95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0340 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0340  hypothetical protein  100 
 
 
265 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0169  hypothetical protein  75.49 
 
 
265 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0220  hypothetical protein  73.23 
 
 
261 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0078  hypothetical protein  77.91 
 
 
257 aa  369  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0042  conserved hypothetical protein, putative alpha/beta hydrolase superfamily  74.7 
 
 
261 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0070  hypothetical protein  75.1 
 
 
257 aa  366  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.105753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0067  hypothetical protein  75.1 
 
 
264 aa  362  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0804  hypothetical protein  57.03 
 
 
259 aa  281  5.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2092  hypothetical protein  64.32 
 
 
258 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.282599 
 
 
-
 
NC_004310  BR2116  hypothetical protein  56.03 
 
 
263 aa  275  4e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2031  putative benzoate transport protein  58.75 
 
 
647 aa  275  7e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3160  hypothetical protein  54.23 
 
 
255 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.254415  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1622  hypothetical protein  56.61 
 
 
271 aa  256  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0067083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4740  hypothetical protein  57.66 
 
 
252 aa  254  8e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1904  hypothetical protein  56.2 
 
 
283 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.490792 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4266  putative hydrolase protein  54.09 
 
 
274 aa  251  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4531  putative hydrolase protein  54.12 
 
 
277 aa  251  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.213453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0670  hypothetical protein  54.32 
 
 
257 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0199  hypothetical protein  51.32 
 
 
269 aa  249  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1340  hypothetical protein  52.17 
 
 
259 aa  249  3e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4230  hypothetical protein  53.88 
 
 
252 aa  249  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00845825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0639  hypothetical protein  55.69 
 
 
272 aa  248  6e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0484381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1199  alpha/beta hydrolase fold  52.57 
 
 
290 aa  246  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3482  hypothetical protein  49.25 
 
 
272 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00930264  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0204  alpha/beta hydrolase fold  52.19 
 
 
264 aa  229  5e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1614  alpha/beta hydrolase fold  57.64 
 
 
265 aa  225  6e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0433205  decreased coverage  0.000315383 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0384  hypothetical protein  49.79 
 
 
254 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.72124  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2038  hypothetical protein  49.79 
 
 
248 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.965886  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0956  hypothetical protein  48.36 
 
 
249 aa  200  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0852  alpha/beta fold family hydrolase/acetyltransferase-like protein  48.35 
 
 
248 aa  199  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2193  hypothetical protein  47.11 
 
 
252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0195926  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1720  hypothetical protein  44.22 
 
 
247 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3377  Alpha/beta hydrolase fold  45.19 
 
 
256 aa  196  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.189225  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1102  hypothetical protein  44.35 
 
 
249 aa  188  7e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0231031  normal  0.0560372 
 
 
-
 
NC_002978  WD0802  alpha/beta fold family hydrolase  39.17 
 
 
253 aa  181  8.000000000000001e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2243  hypothetical protein  43.25 
 
 
251 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0679  Alpha/beta hydrolase  36.84 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0687  alpha/beta hydrolase fold  43.33 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0326  alpha/beta fold family hydrolase  35.39 
 
 
260 aa  172  6.999999999999999e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0208  alpha/beta hydrolase  44.21 
 
 
248 aa  163  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2757  hypothetical protein  43.32 
 
 
244 aa  162  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128442  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0472  putative hydrolase  35.24 
 
 
279 aa  143  3e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.465833  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0544  hypothetical protein  33.18 
 
 
276 aa  91.3  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00193081  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0700  hypothetical protein  33.18 
 
 
276 aa  91.3  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000140392  hitchhiker  0.000000000902529 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0212  dipeptidylaminopeptidase/acylaminoacyl- peptidase-like protein  24.69 
 
 
257 aa  63.9  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0601  dienelactone hydrolase  27.18 
 
 
259 aa  60.1  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1150  dienelactone hydrolase  22.69 
 
 
254 aa  56.2  0.0000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5429  OsmC family protein  28.99 
 
 
397 aa  55.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0986  hypothetical protein  30.72 
 
 
218 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.749741 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2376  putative redox protein  27.64 
 
 
259 aa  52.4  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0322  dipeptidylaminopeptidase/acylaminoacyl- peptidase-like protein  29.37 
 
 
274 aa  51.6  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000337661  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.75 
 
 
370 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1379  protein of unknown function UPF0227  24.41 
 
 
214 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.510697 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0457  Lysophospholipase-like protein  25.88 
 
 
274 aa  51.2  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.32 
 
 
370 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2582  peptidase S15  24.1 
 
 
258 aa  49.7  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1387  alpha/beta hydrolase fold  24.77 
 
 
275 aa  48.9  0.00008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.062595  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0798  hydrolase, putative  27.4 
 
 
246 aa  48.9  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1762  alpha/beta fold family hydrolase  34.78 
 
 
260 aa  48.5  0.0001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000326151  normal  0.089199 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5571  OsmC family protein  25.89 
 
 
408 aa  48.5  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0439292 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0132  protein of unknown function UPF0227  27.32 
 
 
216 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.440551  hitchhiker  0.0000000954344 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1279  dipeptidyl aminopeptidase/acylaminoacyl-peptidase-like protein  25.75 
 
 
261 aa  47.4  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000359236  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.59 
 
 
371 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0453  hypothetical protein  33.04 
 
 
239 aa  47.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.629046 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2450  hypothetical protein  26.11 
 
 
258 aa  47.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.59 
 
 
371 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5143  alpha/beta hydrolase fold protein  26.1 
 
 
275 aa  47  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3394  hypothetical protein  36.11 
 
 
251 aa  47  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.689408  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.59 
 
 
371 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.43 
 
 
368 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.11 
 
 
370 aa  47  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0776  protein of unknown function UPF0227  26.23 
 
 
213 aa  45.8  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3422  hydrolase-like protein  26.51 
 
 
264 aa  45.4  0.0008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0135  protein of unknown function UPF0227  26.8 
 
 
216 aa  45.4  0.0009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.17 
 
 
370 aa  45.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0227  hypothetical protein  33.82 
 
 
257 aa  43.9  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0929  putative hydrolase  25.12 
 
 
252 aa  44.3  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.119531  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.4 
 
 
368 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.65 
 
 
371 aa  43.9  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0234  alpha/beta hydrolase fold protein  25 
 
 
256 aa  43.5  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.104073 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6666  alpha/beta hydrolase fold  40.62 
 
 
294 aa  43.9  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.203299  normal  0.734858 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1777  OsmC-like protein  26.29 
 
 
410 aa  43.9  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0113862  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.4 
 
 
368 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.4 
 
 
370 aa  43.5  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4103  OsmC family protein  28.47 
 
 
402 aa  43.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4297  prolyl oligopeptidase family protein  30.61 
 
 
242 aa  42.7  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0222  alpha/beta hydrolase fold  32.94 
 
 
308 aa  43.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.267301 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1664  alpha/beta hydrolase fold  26.61 
 
 
341 aa  43.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  38.37 
 
 
374 aa  42.7  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17390  hypothetical protein  31.82 
 
 
268 aa  42.7  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08180  carboxylesterase  23.88 
 
 
266 aa  42.4  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1684  alpha/beta fold family hydrolase-like protein  31.25 
 
 
248 aa  42.4  0.008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0152  alpha/beta hydrolase fold  23.04 
 
 
279 aa  42.4  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0159  alpha/beta hydrolase fold protein  22.83 
 
 
279 aa  42  0.01  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.81 
 
 
372 aa  42  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>