78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1240 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  79.96 
 
 
473 aa  689  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  80.59 
 
 
473 aa  696  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  100 
 
 
484 aa  938  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  2.83623e-08 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  83.23 
 
 
483 aa  744  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  83.41 
 
 
475 aa  718  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  82.97 
 
 
475 aa  714  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  77.34 
 
 
475 aa  667  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  81.05 
 
 
478 aa  715  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  59.7 
 
 
480 aa  516  1e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  61.65 
 
 
476 aa  506  1e-142  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  61.02 
 
 
467 aa  498  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  58.17 
 
 
459 aa  493  1e-138  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  64.22 
 
 
465 aa  483  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  58.19 
 
 
477 aa  484  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  62.01 
 
 
481 aa  483  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  60.26 
 
 
477 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  59.91 
 
 
477 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  59.83 
 
 
477 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  57.72 
 
 
459 aa  472  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  61.04 
 
 
481 aa  473  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  61.88 
 
 
476 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  57.72 
 
 
459 aa  472  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  61.34 
 
 
477 aa  470  1e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  61.21 
 
 
475 aa  467  1e-130  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  61.79 
 
 
481 aa  459  1e-128  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  56.54 
 
 
481 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  57.85 
 
 
479 aa  400  1e-110  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  55.11 
 
 
478 aa  399  1e-110  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  56.95 
 
 
479 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  56.95 
 
 
479 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  49.77 
 
 
475 aa  373  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  37.59 
 
 
474 aa  231  2e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  35.71 
 
 
472 aa  214  4e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  35.99 
 
 
474 aa  213  7e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  31.84 
 
 
433 aa  170  5e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  30.59 
 
 
434 aa  152  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  29.45 
 
 
432 aa  150  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30.61 
 
 
434 aa  144  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  32.05 
 
 
433 aa  144  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  27.82 
 
 
488 aa  138  3e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  29.8 
 
 
447 aa  133  7e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  27.43 
 
 
477 aa  129  9e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  30.18 
 
 
447 aa  129  1e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  26.09 
 
 
487 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  26.09 
 
 
487 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  32.24 
 
 
438 aa  127  4e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  30.11 
 
 
452 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  29.38 
 
 
427 aa  123  1e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  29.95 
 
 
447 aa  121  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  29.13 
 
 
483 aa  120  4e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  29.38 
 
 
427 aa  120  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  25.32 
 
 
481 aa  118  2e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  28.73 
 
 
427 aa  116  1e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  26.93 
 
 
452 aa  115  2e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  27.52 
 
 
478 aa  115  2e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  28.54 
 
 
433 aa  115  2e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  28.1 
 
 
472 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  28.64 
 
 
444 aa  113  8e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  27.38 
 
 
449 aa  113  1e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  26.35 
 
 
472 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  29.43 
 
 
455 aa  106  7e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  27.53 
 
 
448 aa  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  28.6 
 
 
449 aa  104  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  27.29 
 
 
449 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  28.1 
 
 
449 aa  101  4e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  27.85 
 
 
455 aa  99.8  9e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  27.73 
 
 
450 aa  99.4  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  27.7 
 
 
457 aa  99  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  1.23013e-05 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  27.01 
 
 
459 aa  97.1  7e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  26.78 
 
 
448 aa  96.3  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  27.17 
 
 
448 aa  92.8  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  31.51 
 
 
448 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  26.59 
 
 
457 aa  90.9  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  27.34 
 
 
458 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  31.53 
 
 
417 aa  88.2  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  27.86 
 
 
459 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  28.2 
 
 
512 aa  80.9  5e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  25.34 
 
 
452 aa  72  2e-11  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>