More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0745 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  78.4 
 
 		 287 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  77.08 
 
 		 288 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  76.31 
 
 		 287 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 292 aa  263  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 287 aa  262  4.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  50.53 
 
 		 295 aa  254  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  50.53 
 
 		 295 aa  254  9e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  50.19 
 
 		 283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  51.59 
 
 		 292 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 285 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 287 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 287 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 286 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  46.32 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 287 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 288 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 288 aa  237  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 282 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 284 aa  235  6e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 307 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 293 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 293 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 293 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 309 aa  231  9e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 292 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.31 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 283 aa  216  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  42.55 
 
 		 293 aa  215  7e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 284 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 290 aa  182  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  37.69 
 
 		 280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 292 aa  171  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  36.98 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  38.02 
 
 		 290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 283 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 323 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.55 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 283 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 283 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  35.61 
 
 		 284 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 283 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  33.92 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  33.83 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2019  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 285 aa  155  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.682077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 317 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  33.09 
 
 		 283 aa  152  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  35.87 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 285 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  37.31 
 
 		 289 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  41.94 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4197  LysR, substrate-binding  35.85 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>