28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1239 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1239  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 
59 aa  119  2e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  6.66416e-07  unclonable  1.60108e-08 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3786  antenna complex, alpha/beta subunit  94.92 
 
 
59 aa  115  2e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0407827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4032  antenna complex, alpha/beta subunit  93.22 
 
 
59 aa  113  8e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.460767  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2926  antenna complex alpha/beta subunit  91.53 
 
 
59 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1679  antenna complex alpha/beta subunit  88.14 
 
 
59 aa  108  2e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2609  antenna complex, alpha/beta subunit  89.83 
 
 
59 aa  107  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142942  hitchhiker  0.00280772 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2863  antenna complex, alpha/beta subunit  88.14 
 
 
59 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.105944  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3788  antenna complex, alpha/beta subunit  81.36 
 
 
59 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2399  antenna complex, alpha/beta subunit  77.97 
 
 
59 aa  98.6  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0690333 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4447  antenna complex, alpha/beta subunit  76.27 
 
 
59 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.598274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3421  antenna complex alpha/beta subunit  77.19 
 
 
59 aa  94  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.419433  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4771  antenna complex alpha/beta subunit  89.8 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1334  antenna complex, alpha/beta subunit  85.71 
 
 
67 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3891  antenna complex, alpha/beta subunit  85.11 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00637036  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0220  antenna complex, alpha/beta subunit  80.85 
 
 
67 aa  82  2e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00667798  decreased coverage  0.00260316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3784  antenna complex, alpha/beta subunit  70 
 
 
65 aa  77.8  5e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.821557  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3082  light harvesting protein B-800-850, alpha chain  56.67 
 
 
127 aa  73.9  6e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3419  antenna complex alpha/beta subunit  69.39 
 
 
65 aa  73.9  7e-13  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.540512  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2392  antenna complex, alpha/beta subunit  67.35 
 
 
65 aa  72.4  2e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.118704 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4441  antenna complex, alpha/beta subunit  66.67 
 
 
65 aa  70.5  7e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.562609 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6256  LHII alpha, light-harvesting B800/850 protein  52 
 
 
54 aa  61.2  5e-09  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1959  antenna complex, alpha/beta subunit  52 
 
 
54 aa  61.2  5e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0980  antenna complex, alpha/beta subunit  53.19 
 
 
54 aa  60.1  1e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1582  antenna complex, alpha/beta subunit  53.06 
 
 
107 aa  56.6  1e-07  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0209  antenna complex, alpha/beta subunit  45.83 
 
 
257 aa  52.4  2e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6158  light-harvesting complex alpha subunit  45.83 
 
 
263 aa  52.4  2e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3038  antenna complex, alpha/beta subunit  45.83 
 
 
239 aa  52  3e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.631702  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1408  antenna complex, alpha/beta subunit  64.71 
 
 
71 aa  45.8  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>