263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1150 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  100 
 
 
82 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  84.34 
 
 
83 aa  135  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  85 
 
 
83 aa  135  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  83.13 
 
 
83 aa  134  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  83.13 
 
 
83 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  81.93 
 
 
83 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  81.01 
 
 
83 aa  124  5e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  67.61 
 
 
94 aa  101  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  62.96 
 
 
97 aa  101  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  67.61 
 
 
94 aa  101  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  62.96 
 
 
93 aa  97.8  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  66.67 
 
 
88 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  66.67 
 
 
88 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.32 
 
 
113 aa  94.4  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.25 
 
 
86 aa  92.4  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  59.26 
 
 
86 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.14 
 
 
83 aa  88.2  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60.53 
 
 
85 aa  87.8  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.11 
 
 
88 aa  87.4  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.7 
 
 
83 aa  87  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.63 
 
 
84 aa  86.7  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.79 
 
 
83 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.79 
 
 
83 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.9 
 
 
84 aa  83.2  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.9 
 
 
84 aa  83.2  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.9 
 
 
84 aa  83.2  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.37 
 
 
105 aa  82  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52 
 
 
81 aa  80.9  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
87 aa  80.1  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  52 
 
 
80 aa  78.6  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
80 aa  77.8  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.24 
 
 
83 aa  73.9  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
122 aa  72.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  70.1  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26440  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.75 
 
 
91 aa  67.4  0.00000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.102851  normal  0.416491 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.48 
 
 
84 aa  65.9  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.78 
 
 
76 aa  64.7  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.44 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1100  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.67 
 
 
86 aa  63.5  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.48 
 
 
79 aa  63.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1980  exonuclease VII, small subunit  54.39 
 
 
61 aa  63.5  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.671148  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3317  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.38 
 
 
80 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16330  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.62 
 
 
95 aa  62  0.000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.07 
 
 
79 aa  60.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.07 
 
 
79 aa  60.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22980  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.83 
 
 
104 aa  60.1  0.000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.435723  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3117  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.88 
 
 
70 aa  60.1  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.03656  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2836  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.12 
 
 
76 aa  59.7  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0182244  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
87 aa  60.1  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0937  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.33 
 
 
92 aa  59.3  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.62 
 
 
85 aa  59.3  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0935  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.48 
 
 
80 aa  58.5  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25175  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8276  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.62 
 
 
81 aa  58.5  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.293612  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20420  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.85 
 
 
149 aa  58.5  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.672892  normal  0.487259 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  50 
 
 
77 aa  58.5  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1050  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.39 
 
 
70 aa  58.9  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.18 
 
 
90 aa  58.9  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.03 
 
 
76 aa  58.2  0.00000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.03 
 
 
76 aa  57.8  0.00000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  33.77 
 
 
155 aa  57.8  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0847  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.18 
 
 
110 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.550336 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5909  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.56 
 
 
101 aa  57.4  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.919185 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0528  Exonuclease VII small subunit  43.86 
 
 
60 aa  57  0.00000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.877558 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.59 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.55 
 
 
76 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.07 
 
 
78 aa  56.2  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.6177  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1003  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.82 
 
 
86 aa  56.6  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000898352  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  45.59 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1894  exonuclease VII, small subunit  49.18 
 
 
64 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.24895 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.06 
 
 
109 aa  56.6  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2587  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.51 
 
 
83 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00858119  normal  0.452628 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2551  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.85 
 
 
72 aa  55.8  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000943979 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1057  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.36 
 
 
75 aa  55.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.900986  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0020  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.37 
 
 
68 aa  55.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2037  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.16 
 
 
78 aa  56.2  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.03 
 
 
84 aa  55.8  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3110  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
84 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3879  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.54 
 
 
89 aa  55.5  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3072  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
84 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3251  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
84 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3083  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.85 
 
 
82 aa  54.7  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.18 
 
 
85 aa  54.3  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  34.25 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0822  exonuclease VII small subunit  42.42 
 
 
70 aa  53.9  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0239086 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2321  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.33 
 
 
77 aa  53.9  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0832  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.06 
 
 
80 aa  53.9  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000144459  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.28 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.28 
 
 
80 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0128  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.19 
 
 
88 aa  52.8  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310342  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.91 
 
 
85 aa  53.5  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.83 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0877  exonuclease VII, small subunit  49.09 
 
 
70 aa  53.5  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>