176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1068 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1068  BioY protein  100 
 
 
192 aa  355  3e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3287  BioY protein  78.12 
 
 
192 aa  287  8e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.508525  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0622  BioY protein  50 
 
 
187 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560526  normal  0.0354097 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0581  BioY protein  49.43 
 
 
187 aa  157  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.981929  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0501  BioY protein  52.73 
 
 
187 aa  133  1e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0382459  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3648  bioY family protein  42.61 
 
 
191 aa  132  4e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1004  biotin synthesis BioY protein  46.63 
 
 
187 aa  130  1e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3315  BioY protein  42.61 
 
 
191 aa  128  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.66456e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1580  bioY family protein  41.48 
 
 
191 aa  128  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  7.0307e-10  normal  0.0383655 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3685  BioY protein  42.47 
 
 
189 aa  127  1e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1953  hypothetical protein  39.66 
 
 
189 aa  123  1e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.327178  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4601  BioY protein  46.74 
 
 
197 aa  123  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.440698  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1864  BioY family protein  40.83 
 
 
182 aa  112  3e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3659  BioY protein  52.54 
 
 
179 aa  110  1e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3737  bioY family protein  42.05 
 
 
191 aa  110  1e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.776545  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1159  BioY protein  41.36 
 
 
231 aa  108  4e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.934928  normal  0.98055 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0463  BioY family protein  36.11 
 
 
179 aa  107  7e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0504  BioY protein  41.76 
 
 
210 aa  107  8e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3464  BioY protein  38.54 
 
 
205 aa  106  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1193  biotin transport protein BioY  40 
 
 
184 aa  107  2e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0516  hypothetical protein  38.01 
 
 
180 aa  105  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0355774  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2349  BioY protein  42.35 
 
 
184 aa  105  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3659  bioY family protein  41.48 
 
 
191 aa  105  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00282906  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2307  BioY protein  42.35 
 
 
184 aa  105  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.366824  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0733  BioY protein  34.43 
 
 
190 aa  104  9e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.307469  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1529  BioY protein  45.96 
 
 
188 aa  103  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3640  bioY family protein  41.48 
 
 
191 aa  102  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3331  bioY family protein  41.48 
 
 
191 aa  102  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  4.23922e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3381  bioY family protein  42.05 
 
 
191 aa  102  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  4.96357e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3689  bioY family protein  42.05 
 
 
191 aa  102  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  5.93466e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0398  BioY family protein  34.46 
 
 
179 aa  102  4e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  9.49175e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3420  bioY family protein  42.05 
 
 
191 aa  102  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.18504e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3228  BioY protein  38.51 
 
 
201 aa  99.8  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2113  BioY protein  41.18 
 
 
224 aa  93.6  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0646325  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0283  BioY protein  37.22 
 
 
179 aa  93.2  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1156  BioY protein  39.89 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5660  BioY protein  37.5 
 
 
202 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5370  BioY protein  37.5 
 
 
202 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5281  BioY protein  37.5 
 
 
202 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.170405  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05160  BioY protein  37.93 
 
 
184 aa  90.1  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2320  BioY protein  44.89 
 
 
180 aa  89.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1732  BioY protein  40 
 
 
208 aa  88.6  5e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2911  BioY protein  42.41 
 
 
202 aa  87  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.464449 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2139  BioY protein  39.18 
 
 
192 aa  86.3  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.990413  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1540  BioY protein  43.93 
 
 
194 aa  85.9  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1855  BioY protein  38.92 
 
 
216 aa  85.5  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505992 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5454  BioY protein  46.89 
 
 
215 aa  84.3  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0263826  normal  0.18678 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3386  BioY protein  47.49 
 
 
182 aa  84.3  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.812512  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2319  BioY protein  44.13 
 
 
194 aa  83.6  2e-15  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0018  BioY protein  41.96 
 
 
205 aa  83.6  2e-15  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000199845 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2725  BioY protein  34.97 
 
 
184 aa  81.6  7e-15  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.401651  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0127  BioY protein  37.14 
 
 
169 aa  80.9  1e-14  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0129  BioY protein  37.14 
 
 
169 aa  80.9  1e-14  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0144  BioY protein  39.43 
 
 
189 aa  79.7  2e-14  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.964994 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20560  hypothetical protein  41.38 
 
 
221 aa  79.7  2e-14  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0586  biotin synthesis BioY protein  35.15 
 
 
187 aa  79.7  3e-14  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2213  BioY protein  33.9 
 
 
182 aa  79  4e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.2911e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4131  BioY protein  34.87 
 
 
189 aa  78.6  5e-14  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.777139  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1681  BioY protein  42.77 
 
 
225 aa  76.3  2e-13  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1749  BioY protein  37.8 
 
 
182 aa  76.6  2e-13  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.969315  normal  0.0325978 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1318  BioY protein  41.52 
 
 
189 aa  76.3  2e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00324631 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2314  hypothetical protein  45.34 
 
 
222 aa  76.3  3e-13  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.462217  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2689  BioY protein  37.32 
 
 
197 aa  76.3  3e-13  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3185  BioY protein  37.91 
 
 
178 aa  76.3  3e-13  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0061  BioY protein  32.96 
 
 
182 aa  75.9  4e-13  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  3.03529e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3349  BioY protein  38.61 
 
 
207 aa  75.5  5e-13  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3071  BioY protein  42 
 
 
204 aa  74.3  9e-13  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2544  BioY protein  34.07 
 
 
192 aa  73.9  1e-12  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  2.69732e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4523  BioY protein  36.91 
 
 
206 aa  73.6  2e-12  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.850691  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0659  BioY protein  32.03 
 
 
171 aa  72.8  3e-12  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.728186  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1200  BioY family protein  32.9 
 
 
216 aa  72.4  4e-12  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.3254e-06 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21300  hypothetical protein  37.18 
 
 
197 aa  72.4  4e-12  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21840  hypothetical protein  37.97 
 
 
212 aa  72.4  4e-12  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.104795  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3444  BioY protein  36.42 
 
 
181 aa  70.5  1e-11  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.356601 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0726  biotin synthase  39.19 
 
 
179 aa  70.1  2e-11  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  1.4315e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0991  BioY protein  36.73 
 
 
199 aa  70.1  2e-11  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3677  BioY protein  29.55 
 
 
182 aa  69.3  3e-11  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  9.40294e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0476  BioY protein  38.1 
 
 
182 aa  69.3  3e-11  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.014299 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1014  BioY protein  32.03 
 
 
169 aa  69.3  3e-11  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.842683  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0233  BioY protein  35.03 
 
 
197 aa  68.9  4e-11  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3231  BioY protein  31.82 
 
 
184 aa  69.3  4e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  2.66759e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2735  BioY protein  36.24 
 
 
195 aa  69.3  4e-11  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1198  BioY protein  36.42 
 
 
191 aa  68.9  5e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2725  BioY protein  37.84 
 
 
195 aa  67.8  1e-10  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.318668  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3107  Na+/H+ antiporter  37.41 
 
 
192 aa  66.6  2e-10  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1206  bioY family protein  38.18 
 
 
175 aa  66.6  2e-10  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0539  BioY protein  39.13 
 
 
203 aa  66.2  3e-10  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.203446  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3688  BioY protein  36.91 
 
 
190 aa  65.5  5e-10  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.983357  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07160  hypothetical protein  37.84 
 
 
205 aa  65.5  5e-10  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.635094  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4638  BioY protein  38.64 
 
 
203 aa  65.5  5e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.395619 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1491  BioY protein  34.33 
 
 
220 aa  65.5  5e-10  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.865608  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1123  BioY protein  38.86 
 
 
197 aa  65.1  5e-10  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.432616  normal  0.483731 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0140  BioY protein  37.98 
 
 
216 aa  65.1  7e-10  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  4.11922e-06 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0143  BioY protein  37.98 
 
 
216 aa  65.1  7e-10  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01740  hypothetical protein  45.99 
 
 
204 aa  64.7  7e-10  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.770223 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1671  BioY protein  35.25 
 
 
207 aa  64.7  8e-10  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000998664 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1630  hypothetical protein  42.25 
 
 
199 aa  64.7  9e-10  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1719  BioY family protein  35.57 
 
 
191 aa  63.5  2e-09  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1662  BioY family protein  35.57 
 
 
191 aa  63.5  2e-09  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1515  bioY family protein  31.52 
 
 
184 aa  63.2  2e-09  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00248245  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>