More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0358 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0358  ABC transporter related  100 
 
 
270 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.996244 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0576  ABC transporter related  80 
 
 
264 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.490377  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0129  ABC transporter related  85.23 
 
 
264 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0061  ABC transporter related  81.71 
 
 
269 aa  405  1e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7658  putative ABC transporter, ATP-binding protein  80 
 
 
241 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133914  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0435  ABC transporter related  61.02 
 
 
245 aa  286  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2238  ABC transporter related  56.12 
 
 
246 aa  270  2e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0769136  normal  0.0562594 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0126  ABC transporter component  58.54 
 
 
271 aa  268  5e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959991  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3169  ABC transporter, ATPase subunit  47.28 
 
 
250 aa  221  8e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.386052  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3286  ABC transporter-related protein  48.51 
 
 
250 aa  219  4e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.874938  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3360  ABC transporter related  47.28 
 
 
250 aa  218  8e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1617  ABC transporter related  48.94 
 
 
259 aa  200  2e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2783  ABC transporter-related protein  41.85 
 
 
244 aa  182  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.474433  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0363  ABC transporter related  35.92 
 
 
243 aa  172  4e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0340  ABC transporter related  35.51 
 
 
243 aa  169  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0113  ABC transporter related  38.72 
 
 
241 aa  169  6e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2942  ABC transporter related protein  37.14 
 
 
251 aa  167  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3159  ABC transporter, 2 fused ATPase and 1 inner membrane subunits  39.75 
 
 
901 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.827226  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1683  ABC transporter related  37.5 
 
 
314 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4964  ABC transporter related  37.45 
 
 
327 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.763895  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3896  ABC transporter related  39.33 
 
 
901 aa  158  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.184002 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1824  ABC transporter related  39.5 
 
 
926 aa  158  8e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3538  ABC transporter related  36.93 
 
 
323 aa  158  8e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3558  ABC transporter related  37.93 
 
 
307 aa  157  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0440586  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0809  ABC transporter-related protein  38.98 
 
 
257 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0018  ABC transporter related  36.97 
 
 
909 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2172  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  37.72 
 
 
317 aa  157  3e-37  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0167  response regulator receiver domain-containing protein  37.15 
 
 
921 aa  157  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000281851 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  37.25 
 
 
914 aa  156  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1350  ABC transporter, ATP binding/permease protein  36.96 
 
 
922 aa  156  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1033  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  40.17 
 
 
317 aa  156  4e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.100021 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0170  ABC-2 type transport system  38.03 
 
 
925 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.476544  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_2014  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  40.6 
 
 
317 aa  155  8e-37  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  2.25656e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0981  ABC transporter related  39.46 
 
 
325 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1108  ABC transporter related  37.25 
 
 
255 aa  154  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.298542 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3370  ABC transporter, ATP-binding protein  38.25 
 
 
356 aa  153  3e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0614768  decreased coverage  0.00407786 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1121  ABC transporter, ATP-binding protein  36.64 
 
 
306 aa  152  4e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4391  ABC transporter related  39.65 
 
 
319 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.052423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0316  ABC transporter related  37.18 
 
 
901 aa  152  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3577  ABC transporter related  36.65 
 
 
930 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3024  ABC transporter related  39.11 
 
 
338 aa  152  5e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0851155  normal  0.0538989 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4919  nodulation factor exporter subunit NodI  37.18 
 
 
342 aa  152  6e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0789  ABC transporter related  39.11 
 
 
360 aa  152  6e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1484  nodulation ABC transporter NodI  40 
 
 
309 aa  152  8e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.374303  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0295  ABC transporter related  38.18 
 
 
315 aa  151  9e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4202  ABC transporter related  34.41 
 
 
335 aa  151  9e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.933672  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7849  ABC transporter permease ATP-binding protein  37.44 
 
 
915 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0180786  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3660  ABC transporter permease ATP-binding protein  37.25 
 
 
924 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.388882  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2776  response regulator receiver domain-containing protein  35.43 
 
 
1089 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.591057  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5207  ABC transporter permease/ATP-binding protein  36.89 
 
 
906 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468455  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5115  ABC transporter related  37.24 
 
 
906 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1339  ABC transporter, ATP-binding protein  36.44 
 
 
306 aa  150  2e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2121  ABC transporter related protein  36.29 
 
 
315 aa  150  2e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0231  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  37.28 
 
 
316 aa  150  2e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.158088 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0522  ABC transporter related  38.72 
 
 
287 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000861338  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0536  ABC transporter related  38.96 
 
 
912 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.94583  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1150  ABC transporter related  36.44 
 
 
306 aa  150  2e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0749  ABC transporter related  35.16 
 
 
904 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118496  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0165  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  35.04 
 
 
1079 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243814  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1309  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  35.04 
 
 
1071 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0744  ABC transporter related  36.23 
 
 
332 aa  150  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0297534  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2633  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  35.29 
 
 
1066 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5268  ABC transporter related  36.48 
 
 
906 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155488  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0139  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  35.04 
 
 
1071 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1039  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  35.04 
 
 
1082 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4686  ABC transporter related  37.76 
 
 
912 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.248247 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4831  ABC transporter, ATP binding protein  34.84 
 
 
911 aa  149  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2682  ABC transporter-like  36.51 
 
 
326 aa  149  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.241225  normal  0.53563 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3775  ABC transporter, ATP binding protein  34.84 
 
 
911 aa  149  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3968  ABC transporter, ATP binding protein  34.84 
 
 
911 aa  149  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3836  ABC transporter, ATP binding protein  34.84 
 
 
911 aa  149  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.932304  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2686  ABC transporter, ATP-binding protein  34.77 
 
 
930 aa  149  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3685  ABC transporter, ATP binding protein  34.84 
 
 
911 aa  149  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03336  fused ribosome-associated ATPase: ATP-binding protein/ATP-binding protein/predicted membrane protein  34.84 
 
 
911 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0228  ABC transporter related protein  34.84 
 
 
911 aa  149  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0229  ABC transporter related  34.84 
 
 
911 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03288  hypothetical protein  34.84 
 
 
911 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4576  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  36.03 
 
 
343 aa  149  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0885138  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4160  ABC transporter related  35.12 
 
 
314 aa  149  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4915  ABC transporter related  38.11 
 
 
933 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2706  ABC transporter related protein  37.39 
 
 
369 aa  149  6e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  1.23322e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0500  ABC transporter related  38.55 
 
 
912 aa  149  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3790  ABC transporter related  37.8 
 
 
912 aa  149  6e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0315  putative bacitracin ABC transporter, ATP-binding protein  35.65 
 
 
309 aa  149  7e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0256  bacitracin ABC transporter, ATP-binding protein  35.22 
 
 
309 aa  148  7e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0271  bacitracin ABC transporter ATP-binding protein  35.65 
 
 
309 aa  149  7e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0285  bacitracin ABC transporter ATP-binding protein  35.65 
 
 
309 aa  149  7e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1528  ABC transporter related  37.92 
 
 
246 aa  148  7e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479266  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2057  ABC transporter related  35.87 
 
 
329 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1358  ABC transporter related protein  37.61 
 
 
334 aa  148  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1546  ABC transporter related protein  41.31 
 
 
341 aa  148  8e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1144  ABC transporter related  35.74 
 
 
312 aa  148  8e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4664  ABC transporter related  38.89 
 
 
927 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.113948 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1284  ABC transporter related  36.48 
 
 
329 aa  148  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.980121 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2031  ABC transporter related  35.87 
 
 
329 aa  148  9e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9217  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  35.66 
 
 
913 aa  148  1e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.808205  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1431  ABC transporter related  39.73 
 
 
316 aa  147  1e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3216  hypothetical protein  35.69 
 
 
901 aa  147  1e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.881603  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0565  ABC transporter related  38.15 
 
 
912 aa  147  1e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620253  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0759  ABC transporter related  35.74 
 
 
918 aa  148  1e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207246  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>