethylpyrimidine phosphokinase/4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine hydrolase  52.04 
 
 
531 aa  242  5e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171536  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4962  phosphomethylpyrimidine kinase  57.47 
 
 
266 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.996636  normal  0.0189851 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5777  phosphomethylpyrimidine kinase  55.51 
 
 
277 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269735  normal  0.0629461 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  52.29 
 
 
267 aa  240  2e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3463  phosphomethylpyrimidine kinase  51.11 
 
 
297 aa  238  6e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5051  phosphomethylpyrimidine kinase  52.45 
 
 
274 aa  236  4e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3133  phosphomethylpyrimidine kinase  49.64 
 
 
277 aa  236  4e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0914  phosphomethylpyrimidine kinase  52.87 
 
 
282 aa  234  8e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0556569  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03000  hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase  49.43 
 
 
265 aa  234  8e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000863  phosphomethylpyrimidine kinase  49.05 
 
 
286 aa  234  1e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0091  phosphomethylpyrimidine kinase  48.69 
 
 
270 aa  234  2e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2005  phosphomethylpyrimidine kinase  56.34 
 
 
269 aa  233  2e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1636  phosphomethylpyrimidine kinase  51.75 
 
 
499 aa  233  2e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0431333  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3018  phosphomethylpyrimidine kinase  52.83 
 
 
270 aa  234  2e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1338  phosphomethylpyrimidine kinase  50 
 
 
264 aa  233  3e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00019728  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1305  phosphomethylpyrimidine kinase  51.54 
 
 
323 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.279698  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2516  phosphomethylpyrimidine kinase  56.34 
 
 
269 aa  232  4e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2522  phosphomethylpyrimidine kinase  51.36 
 
 
262 aa  232  4e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2061  phosphomethylpyrimidine kinase  52.31 
 
 
260 aa  232  5e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0150754  normal  0.0985623 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1352  phosphomethylpyrimidine kinase  56.34 
 
 
269 aa  231  8e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00443333  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1577  phosphomethylpyrimidine kinase  56.34 
 
 
269 aa  231  8e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.299671  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3232  phosphomethylpyrimidine kinase  56.34 
 
 
269 aa  231  8e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2080  phosphomethylpyrimidine kinase  56.34 
 
 
269 aa  231  8e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.446951  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2604  phosphomethylpyrimidine kinase  55.97 
 
 
778 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.354014  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1397  phosphomethylpyrimidine kinase  49.24 
 
 
265 aa  231  1e-59  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  3.85147e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1992  phosphomethylpyrimidine kinase  47.47 
 
 
270 aa  229  2e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06838  phosphomethylpyrimidine kinase  48.85 
 
 
295 aa  230  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2460  phosphomethylpyrimidine kinase  55.97 
 
 
269 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1545  phosphomethylpyrimidine kinase  48.85 
 
 
264 aa  229  3e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.104036  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3496  phosphomethylpyrimidine kinase  53.41 
 
 
268 aa  228  9e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.828772  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0915  phosphomethylpyrimidine kinase  60 
 
 
265 aa  227  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.257449  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2331  phosphomethylpyrimidine kinase  52.67 
 
 
288 aa  225  5e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0071  phosphomethylpyrimidine kinase  47.49 
 
 
267 aa  224  8e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1561  phosphomethylpyrimidine kinase  51.15 
 
 
335 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0853  phosphomethylpyrimidine kinase  50 
 
 
288 aa  222  4e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.114242  normal  0.0282488 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0997  phosphomethylpyrimidine kinase  50 
 
 
288 aa  222  4e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00609101  normal  0.106083 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2378  phosphomethylpyrimidine kinase  50.38 
 
 
283 aa  222  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0486  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  50.19 
 
 
277 aa  221  7e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>