More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0388 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0388  thioredoxin  100 
 
 		 106 aa  217  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0091  thioredoxin 1, redox factor  88.68 
 
 		 106 aa  197  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal  0.939622 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0076  thioredoxin  88.68 
 
 		 106 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0551582  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0201  thioredoxin  86.79 
 
 		 106 aa  192  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0059  thioredoxin  84.91 
 
 		 106 aa  192  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0630  thioredoxin  86.79 
 
 		 106 aa  191  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0051  thioredoxin  84.91 
 
 		 106 aa  190  5e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.155345 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3301  thioredoxin  69.81 
 
 		 106 aa  166  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00133271  normal  0.624218 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  63.73 
 
 		 104 aa  149  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3241  thioredoxin  65.09 
 
 		 107 aa  147  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4442  thioredoxin  65.71 
 
 		 119 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.553221 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4906  thioredoxin  65.71 
 
 		 106 aa  145  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.803641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0028  thioredoxin  63.81 
 
 		 106 aa  144  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  63.81 
 
 		 107 aa  143  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2176  thioredoxin  60.38 
 
 		 106 aa  142  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0816  thioredoxin  60 
 
 		 107 aa  143  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1625  thioredoxin  63.46 
 
 		 107 aa  142  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4956  thioredoxin  64.76 
 
 		 106 aa  142  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3378  thioredoxin  63.46 
 
 		 107 aa  142  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.197201  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3582  thioredoxin  61.32 
 
 		 107 aa  142  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.968394  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2105  thioredoxin  59.05 
 
 		 107 aa  140  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0422234  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2021  thioredoxin  59.05 
 
 		 107 aa  140  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000945216  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  56.6 
 
 		 106 aa  137  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4174  thioredoxin  59.43 
 
 		 107 aa  135  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4285  thioredoxin  60.95 
 
 		 106 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395722  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  57.43 
 
 		 108 aa  134  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3958  thioredoxin  60.95 
 
 		 106 aa  134  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0156  thioredoxin  53.77 
 
 		 106 aa  130  6e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1358  thioredoxin  56.86 
 
 		 107 aa  130  6e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  57.14 
 
 		 108 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5839  thioredoxin  54.81 
 
 		 109 aa  127  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1673  thioredoxin  58.95 
 
 		 109 aa  127  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.172284  hitchhiker  0.000827642 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4854  thioredoxin  51.43 
 
 		 111 aa  127  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.188061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  56.57 
 
 		 107 aa  127  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2682  thioredoxin  50 
 
 		 106 aa  126  8.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.899838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3584  thioredoxin  54.9 
 
 		 108 aa  126  9.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0328783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1411  thioredoxin  63.73 
 
 		 107 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  126  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2624  thioredoxin  53.77 
 
 		 104 aa  126  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000156705  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4222  thioredoxin  53.92 
 
 		 108 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0161465  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  51.46 
 
 		 108 aa  125  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2950  thioredoxin  54.72 
 
 		 106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.184197  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1529  thioredoxin  54.72 
 
 		 106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.643867  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3311  thioredoxin  57.29 
 
 		 125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105882  normal  0.0734612 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0087  thioredoxin  51.96 
 
 		 106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.950509 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2149  thioredoxin  59.14 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0179  thioredoxin  54.72 
 
 		 106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.292519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  56.44 
 
 		 108 aa  125  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1996  thioredoxin  51.89 
 
 		 106 aa  125  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  56.44 
 
 		 148 aa  124  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3658  thioredoxin  49.04 
 
 		 110 aa  124  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00522541  normal  0.779583 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4231  thioredoxin  58.51 
 
 		 107 aa  124  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000465688 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09121  thioredoxin  56.12 
 
 		 107 aa  123  7e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7329  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  123  7e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.231985  normal  0.658106 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2084  thioredoxin  50 
 
 		 107 aa  123  7e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  55.56 
 
 		 108 aa  123  8.000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655412  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4580  thioredoxin  51.43 
 
 		 107 aa  123  8.000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.90902  hitchhiker  0.00134414 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  122  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4012  thioredoxin  53.54 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  57.14 
 
 		 107 aa  122  1e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4204  thioredoxin  53.54 
 
 		 108 aa  123  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4067  thioredoxin  55.66 
 
 		 106 aa  122  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.153402 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  57.14 
 
 		 107 aa  122  1e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5098  thioredoxin  53.47 
 
 		 107 aa  123  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.590945  hitchhiker  0.000000265159 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4155  thioredoxin  58.51 
 
 		 107 aa  123  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4115  thioredoxin  58.51 
 
 		 107 aa  123  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5983  thioredoxin  52.94 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0630  thioredoxin  53.85 
 
 		 107 aa  123  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000762931  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  54.55 
 
 		 108 aa  122  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  51.92 
 
 		 108 aa  122  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1456  thioredoxin  52.48 
 
 		 108 aa  122  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.724668  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0810  thioredoxin  56.7 
 
 		 107 aa  122  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.195011 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1830  thioredoxin  56.99 
 
 		 107 aa  122  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.260875 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0927  thioredoxin  54.9 
 
 		 108 aa  122  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00418006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_599  thioredoxin  53.85 
 
 		 107 aa  122  2e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000130429  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9377  thioredoxin  50.48 
 
 		 107 aa  122  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3312  thioredoxin  59.14 
 
 		 109 aa  122  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.124332  normal  0.074373 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0351  thioredoxin  55.67 
 
 		 107 aa  122  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.537931  normal  0.872759 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  54.55 
 
 		 108 aa  122  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2793  thioredoxin  53.47 
 
 		 107 aa  122  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526009  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  54.55 
 
 		 108 aa  122  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  122  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  0.0000724164 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000515955  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000236523  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  55.1 
 
 		 107 aa  121  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  49.5 
 
 		 108 aa  121  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  121  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1344  thioredoxin  53.47 
 
 		 107 aa  121  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00788637  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0832  thioredoxin  53.77 
 
 		 105 aa  121  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  52.53 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>