87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1257 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1257  plasmid maintenance system killer  100 
 
 		 98 aa  200  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0146502 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0275  plasmid maintenance system killer  81.63 
 
 		 98 aa  166  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.292531  normal  0.0660179 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2650  plasmid maintenance system killer  81.63 
 
 		 98 aa  166  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.839642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0833  plasmid maintenance system killer  76.53 
 
 		 98 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.463339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1064  plasmid maintenance system killer  73.47 
 
 		 98 aa  156  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0432  hypothetical protein  74.19 
 
 		 62 aa  100  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.160782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0930  putative killer protein  48.45 
 
 		 117 aa  98.2  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3184  plasmid maintenance system killer  49.48 
 
 		 104 aa  94.4  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1488  hypothetical protein  42.11 
 
 		 93 aa  80.5  0.000000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.0000000000000964732  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1092  hypothetical protein  44.58 
 
 		 93 aa  73.6  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1376  plasmid maintenance system killer  40 
 
 		 93 aa  71.6  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3242  plasmid maintenance system killer  45 
 
 		 94 aa  71.2  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0554672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0643  hypothetical protein  36.84 
 
 		 94 aa  68.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000000101357  normal  0.456148 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4917  plasmid maintenance system killer  40 
 
 		 93 aa  69.3  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.131575 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27680  Plasmid maintenance system killer protein  43.84 
 
 		 93 aa  67  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03904  plasmid maintenance system killer protein  49.23 
 
 		 93 aa  66.6  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.462774  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1586  killer protein, putative  45 
 
 		 92 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.315858 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2941  plasmid maintenance system killer  44.62 
 
 		 94 aa  66.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00442539  hitchhiker  0.00124461 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1061  plasmid maintenance system killer  42.68 
 
 		 93 aa  66.6  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000720973 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3615  plasmid maintenance system killer  47.5 
 
 		 94 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.443505  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4369  plasmid maintenance system killer  47.62 
 
 		 94 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0624655  normal  0.0363881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4191  plasmid maintenance system killer  45 
 
 		 92 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0717347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2880  plasmid maintenance system killer  36.84 
 
 		 93 aa  63.9  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.474042  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3226  plasmid maintenance system killer  42.71 
 
 		 95 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.189579 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1668  plasmid maintenance system killer  40 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.856327 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4677  plasmid maintenance system killer  48.33 
 
 		 93 aa  63.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0978715  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2020  plasmid maintenance system killer  50.77 
 
 		 93 aa  62  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2973  plasmid maintenance system killer  43.33 
 
 		 92 aa  62.4  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0534  AAA family ATPase  47.62 
 
 		 112 aa  60.8  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.943308  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3936  plasmid maintenance system killer  43.75 
 
 		 93 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.108034 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1670  plasmid maintenance system killer protein  47.62 
 
 		 105 aa  60.8  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.137882  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0607  plasmid maintenance system killer  42.25 
 
 		 93 aa  60.8  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0223  plasmid maintenance system killer  45 
 
 		 92 aa  60.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.642238  normal  0.270748 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4313  plasmid maintenance system killer  43.24 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0273  plasmid maintenance system killer  43.08 
 
 		 95 aa  60.5  0.000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1215  plasmid maintenance system killer  41.25 
 
 		 93 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2928  plasmid maintenance system killer  43.75 
 
 		 93 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.133815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1106  plasmid maintenance system killer  33.33 
 
 		 95 aa  58.5  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.458841  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6219  plasmid maintenance system killer  42.5 
 
 		 93 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0413  plasmid maintenance system killer  33.68 
 
 		 93 aa  58.2  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0767  plasmid maintenance system killer  41.54 
 
 		 93 aa  57.8  0.00000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5480  plasmid maintenance system killer  42.19 
 
 		 91 aa  57.8  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3199  plasmid maintenance system killer  41.25 
 
 		 92 aa  57.4  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3186  plasmid maintenance system killer  37.76 
 
 		 93 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0260939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6420  plasmid maintenance system killer  42.5 
 
 		 95 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.953679 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3425  plasmid maintenance system killer  34.44 
 
 		 105 aa  57  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.835038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4147  plasmid maintenance system killer  38.95 
 
 		 92 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.813098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3069  plasmid maintenance system killer  41.89 
 
 		 93 aa  57  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2851  plasmid maintenance system killer  42.5 
 
 		 93 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0044  plasmid maintenance system killer  43.53 
 
 		 92 aa  55.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4827  plasmid maintenance system killer  41.25 
 
 		 92 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1907  plasmid maintenance system killer  35.56 
 
 		 93 aa  55.5  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000193605  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0902  hypothetical protein  38.75 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0213  proteic killer protein, putative  38.27 
 
 		 92 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.359466  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2105  plasmid maintenance system killer  35.79 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4755  plasmid maintenance system killer  41.54 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2895  plasmid maintenance system killer  37.5 
 
 		 92 aa  54.3  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541001 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4028  plasmid maintenance system killer  33.68 
 
 		 94 aa  53.9  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1124  plasmid maintenance system killer  40 
 
 		 93 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.178606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3644  plasmid maintenance system killer  38.95 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.018062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2504  plasmid maintenance system killer  38.95 
 
 		 92 aa  52.8  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000281555  normal  0.853623 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2424  plasmid maintenance system killer  34.85 
 
 		 95 aa  52.4  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.228875  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1386  plasmid maintenance system killer  32.63 
 
 		 92 aa  52.4  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1212  plasmid maintenance system killer  37.97 
 
 		 93 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1124  plasmid maintenance system killer  32.63 
 
 		 92 aa  50.8  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000991255  normal  0.581141 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0020  plasmid maintenance system killer  45.28 
 
 		 92 aa  51.2  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.184323  normal  0.0200834 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3084  plasmid maintenance system killer  37.8 
 
 		 92 aa  50.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2470  plasmid maintenance system killer  37.8 
 
 		 92 aa  50.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0423  proteic killer protein, putative  35.79 
 
 		 92 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2762  plasmid maintenance system killer  36.73 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4763  plasmid maintenance system killer  35.94 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.561409 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3242  plasmid maintenance system killer  37.97 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0235263  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1591  plasmid maintenance system killer  29.21 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0593652  normal  0.994697 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1424  plasmid maintenance system killer  32.88 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4132  plasmid maintenance system killer  40 
 
 		 86 aa  48.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0858239  normal  0.0714876 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4140  plasmid maintenance system killer  44.05 
 
 		 92 aa  47.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4450  plasmid maintenance system killer  34.15 
 
 		 92 aa  47.4  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3169  plasmid maintenance system killer  43.64 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0238227  unclonable  0.0000000000000109044 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2694  plasmid maintenance system killer  40.32 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0416  plasmid maintenance system killer  36.07 
 
 		 92 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3069  plasmid maintenance system killer  43.14 
 
 		 92 aa  47  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.67304  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5381  plasmid maintenance system killer  33.68 
 
 		 101 aa  45.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0821109  hitchhiker  0.0023513 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1080  plasmid maintenance system killer  36.73 
 
 		 111 aa  43.5  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2030  plasmid maintenance system killer  36.07 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0022  plasmid maintenance system toxin protein HigB  32.5 
 
 		 101 aa  43.5  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00990261  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0088  plasmid maintenance system killer protein  32.53 
 
 		 91 aa  41.2  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.167827  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0090  plasmid maintenance system killer  32.53 
 
 		 91 aa  41.2  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>