37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1238 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1238  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 
51 aa  107  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  5.3381e-08  unclonable  1.60108e-08 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3789  antenna complex, alpha/beta subunit  96.08 
 
 
51 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3783  antenna complex, alpha/beta subunit  96.08 
 
 
51 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.999475  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4448  antenna complex, alpha/beta subunit  98.04 
 
 
51 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.600971 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4033  antenna complex, alpha/beta subunit  98.04 
 
 
51 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634064  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2400  antenna complex, alpha/beta subunit  98 
 
 
51 aa  103  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0700836 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3787  antenna complex, alpha/beta subunit  98 
 
 
51 aa  103  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0410146 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1678  antenna complex alpha/beta subunit  98 
 
 
51 aa  103  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4770  antenna complex alpha/beta subunit  98 
 
 
51 aa  103  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3890  antenna complex, alpha/beta subunit  96 
 
 
51 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0231845  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1335  antenna complex, alpha/beta subunit  96 
 
 
51 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3422  antenna complex alpha/beta subunit  96 
 
 
51 aa  100  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.418252  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0219  antenna complex, alpha/beta subunit  92.16 
 
 
51 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00256874  decreased coverage  0.00258596 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4440  antenna complex, alpha/beta subunit  90 
 
 
51 aa  97.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.555045 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2391  antenna complex, alpha/beta subunit  88 
 
 
51 aa  94.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.112688 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3418  antenna complex alpha/beta subunit  90 
 
 
51 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3081  light harvesting protein B-800-850  80 
 
 
52 aa  88.6  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1581  antenna complex, alpha/beta subunit  70 
 
 
51 aa  82  2e-15  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2927  antenna complex alpha/beta subunit  95 
 
 
47 aa  80.9  6e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2610  antenna complex, alpha/beta subunit  92.5 
 
 
47 aa  79.7  1e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.202435  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2862  antenna complex, alpha/beta subunit  92.5 
 
 
47 aa  79.7  1e-14  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0341881  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1556  light-harvesting complex, beta subunit  66 
 
 
51 aa  79.3  2e-14  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234529  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0208  antenna complex, alpha/beta subunit  66 
 
 
51 aa  79.3  2e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3037  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  78.6  3e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0981  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  77.4  6e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0314  LHII beta, light-harvesting B800/850 protein  64 
 
 
51 aa  77.4  6e-14  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1958  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  77.4  6e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2900  light-harvesting protein B-800/850 beta chain  62 
 
 
51 aa  74.7  4e-13  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1407  antenna complex, alpha/beta subunit  67.39 
 
 
59 aa  73.9  8e-13  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6433  light harvesting 1 beta subunit  50.98 
 
 
77 aa  47  9e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6108  LHI beta, light-harvesting B875 subunit  40.43 
 
 
49 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.536338  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2032  antenna complex, alpha/beta subunit  45 
 
 
60 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.832687 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1902  antenna complex, alpha/beta subunit  40.43 
 
 
49 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621384  normal  0.411147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3701  antenna complex alpha/beta subunit  42.86 
 
 
76 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270474  hitchhiker  0.00274594 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1411  antenna complex, alpha/beta subunit  45 
 
 
75 aa  41.6  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3521  light-harvesting protein B-870 beta chain  36.17 
 
 
49 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.946391  normal  0.159593 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0175  antenna complex, alpha/beta subunit  42.5 
 
 
60 aa  41.6  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>