87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0818 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0818  ribonuclease P protein component  100 
 
 
95 aa  184  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0068  ribonuclease P protein component  76.4 
 
 
242 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.190277  decreased coverage  0.00398675 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3704  ribonuclease P protein component  74.16 
 
 
111 aa  111  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0684  ribonuclease P protein component  77.53 
 
 
113 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820887  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3075  ribonuclease P protein  73.03 
 
 
111 aa  104  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.194424  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0637  ribonuclease P protein component  74.42 
 
 
113 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150092  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7325  ribonuclease P protein component  68.6 
 
 
136 aa  96.3  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0080  ribonuclease P  54.05 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0069  ribonuclease P protein component  45.88 
 
 
137 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0641  ribonuclease P protein component  47.73 
 
 
132 aa  72.4  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116685  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1060  ribonuclease P protein component  45.88 
 
 
137 aa  71.6  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.569481  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0096  ribonuclease P  52.63 
 
 
133 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2721  ribonuclease P protein component  45.88 
 
 
137 aa  71.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0959795 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0081  ribonuclease P  46.07 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.284943 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1022  ribonuclease P  45.35 
 
 
145 aa  68.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0641  ribonuclease P protein component  43.75 
 
 
148 aa  68.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244598  normal  0.489939 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0454  ribonuclease P  54.41 
 
 
129 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0715455  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0312  ribonuclease P protein component  41.67 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0963  ribonuclease P  44.19 
 
 
145 aa  66.2  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5080  ribonuclease P protein component  41.76 
 
 
138 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.479331 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1200  ribonuclease P protein component  43.02 
 
 
150 aa  65.5  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00390619 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0873  ribonuclease P protein component  50 
 
 
149 aa  64.3  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3615  ribonuclease P protein component  42.53 
 
 
106 aa  63.9  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.250922 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5376  ribonuclease P protein  45.88 
 
 
141 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827192  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0576  ribonuclease P protein component  37.37 
 
 
162 aa  63.2  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0332  ribonuclease P protein component  49.46 
 
 
129 aa  61.6  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10124  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0006  ribonuclease P protein component  39.08 
 
 
240 aa  59.3  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0503027 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0459  ribonuclease P protein component  36.96 
 
 
189 aa  57.8  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.751226 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2151  ribonuclease P protein component  44.93 
 
 
110 aa  57.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3327  ribonuclease P protein component  40.24 
 
 
227 aa  56.6  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.542591  normal  0.0367737 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3337  ribonuclease P protein  52.11 
 
 
174 aa  55.1  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0375  ribonuclease P  54.67 
 
 
120 aa  54.3  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.174091  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0356  ribonuclease P protein component  47.06 
 
 
116 aa  53.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274871  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1922  ribonuclease P protein component  51.81 
 
 
187 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.239501  normal  0.549748 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1047  ribonuclease P  39.29 
 
 
121 aa  52  0.000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.012443  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3433  ribonuclease P  36.14 
 
 
116 aa  50.8  0.000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000048083  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  32.84 
 
 
121 aa  48.9  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000731452  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0857  ribonuclease P protein component  36.23 
 
 
113 aa  49.3  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1362  ribonuclease P  45.88 
 
 
141 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0439  hypothetical protein  36.62 
 
 
119 aa  47.8  0.00005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00442765  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31970  ribonuclease P protein component  43.75 
 
 
122 aa  47  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3378  ribonuclease P protein component  35.44 
 
 
125 aa  46.6  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  32.05 
 
 
121 aa  47  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0584  hypothetical protein  40.98 
 
 
119 aa  46.2  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000000877288  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0300  ribonuclease P protein component  47.83 
 
 
134 aa  47  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4137  ribonuclease P protein component  37.1 
 
 
107 aa  45.8  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0213874  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3215  ribonuclease P protein component  37.33 
 
 
114 aa  45.4  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4960  ribonuclease P protein component  32.39 
 
 
111 aa  45.1  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123477  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3595  ribonuclease P protein component  50 
 
 
124 aa  45.1  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.183825  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0219  ribonuclease P protein component  35.53 
 
 
154 aa  45.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  27.91 
 
 
115 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  27.91 
 
 
119 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  27.91 
 
 
119 aa  44.3  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000202449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5184  ribonuclease P  27.91 
 
 
119 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000560819  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  27.91 
 
 
119 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5597  ribonuclease P  27.91 
 
 
119 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  27.91 
 
 
115 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  27.91 
 
 
115 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  33.33 
 
 
111 aa  43.9  0.0007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000276815  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  28.92 
 
 
115 aa  43.9  0.0007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2576  RNase P protein component  39.13 
 
 
119 aa  43.9  0.0008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5321  ribonuclease P  27.91 
 
 
115 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.852432 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3504  ribonuclease P protein component  41.05 
 
 
206 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  41.51 
 
 
116 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2949  ribonuclease P protein component  37.33 
 
 
120 aa  42.4  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000512551  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  28.57 
 
 
123 aa  42.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2309  ribonuclease P protein component  45.26 
 
 
169 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.820892  normal  0.100774 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4360  ribonuclease P protein component  40.74 
 
 
116 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  36.76 
 
 
116 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175953  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  27.91 
 
 
115 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682  ribonuclease P protein component  31.94 
 
 
110 aa  41.6  0.003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  39.34 
 
 
109 aa  41.6  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  41.51 
 
 
116 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  36.76 
 
 
116 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  39.76 
 
 
130 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1943  ribonuclease P  34.92 
 
 
117 aa  41.6  0.004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0018816  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2934  ribonuclease P protein component  45.65 
 
 
115 aa  41.2  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000200185  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0869  ribonuclease P protein component  25 
 
 
109 aa  41.2  0.005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_913  RNase P protein component  46.94 
 
 
126 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000601305  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0522  ribonuclease P protein  31.34 
 
 
79 aa  40.8  0.006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_27030  ribonuclease P protein component  53.12 
 
 
93 aa  40.4  0.008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3328  ribonuclease P protein component  36.84 
 
 
113 aa  40.4  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0012018  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2225  ribonuclease P  37.84 
 
 
121 aa  40.4  0.009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1256  ribonuclease P protein component  37.29 
 
 
115 aa  40  0.01  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.00000000286956  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2557  ribonuclease P protein component  50 
 
 
91 aa  40  0.01  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000049885  normal  0.280398 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  40 
 
 
131 aa  40  0.01  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2315  ribonuclease P  37.84 
 
 
121 aa  40  0.01  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>