More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0803 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  100 
 
 		 175 aa  357  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  85.71 
 
 		 175 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  85.14 
 
 		 175 aa  315  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  84 
 
 		 175 aa  311  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  74.29 
 
 		 187 aa  278  4e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  73.14 
 
 		 175 aa  274  4e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  71.1 
 
 		 175 aa  267  5e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  61.18 
 
 		 171 aa  226  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  61.18 
 
 		 171 aa  226  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  63.07 
 
 		 174 aa  226  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  60 
 
 		 171 aa  224  6e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  60 
 
 		 171 aa  224  6e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  61.76 
 
 		 196 aa  222  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  62.13 
 
 		 172 aa  219  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  60.36 
 
 		 171 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  57.39 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  57.39 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  55.88 
 
 		 175 aa  214  7e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  59.17 
 
 		 171 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  57.63 
 
 		 193 aa  211  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4749  peptide deformylase  61.05 
 
 		 173 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4240  peptide deformylase  61.05 
 
 		 173 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.003685 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  57.4 
 
 		 177 aa  209  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2896  peptide deformylase  53.23 
 
 		 188 aa  206  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.277064  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  57.56 
 
 		 177 aa  202  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0261  peptide deformylase  58.86 
 
 		 173 aa  201  6e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632283 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0542  peptide deformylase  58.39 
 
 		 176 aa  196  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  54.82 
 
 		 187 aa  192  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1319  peptide deformylase  54.91 
 
 		 182 aa  192  2e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  55.88 
 
 		 168 aa  189  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  57.06 
 
 		 174 aa  189  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  54.29 
 
 		 180 aa  188  2.9999999999999997e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  53.66 
 
 		 177 aa  187  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  55.29 
 
 		 168 aa  186  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  53.66 
 
 		 177 aa  186  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  53.66 
 
 		 177 aa  186  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  54.39 
 
 		 168 aa  185  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  54.71 
 
 		 168 aa  184  6e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0442  peptide deformylase  51.48 
 
 		 174 aa  182  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.33127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  52.35 
 
 		 168 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  53.7 
 
 		 174 aa  181  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  52.66 
 
 		 168 aa  179  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  51.81 
 
 		 173 aa  179  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  51.48 
 
 		 168 aa  176  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4570  peptide deformylase  53.22 
 
 		 173 aa  176  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0030  peptide deformylase  52.07 
 
 		 184 aa  174  5e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  52.66 
 
 		 176 aa  174  6e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  50 
 
 		 168 aa  174  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  49.41 
 
 		 168 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  48.82 
 
 		 168 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  48.82 
 
 		 168 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  51.48 
 
 		 184 aa  171  5.999999999999999e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  50.58 
 
 		 177 aa  168  4e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  53.01 
 
 		 170 aa  168  4e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  49.12 
 
 		 178 aa  166  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0409  peptide deformylase  50.58 
 
 		 188 aa  166  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  50.89 
 
 		 167 aa  166  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  47.43 
 
 		 172 aa  165  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  50.59 
 
 		 167 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  50.59 
 
 		 167 aa  164  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  50.59 
 
 		 167 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  51.18 
 
 		 181 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  46.24 
 
 		 169 aa  162  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3143  peptide deformylase  50 
 
 		 167 aa  161  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1778  peptide deformylase  45.93 
 
 		 171 aa  162  3e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.818545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  50.3 
 
 		 168 aa  161  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3350  peptide deformylase  52.05 
 
 		 172 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.954138  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  50 
 
 		 169 aa  161  6e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  50 
 
 		 167 aa  161  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  50 
 
 		 167 aa  161  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3736  peptide deformylase  49.7 
 
 		 170 aa  160  7e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186056 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0346  peptide deformylase  52.47 
 
 		 179 aa  160  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0716574  normal  0.0241659 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0309  peptide deformylase  50.6 
 
 		 167 aa  159  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0128  peptide deformylase  51.18 
 
 		 179 aa  160  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3679  peptide deformylase  48.19 
 
 		 171 aa  158  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0019  polypeptide deformylase  46.82 
 
 		 167 aa  158  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0020  peptide deformylase  46.82 
 
 		 167 aa  158  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133709 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  48.19 
 
 		 171 aa  157  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  47.62 
 
 		 167 aa  157  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4416  peptide deformylase  49.4 
 
 		 167 aa  157  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571323 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0032  peptide deformylase  47.98 
 
 		 168 aa  157  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0142  peptide deformylase  50 
 
 		 167 aa  157  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.394236  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0021  peptide deformylase  48.52 
 
 		 167 aa  157  9e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2806  peptide deformylase  50 
 
 		 167 aa  157  9e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  48.8 
 
 		 169 aa  157  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2079  peptide deformylase  44.97 
 
 		 171 aa  156  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0346  peptide deformylase  50 
 
 		 167 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2274  peptide deformylase  50 
 
 		 216 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2352  polypeptide deformylase  50 
 
 		 179 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0150  polypeptide deformylase  50 
 
 		 179 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0029  peptide deformylase  47.98 
 
 		 168 aa  156  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.948652  hitchhiker  0.00406786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0027  peptide deformylase  47.98 
 
 		 168 aa  156  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0851581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0035  peptide deformylase  47.98 
 
 		 168 aa  156  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196537 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0159  polypeptide deformylase  50 
 
 		 179 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0038  peptide deformylase  47.06 
 
 		 169 aa  156  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.346284 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  50 
 
 		 169 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  50 
 
 		 169 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  50 
 
 		 169 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  47.34 
 
 		 167 aa  155  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  50 
 
 		 169 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>