More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1059 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1059  malonate decarboxylase subunit beta  100 
 
 		 318 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3296  malonate decarboxylase subunit beta  90.88 
 
 		 318 aa  600  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.966194 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1324  malonate decarboxylase subunit beta  72.78 
 
 		 318 aa  472  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1845  malonate decarboxylase subunit beta  45.92 
 
 		 295 aa  233  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4018  malonate decarboxylase subunit beta  44.33 
 
 		 300 aa  229  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5372  malonate decarboxylase subunit beta  50.85 
 
 		 292 aa  219  6e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1766  malonate decarboxylase subunit beta  50.43 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.38997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2894  acetyl-CoA carboxylase beta subunit  41 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.25289  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1079  malonate decarboxylase subunit beta  48.74 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2893  malonate decarboxylase subunit beta  48.7 
 
 		 291 aa  202  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0077  malonate decarboxylase subunit beta  50 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.405933 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1144  malonate decarboxylase subunit beta  42.19 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.431032  normal  0.55922 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1161  malonate decarboxylase subunit beta  43.18 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0792  beta subunit of malonate decarboxylase  44.64 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0446247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4414  malonate decarboxylase subunit beta  41.61 
 
 		 334 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.671916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0790  malonate decarboxylase subunit beta  43.09 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1271  malonate decarboxylase subunit beta  43.09 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00826271  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6855  malonate decarboxylase subunit beta  43.75 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1243  malonate decarboxylase subunit beta  42.77 
 
 		 311 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  0.0801604 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0027  malonate decarboxylase subunit beta  43.2 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0026  malonate decarboxylase subunit beta  42.62 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.840906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3866  malonate decarboxylase subunit beta  42.39 
 
 		 281 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4942  malonate decarboxylase subunit beta  42.39 
 
 		 281 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0873068 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0169  malonate decarboxylase subunit beta  41.37 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262822  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3153  malonate decarboxylase subunit beta  42.12 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5084  malonate decarboxylase, beta subunit  38.7 
 
 		 283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1149  malonate decarboxylase subunit beta  40.58 
 
 		 311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571735  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0048  malonate decarboxylase subunit beta  42.52 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179733  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3190  malonate decarboxylase subunit beta  40.86 
 
 		 309 aa  179  8e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409108 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0445  malonate decarboxylase subunit beta  43.67 
 
 		 283 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10310  malonate decarboxylase subunit beta  42.5 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00325574  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2048  malonate decarboxylase subunit beta  41.35 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3035  malonate decarboxylase subunit beta  43 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0541  malonate decarboxylase subunit beta  43 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4288  malonate decarboxylase subunit beta  41.87 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.49827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1258  malonate decarboxylase subunit beta  43 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309742  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0612  malonate decarboxylase subunit beta  43 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241216  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1454  malonate decarboxylase subunit beta  43 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601121  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1484  malonate decarboxylase subunit beta  43 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1584  malonate decarboxylase subunit beta  43 
 
 		 315 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5084  malonate decarboxylase subunit beta  40.36 
 
 		 296 aa  176  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297024  normal  0.137892 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2801  malonate decarboxylase subunit beta  43.79 
 
 		 315 aa  175  9e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546817  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2880  malonate decarboxylase subunit beta  43.62 
 
 		 282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0949  malonate decarboxylase subunit beta  41.7 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1847  malonate decarboxylase subunit beta  44.86 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.5038  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4818  malonate decarboxylase subunit beta  44.39 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.049139  normal  0.0262322 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4590  malonate decarboxylase subunit beta  37.1 
 
 		 290 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2441  malonate decarboxylase subunit beta  41.98 
 
 		 282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4928  malonate decarboxylase subunit beta  41.67 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3776  malonate decarboxylase subunit beta  41.35 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3657  Acetyl-CoA carboxylase beta subunit-like protein  38.36 
 
 		 380 aa  158  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5299  malonate decarboxylase subunit beta  38.95 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1244  malonate decarboxylase subunit beta  43.04 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2609  malonate decarboxylase subunit beta  43.7 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.17179  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02580  malonate decarboxylase subunit beta  42.73 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0046071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0295  malonate decarboxylase subunit beta  41.28 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.354415  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  36.78 
 
 		 398 aa  144  3e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  30.95 
 
 		 499 aa  92.4  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1320  carboxyl transferase  32.64 
 
 		 530 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00164381  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2555  propionyl-CoA carboxylase complex B subunit  30.28 
 
 		 534 aa  82.8  0.000000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.117382  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4364  carboxyl transferase  29.32 
 
 		 541 aa  80.5  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3941  carboxyl transferase  29.8 
 
 		 536 aa  80.9  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0385716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  30.45 
 
 		 537 aa  80.9  0.00000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0195606  normal  0.225361 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0792  carboxyl transferase  29.71 
 
 		 524 aa  80.1  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.224802  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0700  carboxyl transferase  32.11 
 
 		 529 aa  80.5  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1041  carboxyl transferase  32.39 
 
 		 542 aa  80.1  0.00000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2907  propionyl-CoA carboxylase  31.77 
 
 		 514 aa  79.7  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0585  carboxyl transferase  30.41 
 
 		 512 aa  79.3  0.00000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2881  carboxyl transferase  28.17 
 
 		 514 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05890  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  29.32 
 
 		 546 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.35884 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6390  carboxyl transferase  31.38 
 
 		 543 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0531526  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1431  propionyl-CoA carboxylase beta chain  28.28 
 
 		 513 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0291  carboxyl transferase  29.58 
 
 		 519 aa  77.4  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2466  carboxyl transferase  31.45 
 
 		 550 aa  77  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0156  carboxyl transferase  27.6 
 
 		 513 aa  76.6  0.0000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.344953  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1840  carboxyl transferase  30.59 
 
 		 542 aa  76.3  0.0000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.132711  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0947  carboxyl transferase  27.43 
 
 		 513 aa  76.3  0.0000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.592853  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1342  carboxyl transferase  26.67 
 
 		 511 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.525317  normal  0.223983 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0889  carboxyl transferase  32.99 
 
 		 564 aa  75.9  0.0000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0856  carboxyl transferase  32.99 
 
 		 527 aa  75.5  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0690985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4130  carboxyl transferase  32.29 
 
 		 530 aa  74.7  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1317  carboxyl transferase  28.44 
 
 		 512 aa  74.7  0.000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0950  carboxyl transferase  34.03 
 
 		 514 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.216274 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1043  carboxyl transferase  29.33 
 
 		 549 aa  73.9  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.282671  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1621  Propionyl-CoA carboxylase  30.09 
 
 		 513 aa  73.9  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4774  carboxyl transferase  32.12 
 
 		 538 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0386  propionyl-CoA carboxylase  33.16 
 
 		 514 aa  73.9  0.000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1677  carboxyl transferase  32.82 
 
 		 542 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0802  carboxyl transferase  29.75 
 
 		 527 aa  73.6  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000659561 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1738  carboxyl transferase  31.61 
 
 		 516 aa  73.6  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3166  carboxyl transferase  30.21 
 
 		 521 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0567033  normal  0.702037 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0201  carboxyl transferase  31.8 
 
 		 521 aa  73.2  0.000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0217258  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1021  carboxyl transferase  30.8 
 
 		 531 aa  72.8  0.000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.698781  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1521  methylmalonyl-CoA decarboxylase, alpha subunit  29.41 
 
 		 513 aa  72.8  0.000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4230  carboxyl transferase  31.05 
 
 		 552 aa  72.8  0.000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551859  normal  0.395293 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5914  carboxyl transferase  32.98 
 
 		 551 aa  72.8  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.744099  normal  0.878673 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0053  carboxyl transferase  32.07 
 
 		 510 aa  72.4  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13309  propionyl-CoA carboxylase beta subunit 5 accD5  32.47 
 
 		 548 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0214  carboxyl transferase  29.05 
 
 		 515 aa  72.4  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0699  carboxyl transferase  30.81 
 
 		 516 aa  72  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>