126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0701 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0701  autoinducer synthesis protein  100 
 
 
208 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0322  putative autoinducer (acylhomoserine lactone) synthase  35.86 
 
 
218 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.805046  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0403  autoinducer (acylhomoserine lactone) synthase  32.86 
 
 
218 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2312  autoinducer synthesis protein  35.03 
 
 
200 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.362295  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5763  autoinducer synthesis protein  35.44 
 
 
207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.124199  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0417  autoinducer synthesis protein  32.99 
 
 
218 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7113  putative autoinducer (acylhomoserine lactone) synthase  32.99 
 
 
227 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  0.575549 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5461  autoinducer synthesis protein  35.18 
 
 
201 aa  121  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1765  autoinducer synthesis protein  34.17 
 
 
201 aa  121  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.35237  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2175  autoinducer synthesis protein  33.67 
 
 
212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.533935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2331  autoinducer synthesis protein  33.67 
 
 
212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.933975  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4976  autoinducer synthesis protein  32.84 
 
 
211 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.283809 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4513  autoinducer synthesis protein  32.84 
 
 
211 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0626  autoinducer synthesis protein  30.39 
 
 
210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196351  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3320  autoinducer synthesis protein  31.25 
 
 
210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5028  autoinducer synthesis protein  32.84 
 
 
211 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.548856 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1710  autoinducer synthesis protein  34.95 
 
 
210 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0765757  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9666  autoinducer (acylhomoserine lactone) synthase  32.12 
 
 
222 aa  106  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165621  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0123  autoinducer synthesis protein  34.47 
 
 
210 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1760  autoinducer synthesis protein  33.98 
 
 
210 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4466  autoinducer synthase  31.73 
 
 
207 aa  105  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0959  autoinducer synthesis protein  30.37 
 
 
210 aa  103  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0369652  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3286  autoinducer synthesis protein SOLI  33.33 
 
 
204 aa  89.7  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.498186  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0259  autoinducer synthesis protein TraI (conjugation factor synthetase)  30.11 
 
 
211 aa  84.7  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3396  autoinducer synthesis protein  31 
 
 
206 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3811  autoinducer synthesis protein  33.71 
 
 
211 aa  82  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0965  Acyl-homoserine-lactone synthase  31.58 
 
 
188 aa  79.7  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.397594  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3641  autoinducer synthesis protein  31.68 
 
 
202 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000011065  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19130  autoinducer synthesis protein RhlI  29.15 
 
 
201 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.347386  normal  0.284898 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4726  autoinducer synthesis protein  31.68 
 
 
202 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455128  hitchhiker  0.006335 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5375  putative autoinducer synthesis protein  28.19 
 
 
206 aa  78.6  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0563585  normal  0.248437 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1889  autoinducer synthesis protein  27.78 
 
 
214 aa  78.6  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.889914  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5808  Acyl-homoserine-lactone synthase  29.05 
 
 
220 aa  78.2  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.167675  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5574  autoinducer synthesis protein  30.63 
 
 
202 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000539644  hitchhiker  0.00691296 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1050  autoinducer synthesis protein  30 
 
 
202 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000000830053  normal  0.1745 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4583  autoinducer synthesis protein  31.25 
 
 
202 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141788  hitchhiker  0.0000655879 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4118  autoinducer synthesis protein  30.63 
 
 
213 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000553872  hitchhiker  0.00840845 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3969  autoinducer synthesis protein  28.33 
 
 
213 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000163172  normal  0.0220737 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1560  autoinducer synthesis protein  25.49 
 
 
214 aa  75.1  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.766209  normal  0.485309 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2483  N-acylhomoserine lactone synthase  30 
 
 
203 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1293  autoinducer synthase BpsI  30 
 
 
203 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.133764  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1221  autoinducer synthase BpsI  30 
 
 
203 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.653596  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1347  autoinducer synthetase family protein  30 
 
 
203 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2526  autoinducer synthesis protein  26.2 
 
 
208 aa  73.6  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0331  autoinducer synthase BpsI  30 
 
 
203 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0609  autoinducer synthase BpsI  30 
 
 
203 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0960  autoinducer synthase BpsI  30 
 
 
203 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1512  N-acyl homoserine lactone synthase  29.38 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0575581  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0098  autoinducer synthesis protein  27.84 
 
 
205 aa  73.2  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1227  N-acyl homoserine lactone synthase  29.9 
 
 
206 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2390  autoinducer synthesis protein  42.22 
 
 
203 aa  72.4  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1650  autoinducer synthesis protein RhlI  27.84 
 
 
202 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0283  autoinducer synthesis protein  29.72 
 
 
216 aa  71.6  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.567704  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1666  autoinducer synthesis protein  34.91 
 
 
183 aa  71.6  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.852162 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1999  autoinducer synthesis protein  34.91 
 
 
183 aa  71.6  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.556283  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6377  putative autoinducer synthesis protein  30.91 
 
 
217 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6407  putative autoinducer synthesis protein  30.91 
 
 
217 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0361  autoinducer synthesis protein  28.85 
 
 
197 aa  71.2  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.2275  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2668  autoinducer synthesis protein  28.86 
 
 
221 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.637117  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2929  autoinducer synthesis protein  27.86 
 
 
221 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.71548  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5481  putative autoinducer synthesis protein  28.81 
 
 
208 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2974  autoinducer synthesis protein  24.23 
 
 
223 aa  68.9  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.402938 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2589  autoinducer synthesis protein  27.11 
 
 
208 aa  68.2  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0145  N-acylhomoserine lactone synthase  28.57 
 
 
206 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0460086  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6053  autoinducer synthesis protein  28.02 
 
 
201 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1658  autoinducer synthetase  28.57 
 
 
206 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0115176  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1577  autoinducer synthetase  28.57 
 
 
206 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.24654  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0804  N-acyl homoserine lactone synthase  41.46 
 
 
268 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.648666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3498  phospholipid/glycerol acyltransferase  32.48 
 
 
191 aa  66.6  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.364609 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0957  autoinducer synthesis protein LuxI  26.75 
 
 
193 aa  65.9  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375651  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0415  putative autoinducer synthesis protein  38.14 
 
 
249 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5823  autoinducer synthesis protein  28.02 
 
 
201 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.960322  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0126  autoinducer synthesis protein  37.74 
 
 
237 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2851  autoinducer synthetase  32.29 
 
 
206 aa  64.7  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4570  putative autoinducer synthesis protein  29.79 
 
 
207 aa  63.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2216  autoinducer synthetase BpmI  39.02 
 
 
275 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0690156  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1577  N-acyl homoserine lactone synthase  39.02 
 
 
202 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0618  N-acylhomoserine lactone synthase  39.02 
 
 
289 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0541466  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2022  autoinducer synthetase  39.02 
 
 
202 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2129  autoinducer synthetase BpmI  39.02 
 
 
202 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.466862  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0700  autoinducer synthetase BpmI  39.02 
 
 
202 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4437  autoinducer synthesis protein  28.31 
 
 
195 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8335  putative autoinducer synthesis protein  30.68 
 
 
212 aa  62.4  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.613519  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5196  autoinducer synthesis protein  28.57 
 
 
201 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.282022  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0919  autoinducer synthesis protein  30.3 
 
 
204 aa  59.7  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.142092 
 
 
-
 
NC_003296  RS01928  autoinducer synthase  34.12 
 
 
182 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.697337 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0941  autoinducer synthesis protein  25.79 
 
 
212 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0101  Acyl-homoserine-lactone synthase  30.91 
 
 
212 aa  55.5  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4148  Acyl-homoserine-lactone synthase  25 
 
 
216 aa  55.1  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4275  autoinducer synthesis protein  32.97 
 
 
197 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.722573  normal  0.550742 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1621  autoinducer synthesis protein  24.26 
 
 
226 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.672835  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0608  putative autoinducer synthesis protein  32.97 
 
 
197 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2998  N-acyl-L-homoserine lactone synthetase-like protein  26.35 
 
 
225 aa  54.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.897575 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45940  autoinducer synthesis protein LasI  23.12 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3897  autoinducer synthesis protein LasI  23.12 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156305  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5027  N-acyl-L-homoserine lactone synthetase-like protein  38.36 
 
 
152 aa  52  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.42279  normal  0.634869 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4280  autoinducer synthesis protein  27.2 
 
 
207 aa  51.6  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0241247  normal  0.0105559 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0620  N-acyl-L-homoserine lactone synthetase-like  33.33 
 
 
195 aa  50.1  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3864  autoinducer synthesis protein PsyI  25.86 
 
 
244 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6489  autoinducer synthesis protein  30.51 
 
 
119 aa  49.7  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191421  normal  0.837558 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>