More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0437 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
349 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  78.44 
 
 
321 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  80.62 
 
 
321 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  80.31 
 
 
321 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  78.44 
 
 
322 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  76.03 
 
 
322 aa  448  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.39 
 
 
353 aa  443  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.47 
 
 
381 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  62.89 
 
 
389 aa  373  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.63 
 
 
323 aa  366  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  63.46 
 
 
328 aa  368  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.33 
 
 
328 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  57.28 
 
 
328 aa  362  6e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  57.28 
 
 
328 aa  362  7.0000000000000005e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  62.89 
 
 
389 aa  358  6e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  62.26 
 
 
389 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.43 
 
 
326 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  59.38 
 
 
326 aa  352  5e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  60 
 
 
412 aa  348  7e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.18 
 
 
326 aa  348  7e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.99 
 
 
336 aa  345  6e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  63.21 
 
 
381 aa  345  8e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  61.76 
 
 
335 aa  342  5e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  60.94 
 
 
325 aa  324  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.2 
 
 
321 aa  319  3.9999999999999996e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.25 
 
 
321 aa  293  4e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  49.09 
 
 
329 aa  288  1e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  48.18 
 
 
327 aa  282  5.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  50.78 
 
 
328 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.84 
 
 
328 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  49.84 
 
 
328 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  48.93 
 
 
327 aa  271  1e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  48.15 
 
 
340 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.5 
 
 
332 aa  259  7e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.48 
 
 
330 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  49.84 
 
 
307 aa  241  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  47.3 
 
 
318 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  49.68 
 
 
316 aa  218  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.32 
 
 
308 aa  217  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  48.23 
 
 
312 aa  218  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  41.97 
 
 
317 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  34.52 
 
 
316 aa  199  7e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  33.23 
 
 
320 aa  195  9e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  41.64 
 
 
317 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  41.83 
 
 
318 aa  193  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  33.44 
 
 
320 aa  192  9e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.67 
 
 
318 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.69 
 
 
318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.13 
 
 
319 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.92 
 
 
294 aa  177  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  39.16 
 
 
319 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  34.29 
 
 
340 aa  176  7e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.19 
 
 
320 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  36.79 
 
 
366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.05 
 
 
310 aa  173  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.16 
 
 
319 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.16 
 
 
319 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
314 aa  172  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.81 
 
 
319 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.83 
 
 
319 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.83 
 
 
319 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  42.54 
 
 
312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17671  predicted protein  31.36 
 
 
397 aa  163  4.0000000000000004e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.659794  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  39.37 
 
 
375 aa  159  6e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.98 
 
 
321 aa  158  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  38.19 
 
 
319 aa  157  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
320 aa  157  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.34 
 
 
345 aa  155  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.46 
 
 
319 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34 
 
 
295 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.88 
 
 
320 aa  150  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  32.26 
 
 
320 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.6 
 
 
320 aa  149  6e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.5 
 
 
319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  38.02 
 
 
319 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  38.02 
 
 
319 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  38.02 
 
 
319 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.02 
 
 
319 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.5 
 
 
320 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  37.74 
 
 
312 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  34.47 
 
 
411 aa  146  6e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.9 
 
 
340 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
295 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
312 aa  144  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  34.18 
 
 
334 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  33.86 
 
 
334 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  29.63 
 
 
338 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
338 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
309 aa  139  7.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.02 
 
 
340 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  37.01 
 
 
321 aa  138  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
301 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 
296 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.88 
 
 
308 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  33.22 
 
 
294 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.09 
 
 
287 aa  133  5e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.59 
 
 
316 aa  132  7.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>