More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0354 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0354  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  100 
 
 
333 aa  674    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0616  glycolate reductase  90.99 
 
 
333 aa  624  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.164009  normal  0.739165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0426  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  89.19 
 
 
333 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0217  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  89.49 
 
 
333 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.660632  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0073  putative glyoxylate reductase  87.69 
 
 
333 aa  607  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.692518 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0045  glycolate reductase  87.99 
 
 
333 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0037  2-hydroxyacid dehydrogenase  86.19 
 
 
333 aa  595  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.256698 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4126  glyoxylate reductase  75.3 
 
 
333 aa  518  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23218  normal  0.483261 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2232  glyoxylate reductase  75 
 
 
334 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770624  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0378  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  73.8 
 
 
334 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3943  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  71.47 
 
 
333 aa  502  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0511  glyoxylate reductase  72.21 
 
 
331 aa  497  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.503847  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0421  glyoxylate reductase  73.27 
 
 
334 aa  497  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0491  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  73.27 
 
 
334 aa  497  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.159466 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0454  Glyoxylate reductase  73.27 
 
 
334 aa  497  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461257  normal  0.15119 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2688  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  72.12 
 
 
332 aa  497  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265599  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0734  glyoxylate reductase  71.08 
 
 
334 aa  493  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.995552  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2485  Glyoxylate reductase  71.6 
 
 
331 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2089  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  70.48 
 
 
360 aa  489  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2177  2-hydroxyacid dehydrogenase  70.48 
 
 
334 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4409  Glyoxylate reductase  69.49 
 
 
333 aa  481  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4089  Glyoxylate reductase  70.69 
 
 
333 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3380  glyoxylate reductase  69.18 
 
 
357 aa  479  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254511  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0314  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  68.28 
 
 
334 aa  473  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907206  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5058  glyoxylate reductase  68.09 
 
 
328 aa  473  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3643  glyoxylate reductase  67.58 
 
 
330 aa  455  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000307425 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3790  glycolate reductase  69.7 
 
 
328 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0480  glycolate reductase  64.31 
 
 
328 aa  431  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2970  glyoxylate reductase  64.92 
 
 
328 aa  427  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0915  glycolate reductase  61.23 
 
 
328 aa  416  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1941  glyoxylate reductase  65.23 
 
 
336 aa  402  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  decreased coverage  0.00730231 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0987  glyoxylate reductase  64.62 
 
 
328 aa  394  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2313  2-hydroxyacid dehydrogenase  64.31 
 
 
328 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.48395  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2187  glyoxylate reductase  64 
 
 
328 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.521168  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0778  glycolate reductase  56.31 
 
 
332 aa  369  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4583  glyoxylate reductase  56 
 
 
332 aa  335  5e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2308  glycolate reductase  51.38 
 
 
339 aa  334  1e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1407  2-hydroxyacid dehydrogenase  44 
 
 
323 aa  268  1e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1815  glycolate reductase  44.31 
 
 
323 aa  260  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.802319  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2390  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.68 
 
 
324 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.129625 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1872  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.55 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3322  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.02 
 
 
323 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1147  glyoxylate reductase  43.12 
 
 
317 aa  250  3e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0089  Glyoxylate reductase  43.35 
 
 
319 aa  249  6e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1522  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.09 
 
 
320 aa  248  8e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.417299  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2807  glyoxylate reductase  42.41 
 
 
321 aa  242  7.999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.949498 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3914  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.51 
 
 
327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.430325 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2897  Glyoxylate reductase  42.72 
 
 
327 aa  231  1e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000351696  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0731  Glyoxylate reductase  42.81 
 
 
322 aa  230  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2082  putative glyoxylate reductase  42.63 
 
 
311 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1344  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.56 
 
 
338 aa  227  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000916966  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5114  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.91 
 
 
323 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21840  glycerate dehydrogenase  46.24 
 
 
274 aa  224  1e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0628061  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2820  Glyoxylate reductase  38.3 
 
 
334 aa  223  3e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566306  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0025  lactate dehydrogenase related enzyme  36.88 
 
 
319 aa  221  9.999999999999999e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1954  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.2 
 
 
329 aa  221  1.9999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0249135 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5902  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic region:D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.36 
 
 
327 aa  220  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0476763  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3042  Glyoxylate reductase  41.74 
 
 
324 aa  220  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0619  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding protein  42.94 
 
 
327 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3011  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.86 
 
 
315 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2029  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.81 
 
 
331 aa  216  4e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.658247 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1325  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.37 
 
 
315 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3366  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase  42.86 
 
 
315 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5009  Glyoxylate reductase  44.48 
 
 
345 aa  214  9.999999999999999e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0052  Glyoxylate reductase  41.23 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12970  lactate dehydrogenase-like oxidoreductase  41.23 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0625  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.48 
 
 
322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.464742 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0350  Glyoxylate reductase  41.05 
 
 
319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2536  Glyoxylate reductase  40.06 
 
 
318 aa  212  7e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.400778  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0823  glyoxylate reductase  39.01 
 
 
339 aa  211  1e-53  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3073  Glyoxylate reductase  39.01 
 
 
322 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0551614  normal  0.953247 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0892  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.94 
 
 
318 aa  210  3e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0266088  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2196  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.44 
 
 
316 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00601884  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2957  Glyoxylate reductase  39.21 
 
 
320 aa  206  4e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000000853458  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3049  Glyoxylate reductase  38.7 
 
 
322 aa  206  5e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0592  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  35.67 
 
 
326 aa  205  9e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.80162  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2388  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  37.42 
 
 
323 aa  205  9e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00285003  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4324  glyoxylate reductase  40.06 
 
 
341 aa  205  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0151043  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0216  glyoxylate reductase  40.06 
 
 
340 aa  204  1e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2643  putative glycerate dehydrogenase  39.44 
 
 
316 aa  203  4e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3326  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  36.53 
 
 
316 aa  202  6e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1078  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.34 
 
 
323 aa  202  7e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1337  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.44 
 
 
323 aa  202  7e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4738  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  36.76 
 
 
335 aa  202  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.373917 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1299  glycerate dehydrogenase  40.44 
 
 
323 aa  200  3e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1370  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  36.79 
 
 
326 aa  200  3e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2490  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  36.79 
 
 
326 aa  200  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.56603  normal  0.0359578 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1298  glycerate dehydrogenase  40.13 
 
 
323 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.952061  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6081  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  44.61 
 
 
320 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.582344 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1700  glyoxylate reductase  37.95 
 
 
329 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142261  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1325  glycerate dehydrogenase  40.44 
 
 
323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1506  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  40.44 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0180022 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1434  glycerate dehydrogenase  40.44 
 
 
323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.215188  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1535  glycerate dehydrogenase  39.5 
 
 
323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0384  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  36.31 
 
 
338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0256  glyoxylate reductase  37.5 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.466331 
 
 
-
 
NC_003296  RS05388  2-hydroxyacid dehydrogenase  37.39 
 
 
331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2941  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.13 
 
 
324 aa  196  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.320124 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1989  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  35.74 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000514509 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0476  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.32 
 
 
319 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>