177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1309 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  76.75 
 
 
732 aa  1135    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
722 aa  1474    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  74.65 
 
 
732 aa  1106    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  61.54 
 
 
723 aa  895    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  72.22 
 
 
731 aa  1077    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.42 
 
 
751 aa  349  1e-94  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.35 
 
 
769 aa  330  8e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
749 aa  323  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  35.19 
 
 
762 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.94 
 
 
765 aa  318  3e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.16 
 
 
758 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 
760 aa  314  3.9999999999999997e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.77 
 
 
762 aa  310  4e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 
775 aa  310  8e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  35.19 
 
 
772 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.24 
 
 
849 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 
771 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.98 
 
 
758 aa  305  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.93 
 
 
775 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
779 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  33.52 
 
 
776 aa  302  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
760 aa  301  3e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
760 aa  301  3e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 
1002 aa  300  6e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  37.55 
 
 
760 aa  299  1e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
775 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.65 
 
 
748 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  33.56 
 
 
856 aa  295  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.31 
 
 
1013 aa  295  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
748 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.24 
 
 
769 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.53 
 
 
755 aa  291  4e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  36.96 
 
 
798 aa  290  5.0000000000000004e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  35.73 
 
 
755 aa  290  6e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
751 aa  290  6e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.33 
 
 
756 aa  290  9e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  35.6 
 
 
745 aa  289  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  33.91 
 
 
855 aa  288  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 
774 aa  288  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  32.15 
 
 
842 aa  288  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 
751 aa  287  5e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  34.18 
 
 
783 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
738 aa  283  8.000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  38.2 
 
 
759 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  35.33 
 
 
772 aa  281  3e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1002 aa  280  9e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  32.61 
 
 
852 aa  279  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 
745 aa  279  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 
752 aa  279  1e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.15 
 
 
1002 aa  279  1e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.01 
 
 
745 aa  278  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 
791 aa  278  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  35.69 
 
 
625 aa  276  9e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  37.47 
 
 
770 aa  276  9e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 
746 aa  275  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.13 
 
 
709 aa  273  7e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 
762 aa  270  1e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
757 aa  266  7e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.14 
 
 
847 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.33 
 
 
844 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.73 
 
 
846 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  30.57 
 
 
509 aa  261  3e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
746 aa  261  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  32.73 
 
 
847 aa  260  6e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  32.66 
 
 
847 aa  260  7e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  34.75 
 
 
993 aa  259  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.14 
 
 
759 aa  257  6e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  29.88 
 
 
508 aa  254  4.0000000000000004e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  32.65 
 
 
931 aa  251  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  32.46 
 
 
980 aa  251  4e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  34.33 
 
 
1003 aa  250  6e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  31.81 
 
 
812 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 
844 aa  246  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 
721 aa  246  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
755 aa  244  3.9999999999999997e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  32.89 
 
 
936 aa  243  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
875 aa  239  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.01 
 
 
871 aa  239  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 
799 aa  239  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  30.18 
 
 
506 aa  238  2e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  34.66 
 
 
567 aa  239  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  33.97 
 
 
728 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  32.82 
 
 
895 aa  238  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
874 aa  237  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
743 aa  236  9e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  34.49 
 
 
728 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 
770 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 
864 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  29.5 
 
 
856 aa  223  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.01 
 
 
865 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 
763 aa  217  8e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  30.46 
 
 
908 aa  212  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  30.16 
 
 
822 aa  206  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 
762 aa  205  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 
783 aa  199  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  31.07 
 
 
689 aa  184  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  27.95 
 
 
884 aa  173  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  26.91 
 
 
1280 aa  164  4.0000000000000004e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006680  CNK03200  bacteriophytochrome histidine kinase, putative  27.71 
 
 
1871 aa  163  1e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.796961  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 
740 aa  159  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>