288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0419 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0419  3'-5' exonuclease  100 
 
 
204 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0174  3'-5' exonuclease  89.22 
 
 
204 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0659  3'-5' exonuclease  89.71 
 
 
204 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.265112 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0047  3'-5' exonuclease  87.75 
 
 
204 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0179  3'-5' exonuclease  82.52 
 
 
206 aa  353  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00803697  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0125  putative 3'-5' exonuclease family protein  82.84 
 
 
204 aa  351  5e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00602859  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0171  3'-5' exonuclease  80.58 
 
 
206 aa  342  2.9999999999999997e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2425  3'-5' exonuclease  75.74 
 
 
209 aa  318  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5125  3'-5' exonuclease  75.86 
 
 
207 aa  318  3e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0268839  normal  0.933758 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0572  3'-5' exonuclease  73.04 
 
 
204 aa  316  2e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0068  3'-5' exonuclease  74.76 
 
 
206 aa  314  5e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0155  3'-5' exonuclease  71.92 
 
 
204 aa  310  1e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299764 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2497  3'-5' exonuclease  74.26 
 
 
209 aa  310  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.325432  normal  0.308179 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2720  3'-5' exonuclease  73.76 
 
 
209 aa  307  8e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.149721  normal  0.0609935 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5275  3'-5' exonuclease  71.57 
 
 
204 aa  305  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28449  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0117  3'-5' exonuclease family protein  70.24 
 
 
205 aa  302  2.0000000000000002e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5922  3'-5' exonuclease  72.06 
 
 
204 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0120  3'-5' exonuclease family protein  69.76 
 
 
205 aa  300  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0196  3'-5' exonuclease  69.46 
 
 
203 aa  300  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.950897 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0135  3'-5' exonuclease  69.27 
 
 
205 aa  298  4e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3984  3'-5' exonuclease  71.22 
 
 
205 aa  294  5e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0228  3'-5' exonuclease  67.98 
 
 
203 aa  293  9e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3589  3'-5' exonuclease  69.95 
 
 
203 aa  286  1e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3464  3'-5' exonuclease  67.8 
 
 
208 aa  286  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0027  3'-5' exonuclease  65.2 
 
 
204 aa  279  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189554  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1219  3'-5' exonuclease domain-containing protein  66.34 
 
 
206 aa  278  3e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000485799  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0120  ribonuclease D  65.85 
 
 
208 aa  277  9e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.818192  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2813  3'-5' exonuclease  67.16 
 
 
204 aa  275  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2775  3'-5' exonuclease  67.16 
 
 
204 aa  275  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0109  3'-5' exonuclease  66.18 
 
 
204 aa  275  4e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.378562  normal  0.35649 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1152  ribonuclease D  67.16 
 
 
204 aa  274  5e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2609  3'-5' exonuclease  65.69 
 
 
204 aa  274  5e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2343  3'-5' exonuclease  66.83 
 
 
205 aa  274  8e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4028  3'-5' exonuclease  65.37 
 
 
208 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0333  3'-5' exonuclease  65.84 
 
 
210 aa  271  4.0000000000000004e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.273167  normal  0.287022 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4954  3'-5' exonuclease  65.85 
 
 
205 aa  270  9e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.332898  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4358  3'-5' exonuclease  64.39 
 
 
208 aa  270  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583903 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0015  3'-5' exonuclease  64.85 
 
 
206 aa  270  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1669  3'-5' exonuclease  63.77 
 
 
218 aa  261  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.335885  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3251  3'-5' exonuclease  62.93 
 
 
205 aa  261  4.999999999999999e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2903  3'-5' exonuclease  65.37 
 
 
205 aa  260  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.865613  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0816  3'-5' exonuclease  58.91 
 
 
216 aa  248  6e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00362431  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1011  3'-5' exonuclease family protein  56.86 
 
 
204 aa  244  4.9999999999999997e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0881939  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0529  3'-5' exonuclease family protein  59.3 
 
 
206 aa  243  9.999999999999999e-64  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0878  3'-5' exonuclease  58.05 
 
 
206 aa  236  2e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0327  3'-5' exonuclease  56.57 
 
 
213 aa  220  9.999999999999999e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3799  3'-5' exonuclease  51.69 
 
 
209 aa  214  8e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.954695 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2509  3'-5' exonuclease  54.04 
 
 
209 aa  211  7.999999999999999e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1914  3'-5' exonuclease  55.32 
 
 
209 aa  208  4e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0678  3'-5' exonuclease  53.68 
 
 
211 aa  206  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1621  3'-5' exonuclease  53.09 
 
 
207 aa  202  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.169628  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0407  3'-5' exonuclease  55.25 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.23143  normal  0.475558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2246  3'-5' exonuclease  53.48 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520239  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1118  3'-5' exonuclease  50.5 
 
 
210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1147  3'-5' exonuclease  50.5 
 
 
210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1922  3'-5' exonuclease  55.17 
 
 
214 aa  194  8.000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0431536  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17921  putative ribonuclease D  48.98 
 
 
211 aa  192  4e-48  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1676  putative ribonuclease D  49.24 
 
 
211 aa  191  5e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.137272  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17761  putative ribonuclease D  48.98 
 
 
211 aa  191  7e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17711  putative ribonuclease D  46.12 
 
 
213 aa  189  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.606229  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17051  putative ribonuclease D  50 
 
 
214 aa  184  7e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20321  putative ribonuclease D  46.32 
 
 
214 aa  174  7e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1157  putative ribonuclease D  45.79 
 
 
214 aa  173  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22631  putative ribonuclease D  52.47 
 
 
212 aa  171  6.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.528712 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1164  3'-5' exonuclease  41.52 
 
 
550 aa  104  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0638405  normal  0.521406 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  39.86 
 
 
392 aa  96.7  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  35.71 
 
 
388 aa  96.7  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  32.39 
 
 
381 aa  95.9  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  35.06 
 
 
389 aa  93.6  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  37.66 
 
 
392 aa  92.8  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  37.74 
 
 
393 aa  92.4  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  35.06 
 
 
405 aa  89.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  30.68 
 
 
381 aa  90.1  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  32.39 
 
 
385 aa  89.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  32.39 
 
 
385 aa  89.4  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  35.51 
 
 
389 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  34.78 
 
 
394 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  32.7 
 
 
385 aa  87.8  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  34.81 
 
 
381 aa  87  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  35.71 
 
 
399 aa  87.4  1e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  30.68 
 
 
385 aa  87.8  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  31.52 
 
 
375 aa  85.9  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  29.61 
 
 
384 aa  86.3  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  34.9 
 
 
384 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  34.9 
 
 
384 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  31.01 
 
 
405 aa  85.9  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  35 
 
 
385 aa  85.9  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  33.13 
 
 
381 aa  85.1  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  29.61 
 
 
382 aa  85.1  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  33.77 
 
 
395 aa  85.1  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  32.69 
 
 
392 aa  84.7  8e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  34.78 
 
 
384 aa  84.7  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  30.34 
 
 
382 aa  84.7  9e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  30.86 
 
 
392 aa  84.7  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  28.98 
 
 
384 aa  84.7  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  33.55 
 
 
386 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  29.05 
 
 
392 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  32.28 
 
 
385 aa  82.8  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  35.06 
 
 
396 aa  82.8  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  35.67 
 
 
358 aa  83.2  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.713242 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>