More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0932 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  84.47 
 
 
483 aa  825    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  100 
 
 
483 aa  952    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  72.38 
 
 
486 aa  685    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  84.47 
 
 
483 aa  805    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  72.5 
 
 
481 aa  670    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  66.05 
 
 
482 aa  597  1e-169  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  52.72 
 
 
484 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  51.58 
 
 
484 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  51.71 
 
 
487 aa  465  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  51.85 
 
 
488 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  51.46 
 
 
486 aa  448  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  50.62 
 
 
486 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  50.63 
 
 
486 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  53.3 
 
 
486 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  53.3 
 
 
486 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  52.91 
 
 
463 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  53.3 
 
 
486 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  51.29 
 
 
484 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  51.29 
 
 
484 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  40.15 
 
 
495 aa  309  8e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  39.71 
 
 
526 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  39.23 
 
 
526 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  39.23 
 
 
526 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  39.47 
 
 
521 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  39 
 
 
526 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  39 
 
 
526 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  39 
 
 
526 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  37.89 
 
 
512 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  38.52 
 
 
517 aa  293  7e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  39.64 
 
 
499 aa  291  2e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.35 
 
 
495 aa  290  3e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  37.68 
 
 
491 aa  287  2e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  41.57 
 
 
553 aa  288  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  41.94 
 
 
538 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  37.26 
 
 
491 aa  279  7e-74  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  36.41 
 
 
493 aa  279  9e-74  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  38.27 
 
 
480 aa  278  2e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  35.15 
 
 
484 aa  274  3e-72  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  33.26 
 
 
533 aa  270  4e-71  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  41.46 
 
 
493 aa  268  2e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.57 
 
 
489 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  35.29 
 
 
491 aa  262  8e-69  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.99 
 
 
489 aa  251  2e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  36.77 
 
 
506 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.76 
 
 
477 aa  239  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.79 
 
 
477 aa  238  2e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  41.62 
 
 
428 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.79 
 
 
492 aa  231  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.34 
 
 
537 aa  229  1e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  33.81 
 
 
477 aa  227  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  36.13 
 
 
531 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  38.85 
 
 
483 aa  223  6e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  38.85 
 
 
483 aa  223  6e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  34.26 
 
 
477 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  31.01 
 
 
470 aa  217  5e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  37.06 
 
 
488 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.8 
 
 
478 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  36.22 
 
 
497 aa  208  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  33.1 
 
 
478 aa  205  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  29.71 
 
 
460 aa  202  9e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  32.67 
 
 
499 aa  202  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  31.58 
 
 
494 aa  202  1.9999999999999998e-50  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  35 
 
 
476 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  35 
 
 
476 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  35 
 
 
476 aa  201  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  31.75 
 
 
478 aa  199  9e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  33.73 
 
 
493 aa  199  9e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.38 
 
 
477 aa  192  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  37.04 
 
 
512 aa  192  2e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  35.87 
 
 
480 aa  183  7e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  32.95 
 
 
479 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.62 
 
 
572 aa  178  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  30.7 
 
 
489 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  33.25 
 
 
477 aa  171  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.41 
 
 
440 aa  160  4e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  32.43 
 
 
431 aa  159  7e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  30.31 
 
 
737 aa  152  1e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  27.36 
 
 
499 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  30.2 
 
 
1265 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.78 
 
 
513 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  26.59 
 
 
448 aa  144  5e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.19 
 
 
472 aa  143  7e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  27.54 
 
 
500 aa  140  3.9999999999999997e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  31.27 
 
 
662 aa  140  3.9999999999999997e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  30.17 
 
 
669 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  28.43 
 
 
1265 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  28.85 
 
 
674 aa  136  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  28.87 
 
 
643 aa  136  8e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  28.45 
 
 
674 aa  136  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  27.94 
 
 
672 aa  135  9.999999999999999e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1107  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  25.87 
 
 
488 aa  134  3e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.980044  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  29.67 
 
 
1245 aa  134  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  31.58 
 
 
748 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1268  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  29.21 
 
 
549 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  28.06 
 
 
674 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1369  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  29.21 
 
 
549 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.137682  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  29.49 
 
 
662 aa  134  5e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  32.5 
 
 
637 aa  133  9e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  25.67 
 
 
476 aa  132  1.0000000000000001e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  27.04 
 
 
636 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>