171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0860 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0860  hypothetical protein  100 
 
 
138 aa  285  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5281  hypothetical protein  44.88 
 
 
146 aa  110  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6482  hypothetical protein  41.46 
 
 
146 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5254  hypothetical protein  37.21 
 
 
133 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1602  hypothetical protein  38.64 
 
 
143 aa  98.6  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5096  hypothetical protein  41.6 
 
 
128 aa  93.6  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2138  hypothetical protein  37.21 
 
 
321 aa  92.8  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2101  hypothetical protein  36.76 
 
 
139 aa  92  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.416637  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2010  hypothetical protein  36.23 
 
 
137 aa  89.4  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.392361  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3828  hypothetical protein  36.29 
 
 
132 aa  87.4  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2932  hypothetical protein  35.97 
 
 
137 aa  87  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241273  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3806  hypothetical protein  34.62 
 
 
132 aa  86.3  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4786  hypothetical protein  36.21 
 
 
144 aa  85.9  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.259655  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3318  hypothetical protein  36.15 
 
 
312 aa  85.9  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206651 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2662  hypothetical protein  36.03 
 
 
136 aa  85.1  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2378  hypothetical protein  38.52 
 
 
143 aa  84.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.301734  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1758  hypothetical protein  33.9 
 
 
130 aa  84.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.799098  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1687  hypothetical protein  35.25 
 
 
137 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0475632  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0530  hypothetical protein  35.38 
 
 
152 aa  84  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0553  hypothetical protein  35.38 
 
 
152 aa  84  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1695  hypothetical protein  35.38 
 
 
152 aa  84  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1671  hypothetical protein  35.38 
 
 
152 aa  84  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0635  hypothetical protein  35.38 
 
 
152 aa  84  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.525049  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1644  hypothetical protein  35.38 
 
 
152 aa  84  6e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.982412  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4566  putative thiolase subunit  35.48 
 
 
132 aa  84  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00449482  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1979  protein of unknown function DUF35  35.25 
 
 
137 aa  84  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0353441  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3587  hypothetical protein  35.25 
 
 
137 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8196  hypothetical protein  39.26 
 
 
319 aa  83.2  1e-15  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5453  hypothetical protein  35.38 
 
 
152 aa  83.2  1e-15  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0654575  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5301  hypothetical protein  34.11 
 
 
143 aa  83.2  1e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.653983 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5850  hypothetical protein  35.38 
 
 
152 aa  83.2  1e-15  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0806522  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5644  hypothetical protein  34.62 
 
 
152 aa  82.4  2e-15  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4412  hypothetical protein  34.07 
 
 
132 aa  82.4  2e-15  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  5.85754e-05  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4268  hypothetical protein  38.52 
 
 
140 aa  82.4  2e-15  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.450465 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5500  hypothetical protein  32.59 
 
 
132 aa  81.3  4e-15  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1880  hypothetical protein  33.81 
 
 
137 aa  81.3  4e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0682045 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5255  hypothetical protein  40.16 
 
 
324 aa  81.3  4e-15  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.338508 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0235  hypothetical protein  31.54 
 
 
136 aa  81.3  4e-15  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.737012  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0032  hypothetical protein  36.89 
 
 
138 aa  80.9  6e-15  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.662095  normal  0.14279 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4153  hypothetical protein  34.96 
 
 
132 aa  80.5  7e-15  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280027  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0042  hypothetical protein  36.89 
 
 
138 aa  79.7  1e-14  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0051  hypothetical protein  36.89 
 
 
138 aa  79.7  1e-14  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0173713  normal  0.0421472 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2337  protein of unknown function DUF35  38.81 
 
 
149 aa  80.1  1e-14  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2821  hypothetical protein  36.22 
 
 
315 aa  79.3  2e-14  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.875118  normal  0.0237416 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4265  hypothetical protein  30.23 
 
 
146 aa  78.2  3e-14  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16799  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2351  hypothetical protein  31.25 
 
 
130 aa  78.2  3e-14  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.387375  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3114  hypothetical protein  30.47 
 
 
130 aa  77.4  6e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0274298  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6844  hypothetical protein  41.51 
 
 
121 aa  77.4  7e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4171  hypothetical protein  34.38 
 
 
548 aa  76.6  9e-14  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3482  protein of unknown function DUF35  33.58 
 
 
319 aa  77  9e-14  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.893274  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4045  hypothetical protein  34.95 
 
 
141 aa  76.6  1e-13  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.589309 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0843  hypothetical protein  37.4 
 
 
145 aa  76.6  1e-13  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4760  hypothetical protein  38.58 
 
 
318 aa  76.6  1e-13  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.247642  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4674  hypothetical protein  38.58 
 
 
318 aa  76.6  1e-13  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2483  hypothetical protein  34.38 
 
 
548 aa  76.6  1e-13  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.207424 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5059  hypothetical protein  38.58 
 
 
317 aa  76.6  1e-13  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.945383  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13575  hypothetical protein  40.71 
 
 
311 aa  75.5  2e-13  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000328171 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2788  hypothetical protein  32 
 
 
132 aa  75.9  2e-13  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159844  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1501  hypothetical protein  30.08 
 
 
133 aa  75.1  3e-13  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1994  hypothetical protein  37.38 
 
 
120 aa  74.7  4e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253194  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2934  hypothetical protein  33.61 
 
 
144 aa  74.3  5e-13  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.431872  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4493  hypothetical protein  36.97 
 
 
148 aa  74.3  5e-13  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5005  hypothetical protein  30.89 
 
 
129 aa  73.9  6e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal  0.0828633 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3705  hypothetical protein  37.78 
 
 
550 aa  74.3  6e-13  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.724372  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0899  hypothetical protein  35.11 
 
 
131 aa  73.6  8e-13  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.312493  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3606  protein of unknown function DUF35  28.91 
 
 
130 aa  72.4  2e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215549  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0510  hypothetical protein  29.85 
 
 
143 aa  72  2e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3765  hypothetical protein  37.04 
 
 
550 aa  72.4  2e-12  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.981168 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3692  hypothetical protein  37.04 
 
 
550 aa  72.4  2e-12  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0859  hypothetical protein  31.4 
 
 
132 aa  72.4  2e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0302426  normal  0.401608 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1511  hypothetical protein  37.01 
 
 
317 aa  71.2  5e-12  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4179  hypothetical protein  40 
 
 
145 aa  70.1  8e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3402  hypothetical protein  30.53 
 
 
136 aa  70.1  8e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0631046 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5112  hypothetical protein  37.5 
 
 
132 aa  70.5  8e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  9.23569e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0582  hypothetical protein  36.92 
 
 
137 aa  70.1  9e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00877368  normal  0.438267 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0892  hypothetical protein  31.45 
 
 
142 aa  69.7  1e-11  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.204366  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1027  hypothetical protein  36.76 
 
 
175 aa  70.1  1e-11  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7489  hypothetical protein  29.51 
 
 
139 aa  69.7  1e-11  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840415  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2745  nucleic-acid-binding protein containing a Zn-ribbon  25.38 
 
 
135 aa  70.1  1e-11  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0775897 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4017  hypothetical protein  36.76 
 
 
155 aa  68.9  2e-11  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188869  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1903  hypothetical protein  37.01 
 
 
132 aa  68.9  2e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.539737  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3311  hypothetical protein  36.43 
 
 
135 aa  68.9  2e-11  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.367067 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2582  hypothetical protein  38 
 
 
123 aa  68.9  2e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.709226  normal  0.0256768 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5278  hypothetical protein  38.79 
 
 
135 aa  69.3  2e-11  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2623  hypothetical protein  37.8 
 
 
305 aa  68.6  3e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.140164  normal  0.486862 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5775  protein of unknown function DUF35  41.94 
 
 
129 aa  68.6  3e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0423668  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0885  protein of unknown function DUF35  38.81 
 
 
333 aa  67.8  5e-11  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4020  hypothetical protein  43.12 
 
 
141 aa  65.5  2e-10  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.909625 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6630  hypothetical protein  35.34 
 
 
120 aa  65.9  2e-10  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0233518  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1832  hypothetical protein  33.63 
 
 
138 aa  65.9  2e-10  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0184205  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3856  protein of unknown function DUF35  35.38 
 
 
322 aa  65.1  3e-10  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.343505  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4323  hypothetical protein  35.66 
 
 
541 aa  64.7  4e-10  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.51495 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4054  hypothetical protein  29.84 
 
 
151 aa  64.7  5e-10  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0163629  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1804  hypothetical protein  28.47 
 
 
140 aa  63.5  9e-10  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.983 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0905  hypothetical protein  29.51 
 
 
135 aa  62.8  1e-09  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00718711  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1972  nucleic-acid-binding protein containing a Zn-ribbon-like protein  31.11 
 
 
150 aa  62.8  2e-09  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0343  hypothetical protein  40.22 
 
 
119 aa  62.4  2e-09  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619973  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0351  hypothetical protein  31.53 
 
 
141 aa  61.6  3e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  5.46433e-07  hitchhiker  6.44081e-06 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3511  hypothetical protein  37.63 
 
 
131 aa  61.2  5e-09  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0146  protein of unknown function DUF35  37.63 
 
 
127 aa  60.8  5e-09  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>