69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1245 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3777  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  83.62 
 
 
410 aa  726  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0498224  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1688  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  82.25 
 
 
409 aa  704  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1245  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  100 
 
 
409 aa  842  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  unclonable  2.41639e-08 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4023  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  81.91 
 
 
410 aa  711  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.53217  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0937  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  68.73 
 
 
410 aa  585  1e-166  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3268  putative coenzyme F420 hydrogenase  66.83 
 
 
409 aa  582  1e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.96965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0300  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  62.66 
 
 
412 aa  539  1e-152  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1640  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  65.47 
 
 
419 aa  509  1e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.326327  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1359  coenzyme F420 hydrogenase  36.72 
 
 
401 aa  293  5e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1394  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  36.07 
 
 
401 aa  288  8e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1364  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  36.07 
 
 
401 aa  288  8e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0101  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  36.65 
 
 
397 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0353763 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0742  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  35.86 
 
 
401 aa  283  5e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00706315  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4214  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  36.39 
 
 
397 aa  276  3e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.14758  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3552  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain-containing protein  35.08 
 
 
399 aa  265  8e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.935534  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2254  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  36.32 
 
 
402 aa  265  1e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3479  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  35.32 
 
 
429 aa  249  5e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36251  predicted protein  32.66 
 
 
428 aa  234  1e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0805225  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0188  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  31.87 
 
 
428 aa  218  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1791  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  32.7 
 
 
416 aa  216  4e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  8.03312e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2739  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  32.11 
 
 
391 aa  212  9e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0603  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  28.65 
 
 
381 aa  196  7e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.110275  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0952  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  30.1 
 
 
381 aa  196  7e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.529831  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0696  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  31.02 
 
 
352 aa  185  1e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43972  predicted protein  28.64 
 
 
536 aa  173  5e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.549222  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0255  F420H2 dehydrogenase subunit F  25.38 
 
 
346 aa  102  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2371  F420H2 dehydrogenase subunit F  26.25 
 
 
343 aa  98.6  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0087  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  27.8 
 
 
291 aa  89  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127818  normal  0.061617 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2329  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  28.1 
 
 
288 aa  87  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2177  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.89 
 
 
298 aa  80.5  5e-14  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0174  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  27.46 
 
 
362 aa  79.3  1e-13  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.318509  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0619  nitrite and sulphite reductase  25.62 
 
 
639 aa  78.6  2e-13  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00799056  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0662  coenzyme F420 hydrogenase beta subunit  31.33 
 
 
344 aa  79  2e-13  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.368347 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0012  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.96 
 
 
290 aa  77  6e-13  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0476  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.09 
 
 
308 aa  76.3  9e-13  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.601068 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2707  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  27.57 
 
 
341 aa  73.9  4e-12  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.889848  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0331  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  29.66 
 
 
339 aa  73.6  6e-12  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0630  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.52 
 
 
282 aa  71.2  3e-11  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.9157 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0881  coenzyme F420 hydrogenase, beta subunit  23.43 
 
 
387 aa  70.1  6e-11  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0449  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  26.45 
 
 
291 aa  70.1  7e-11  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1288  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.52 
 
 
282 aa  69.7  1e-10  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0646  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.1 
 
 
282 aa  68.9  2e-10  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0214  iron-sulfur cluster-binding protein/coenzyme F420-reducing hydrogenase, beta subunit, putative  24.51 
 
 
428 aa  67.8  3e-10  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0778  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  26.96 
 
 
618 aa  67.8  3e-10  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.542223  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0193  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.1 
 
 
282 aa  67.8  4e-10  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2290  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.79 
 
 
291 aa  67.4  4e-10  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.107219 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0783  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  27.49 
 
 
337 aa  67  6e-10  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00366682  normal  0.213871 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0076  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.31 
 
 
282 aa  66.2  9e-10  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1042  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.52 
 
 
282 aa  66.2  9e-10  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0695  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.27 
 
 
282 aa  66.2  1e-09  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.507932  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1693  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  28.7 
 
 
340 aa  65.5  2e-09  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.884047  normal  0.69888 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0139  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  24.78 
 
 
428 aa  63.9  5e-09  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.668002  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1150  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  26.59 
 
 
364 aa  63.2  8e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4135  hypothetical protein  24.22 
 
 
440 aa  57.4  4e-07  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1303  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  24.58 
 
 
357 aa  56.6  8e-07  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.808254  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2944  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  24.59 
 
 
409 aa  53.9  5e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0242  Coenzyme F420 hydrogenase  23.66 
 
 
538 aa  52  2e-05  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0422  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  24.05 
 
 
355 aa  51.6  3e-05  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.664623 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1326  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  23.58 
 
 
498 aa  50.8  4e-05  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137293  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1095  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  24.18 
 
 
358 aa  48.9  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2261  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like protein  23.87 
 
 
389 aa  48.9  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4481  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  23.82 
 
 
418 aa  47.4  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1832  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  25.84 
 
 
425 aa  46.6  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000318663  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0866  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  24.47 
 
 
359 aa  46.6  0.0008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.161905  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0964  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like protein  24.61 
 
 
400 aa  46.2  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0907338  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1595  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  24.05 
 
 
359 aa  44.7  0.003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.502541  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1334  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  24.57 
 
 
396 aa  44.3  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1144  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  22.61 
 
 
375 aa  44.3  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.592396  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3880  hypothetical protein  25.12 
 
 
459 aa  43.9  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>