More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1047 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1047  major facilitator transporter  100 
 
 		 451 aa  896    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4108  major facilitator family transporter  66.59 
 
 		 449 aa  550  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.073539  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4135  general substrate transporter  66.36 
 
 		 449 aa  550  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1587  major facilitator transporter  48.21 
 
 		 450 aa  377  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.891359  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5948  major facilitator transporter  45.9 
 
 		 442 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3837  major facilitator superfamily MFS_1  46.33 
 
 		 437 aa  368  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.550889  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3998  General substrate transporter  44.36 
 
 		 430 aa  358  9.999999999999999e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4283  major facilitator transporter  46.53 
 
 		 460 aa  358  9.999999999999999e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.445263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2344  major facilitator transporter  48.57 
 
 		 461 aa  358  9.999999999999999e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4866  major facilitator transporter  43.5 
 
 		 445 aa  354  2e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.778964 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1626  shikimate transporter  44.24 
 
 		 435 aa  353  4e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0419838  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3973  shikimate transporter  44 
 
 		 435 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.483442  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4394  shikimate transporter  44 
 
 		 435 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477148  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2269  shikimate transporter  45.73 
 
 		 439 aa  352  7e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5961  shikimate transporter  44.76 
 
 		 434 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2571  shikimate transporter  44.01 
 
 		 437 aa  351  2e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.168346 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1778  major facilitator transporter  49.88 
 
 		 452 aa  350  2e-95  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3805  shikimate transporter  43.76 
 
 		 435 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  normal  0.688015 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4273  shikimate transporter  43.76 
 
 		 435 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.156206 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4227  shikimate transporter  44.24 
 
 		 435 aa  350  4e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6090  major facilitator transporter  45.8 
 
 		 450 aa  349  7e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791826  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2823  shikimate transporter  43.87 
 
 		 438 aa  347  2e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.347269  normal  0.535086 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5928  major facilitator transporter  46.21 
 
 		 442 aa  347  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0996299  normal  0.185357 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2104  shikimate transporter  44.08 
 
 		 438 aa  347  2e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000181469  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5743  major facilitator superfamily MFS_1  46.21 
 
 		 461 aa  347  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0804971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1144  shikimate transporter  44.08 
 
 		 438 aa  347  3e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000733491  hitchhiker  0.000000475287 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1662  shikimate transporter  44.08 
 
 		 438 aa  347  4e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.520984  normal  0.0496454 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1221  shikimate transporter  43.5 
 
 		 435 aa  346  5e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2263  shikimate transporter  44.08 
 
 		 438 aa  346  6e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01893  shikimate transporter  43.84 
 
 		 438 aa  345  1e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1672  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  43.84 
 
 		 438 aa  345  1e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01882  hypothetical protein  43.84 
 
 		 438 aa  345  1e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6035  shikimate transporter  44.26 
 
 		 439 aa  342  1e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.503054 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4723  major facilitator superfamily MFS_1  44.72 
 
 		 465 aa  341  1e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.238752  normal  0.508287 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1438  major facilitator superfamily MFS_1  43.41 
 
 		 458 aa  340  4e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0076  major facilitator transporter  43.36 
 
 		 450 aa  340  4e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0207  shikimate transporter  42.96 
 
 		 465 aa  338  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3917  major facilitator superfamily MFS_1  43.71 
 
 		 446 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.981496  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4378  major facilitator superfamily MFS_1  43.9 
 
 		 436 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.940021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2383  major facilitator transporter  45.75 
 
 		 441 aa  336  5e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1782  major facilitator superfamily MFS_1  43.75 
 
 		 457 aa  336  5.999999999999999e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0212  shikimate transporter  41.92 
 
 		 465 aa  335  1e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2798  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  45.76 
 
 		 437 aa  335  1e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.606232  normal  0.0553764 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0699  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  43.66 
 
 		 436 aa  334  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.351028  hitchhiker  0.00674532 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5329  major facilitator superfamily MFS_1  45.39 
 
 		 440 aa  334  2e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4212  major facilitator superfamily MFS_1  43.65 
 
 		 458 aa  333  5e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0243  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  42.29 
 
 		 437 aa  330  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.292556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6220  major facilitator transporter  42.96 
 
 		 434 aa  329  6e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4107  General substrate transporter  42.45 
 
 		 447 aa  329  6e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4830  major facilitator transporter  45.16 
 
 		 442 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.00000135827  hitchhiker  0.00785352 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2499  major facilitator superfamily MFS_1  42.03 
 
 		 454 aa  328  1.0000000000000001e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3577  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  40.09 
 
 		 437 aa  326  7e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4431  putative transmembrane transport protein (general substrate transporter)  43.58 
 
 		 468 aa  325  8.000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.90441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8895  General substrate transporter  40.46 
 
 		 455 aa  323  5e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1111  General substrate transporter  44.77 
 
 		 460 aa  320  3e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0374  major facilitator transporter  43.87 
 
 		 433 aa  318  1e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10040  nitrate/nitrite transporter  41.15 
 
 		 439 aa  317  2e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1319  general substrate transporter  40.85 
 
 		 484 aa  317  2e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7815  major facilitator superfamily MFS_1  42.11 
 
 		 442 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0325  major facilitator transporter  41.11 
 
 		 457 aa  314  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0314  major facilitator transporter  41.11 
 
 		 457 aa  314  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0335  major facilitator transporter  41.11 
 
 		 457 aa  314  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.280682 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4279  major facilitator transporter  40.97 
 
 		 435 aa  313  3.9999999999999997e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0810486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4541  major facilitator transporter  41.65 
 
 		 439 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.474963  normal  0.714624 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2032  major facilitator transporter  40.62 
 
 		 439 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450728  normal  0.16892 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5087  general substrate transporter  41.08 
 
 		 461 aa  310  4e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.829473 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4318  major facilitator transporter  40.38 
 
 		 439 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4702  general substrate transporter  41.08 
 
 		 461 aa  310  4e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.57172  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3477  major facilitator transporter  40.38 
 
 		 439 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160202 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4048  major facilitator transporter  40.38 
 
 		 439 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0869813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1708  General substrate transporter  41.18 
 
 		 430 aa  310  4e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4788  general substrate transporter  41.08 
 
 		 461 aa  310  4e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3443  major facilitator transporter  40.38 
 
 		 439 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0269111 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5987  major facilitator transporter  40.36 
 
 		 458 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0025736  normal  0.0488638 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5300  major facilitator superfamily transporter  41.48 
 
 		 456 aa  307  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.363353 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3334  major facilitator superfamily protein  44.72 
 
 		 439 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.998489 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3897  general substrate transporter  42.72 
 
 		 436 aa  306  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1471  general substrate transporter  41.86 
 
 		 447 aa  307  3e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.360609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3950  major facilitator transporter  41.16 
 
 		 439 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.728189 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2899  major facilitator superfamily transporter  42.12 
 
 		 430 aa  306  5.0000000000000004e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.872832  normal  0.0447216 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3832  major facilitator transporter  45.18 
 
 		 432 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143168  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3818  major facilitator transporter  45.18 
 
 		 432 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3906  major facilitator superfamily transporter  45.18 
 
 		 432 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.162053  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0772  General substrate transporter  40.32 
 
 		 450 aa  303  3.0000000000000004e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3892  major facilitator transporter  42.69 
 
 		 445 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.50239  normal  0.071614 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4735  major facilitator transporter  42.47 
 
 		 445 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.110403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3628  major facilitator transporter  42.47 
 
 		 445 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.804515 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5364  major facilitator transporter  42.47 
 
 		 460 aa  302  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33020  arabinose efflux permease family protein  42.28 
 
 		 446 aa  301  2e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.471979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2487  major facilitator transporter  42.69 
 
 		 445 aa  301  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2033  major facilitator transporter  42.33 
 
 		 434 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3534  major facilitator transporter  42.82 
 
 		 460 aa  300  5e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.554978  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0577  General substrate transporter  42.43 
 
 		 460 aa  298  1e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.129173 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6108  major facilitator transporter  40.91 
 
 		 459 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.164916  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19080  arabinose efflux permease family protein  41.82 
 
 		 443 aa  298  1e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.297545  normal  0.79631 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2004  major facilitator transporter  43.44 
 
 		 434 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.752518 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1490  major facilitator superfamily MFS_1  42.3 
 
 		 432 aa  296  6e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.81003  normal  0.0711824 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0365  general substrate transporter  41.46 
 
 		 459 aa  296  7e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2159  major facilitator superfamily MFS_1  39.86 
 
 		 438 aa  295  8e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5065  major facilitator transporter  41.5 
 
 		 445 aa  295  8e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0348973  normal  0.262199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>