38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0418 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0418  hypothetical protein  100 
 
 
244 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0048  protein of unknown function DUF1239  74.15 
 
 
246 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0175  hypothetical protein  71.63 
 
 
256 aa  331  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0658  hypothetical protein  69.12 
 
 
243 aa  318  5e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.27994 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0178  hypothetical protein  62.61 
 
 
258 aa  297  8e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0526761  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0172  hypothetical protein  64.71 
 
 
230 aa  281  8.000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.980945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0124  hypothetical protein  58.82 
 
 
233 aa  280  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0169027  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0067  hypothetical protein  38.43 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.690329  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0167  hypothetical protein  34.43 
 
 
237 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5274  hypothetical protein  37.5 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.357303  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0156  protein of unknown function DUF1239  35.75 
 
 
250 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.535072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5923  protein of unknown function DUF1239  34.58 
 
 
240 aa  116  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0150  hypothetical protein  32.68 
 
 
255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.211696  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0155  hypothetical protein  32.68 
 
 
217 aa  115  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2721  protein of unknown function DUF1239  31.7 
 
 
252 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.533074  normal  0.0594287 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2498  hypothetical protein  31.7 
 
 
252 aa  110  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.238493  normal  0.312198 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5468  hypothetical protein  35.48 
 
 
239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.131274  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2426  protein of unknown function DUF1239  31.19 
 
 
253 aa  106  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.289708  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0018  hypothetical protein  31.25 
 
 
222 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000157484 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0571  hypothetical protein  28.23 
 
 
241 aa  102  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0195  hypothetical protein  28 
 
 
239 aa  97.1  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.296411  normal  0.846633 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0061  protein of unknown function DUF1239  28.5 
 
 
221 aa  96.3  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0408  hypothetical protein  30.05 
 
 
221 aa  94  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.47995  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1370  hypothetical protein  28.43 
 
 
214 aa  87.4  2e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3670  hypothetical protein  29.15 
 
 
235 aa  85.9  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0045  protein of unknown function DUF1239  28.37 
 
 
221 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.140568 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1691  hypothetical protein  28.27 
 
 
206 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1154  hypothetical protein  31.07 
 
 
204 aa  58.9  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2815  hypothetical protein  31.07 
 
 
204 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.447323  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2773  hypothetical protein  34.07 
 
 
204 aa  55.5  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1671  hypothetical protein  28.08 
 
 
246 aa  54.7  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.593803  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0335  protein of unknown function DUF1239  27.16 
 
 
269 aa  53.1  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.143778  normal  0.315506 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3250  hypothetical protein  25.26 
 
 
214 aa  52  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2904  hypothetical protein  26.64 
 
 
231 aa  50.1  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.796329  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0013  hypothetical protein  23.85 
 
 
274 aa  48.9  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0108  hypothetical protein  25.97 
 
 
237 aa  48.5  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.760602 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2342  hypothetical protein  22.45 
 
 
219 aa  45.4  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.25534 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4955  hypothetical protein  22.22 
 
 
212 aa  42.7  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.588248  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>