43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0475 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0475  hypothetical protein  100 
 
 		 130 aa  270  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.882422  normal  0.354982 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4099  protein of unknown function DUF1486  62.5 
 
 		 132 aa  174  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000310906  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5702  hypothetical protein  62.5 
 
 		 128 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00161292 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3766  hypothetical protein  62.5 
 
 		 128 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4602  hypothetical protein  62.5 
 
 		 128 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.170557  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4491  hypothetical protein  63.28 
 
 		 128 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4033  hypothetical protein  63.28 
 
 		 128 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.243937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0561  hypothetical protein  65.04 
 
 		 134 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6920  hypothetical protein  64.84 
 
 		 128 aa  170  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4135  protein of unknown function DUF1486  66.14 
 
 		 134 aa  170  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5476  hypothetical protein  61.72 
 
 		 128 aa  167  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.880512  normal  0.34526 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1364  hypothetical protein  62.6 
 
 		 127 aa  165  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2712  protein of unknown function DUF1486  59.23 
 
 		 138 aa  165  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4044  hypothetical protein  60.94 
 
 		 151 aa  164  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233017  normal  0.541602 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4437  hypothetical protein  60 
 
 		 126 aa  158  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.195339  normal  0.857866 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4630  protein of unknown function DUF1486  59.35 
 
 		 126 aa  154  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.601638  normal  0.196817 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3939  hypothetical protein  59.38 
 
 		 135 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2254  protein of unknown function DUF1486  59.66 
 
 		 134 aa  152  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.416383  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1364  hypothetical protein  56.8 
 
 		 138 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.646938  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1135  hypothetical protein  56.25 
 
 		 136 aa  150  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.168418  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0619  hypothetical protein  53.12 
 
 		 128 aa  149  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.619761  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46310  hypothetical protein  58.68 
 
 		 135 aa  144  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.0352526 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4646  protein of unknown function DUF1486  55.93 
 
 		 134 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.701678  normal  0.971312 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4171  hypothetical protein  44.96 
 
 		 286 aa  118  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4095  hypothetical protein  44.96 
 
 		 286 aa  118  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4326  hypothetical protein  44.96 
 
 		 286 aa  118  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0121723  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0952  protein of unknown function DUF1486  33.33 
 
 		 149 aa  65.1  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0666254  decreased coverage  0.00444563 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1624  hypothetical protein  33.61 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000580657 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5626  protein of unknown function DUF1486  34.38 
 
 		 147 aa  57.4  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26760  predicted ester cyclase  38.36 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.683774  normal  0.316469 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3974  hypothetical protein  34.12 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2953  ester cyclase-like  27.78 
 
 		 138 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1261  protein of unknown function DUF1486  29.6 
 
 		 182 aa  47  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00537261  normal  0.341449 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0316  protein of unknown function DUF1486  24.62 
 
 		 138 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0931  hypothetical protein  26.85 
 
 		 140 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2545  protein of unknown function DUF1486  23.81 
 
 		 139 aa  44.3  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1394  hypothetical protein  30.69 
 
 		 185 aa  42  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.984832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1354  hypothetical protein  30.69 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_36501  predicted protein  25.27 
 
 		 284 aa  41.6  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.260623  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0249  hypothetical protein  23.76 
 
 		 150 aa  41.6  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000330917  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3219  protein of unknown function DUF1486  25.81 
 
 		 148 aa  41.2  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247367  hitchhiker  0.000405951 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0339  protein of unknown function DUF1486  23.6 
 
 		 137 aa  41.2  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.175362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3693  hypothetical protein  27.78 
 
 		 214 aa  40.4  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>