More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1375 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  80.42 
 
 		 412 aa  636    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  79.95 
 
 		 458 aa  649    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 412 aa  839    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  79.49 
 
 		 462 aa  648    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  79.44 
 
 		 442 aa  642    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  76.44 
 
 		 434 aa  632  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1404  putative peptidoglycan-binding protein  45.8 
 
 		 372 aa  331  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.671416  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1725  lytic murein transglycosylase  45.68 
 
 		 412 aa  331  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  46.91 
 
 		 394 aa  331  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2113  lytic murein transglycosylase  44.27 
 
 		 405 aa  312  7.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29233 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2920  lytic murein transglycosylase  41.75 
 
 		 396 aa  308  9e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495206  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0164  lytic murein transglycosylase  42.67 
 
 		 389 aa  288  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2876  lytic murein transglycosylase  42.73 
 
 		 405 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2616  lytic murein transglycosylase  42.14 
 
 		 405 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.467141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  42.78 
 
 		 448 aa  279  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  37.03 
 
 		 409 aa  277  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0371  lytic murein transglycosylase  41.33 
 
 		 390 aa  276  4e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  35.98 
 
 		 421 aa  275  9e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  42.34 
 
 		 448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  36.76 
 
 		 401 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  37.84 
 
 		 395 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2586  lytic murein transglycosylase  38.44 
 
 		 398 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443653 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  36.49 
 
 		 424 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  37.13 
 
 		 430 aa  270  5e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  41.02 
 
 		 470 aa  269  7e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  37.33 
 
 		 428 aa  268  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  41.44 
 
 		 419 aa  268  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  41.44 
 
 		 417 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  41.45 
 
 		 457 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  36.49 
 
 		 424 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  38.23 
 
 		 377 aa  266  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  35.64 
 
 		 396 aa  265  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  39.25 
 
 		 438 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  36.86 
 
 		 439 aa  264  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  41.27 
 
 		 438 aa  264  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  38.54 
 
 		 400 aa  263  3e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  41.63 
 
 		 398 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  39.78 
 
 		 415 aa  263  4.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 		 438 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  39.36 
 
 		 445 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 		 398 aa  261  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  37.67 
 
 		 427 aa  261  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  37.37 
 
 		 455 aa  260  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  36.31 
 
 		 433 aa  260  3e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 		 421 aa  260  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  37.37 
 
 		 415 aa  260  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  39.79 
 
 		 438 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  39.3 
 
 		 434 aa  259  6e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  39.79 
 
 		 438 aa  259  7e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  37.28 
 
 		 395 aa  258  2e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  39.1 
 
 		 445 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  39.79 
 
 		 438 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  39.73 
 
 		 404 aa  257  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  38.46 
 
 		 440 aa  257  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  39.43 
 
 		 409 aa  255  9e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  37.64 
 
 		 395 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  39.21 
 
 		 398 aa  254  3e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  35.53 
 
 		 438 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  36.29 
 
 		 436 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  36.02 
 
 		 438 aa  253  6e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  36.02 
 
 		 411 aa  252  9.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  42.18 
 
 		 393 aa  251  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  37.06 
 
 		 410 aa  250  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4395  putative transglycolase  52.17 
 
 		 271 aa  250  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443848 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  38.34 
 
 		 411 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  41.91 
 
 		 393 aa  248  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  40 
 
 		 474 aa  248  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  39.06 
 
 		 720 aa  247  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  37.97 
 
 		 454 aa  245  8e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  42.4 
 
 		 400 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  38.4 
 
 		 425 aa  244  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  39.84 
 
 		 398 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  39.46 
 
 		 466 aa  242  7e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3366  lytic murein transglycosylase  46.9 
 
 		 283 aa  242  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332711 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  39.57 
 
 		 398 aa  241  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  39.04 
 
 		 417 aa  239  9e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  33.42 
 
 		 417 aa  238  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  35.7 
 
 		 437 aa  238  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  35.98 
 
 		 398 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  39.31 
 
 		 419 aa  236  5.0000000000000005e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  35.98 
 
 		 398 aa  236  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  33.5 
 
 		 413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  36.1 
 
 		 462 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  36.1 
 
 		 413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  37.7 
 
 		 418 aa  233  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  37.11 
 
 		 451 aa  233  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  36.97 
 
 		 430 aa  231  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  35.97 
 
 		 432 aa  231  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  37.37 
 
 		 481 aa  229  8e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  36.08 
 
 		 464 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  37 
 
 		 461 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  37.11 
 
 		 405 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  35.12 
 
 		 424 aa  226  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3846  lytic murein transglycosylase  37.47 
 
 		 416 aa  226  8e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.977376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  36.66 
 
 		 470 aa  225  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2304  lytic murein transglycosylase  36.68 
 
 		 407 aa  225  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0222996  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  36.46 
 
 		 422 aa  224  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1316  putative peptidoglycan-binding protein  31.33 
 
 		 427 aa  222  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1902  lytic murein transglycosylase  36.9 
 
 		 435 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3675  lytic murein transglycosylase  48.54 
 
 		 271 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0608775 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>