More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0289 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0289  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 234 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  76.81 
 
 		 233 aa  332  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  71.24 
 
 		 237 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0295  16S rRNA methyltransferase GidB  74.64 
 
 		 223 aa  311  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0166  16S rRNA methyltransferase GidB  72.36 
 
 		 222 aa  302  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.851437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0104  16S rRNA methyltransferase GidB  73 
 
 		 260 aa  300  9e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0096  16S rRNA methyltransferase GidB  68.54 
 
 		 277 aa  295  4e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.118813 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1027  methyltransferase GidB  45.93 
 
 		 212 aa  175  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.707991  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1655  methyltransferase GidB  48.73 
 
 		 211 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145416  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1409  methyltransferase GidB  48.06 
 
 		 212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302587  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4092  methyltransferase GidB  47.78 
 
 		 211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.295538  normal  0.0121134 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1863  methyltransferase GidB  48.22 
 
 		 211 aa  171  9e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0828096 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1584  methyltransferase GidB  48.22 
 
 		 211 aa  168  6e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.047924 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5025  methyltransferase GidB  43.63 
 
 		 221 aa  159  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.692099 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1835  16S rRNA methyltransferase GidB  47.09 
 
 		 245 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0884797  normal  0.317572 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1275  methyltransferase GidB  44.78 
 
 		 226 aa  156  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3470  16S rRNA methyltransferase GidB  43.27 
 
 		 210 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4255  16S rRNA methyltransferase GidB  42.71 
 
 		 205 aa  151  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.412528  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0860  16S rRNA methyltransferase GidB  45.08 
 
 		 213 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4387  16S rRNA methyltransferase GidB  41.79 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1980  16S rRNA methyltransferase GidB  46.11 
 
 		 213 aa  149  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2060  16S rRNA methyltransferase GidB  46.11 
 
 		 213 aa  148  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.774916  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1286  methyltransferase GidB  42.64 
 
 		 221 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3203  16S rRNA methyltransferase GidB  40.72 
 
 		 213 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3929  16S rRNA methyltransferase GidB  41.67 
 
 		 205 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.441954 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3626  glucose inhibited division protein  42.45 
 
 		 201 aa  135  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0012  16S rRNA methyltransferase GidB  38.27 
 
 		 215 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017889  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2589  methyltransferase GidB  39.77 
 
 		 219 aa  131  9e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.103455 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1938  methyltransferase GidB  39.39 
 
 		 209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.599081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2962  methyltransferase GidB  39.42 
 
 		 207 aa  128  9.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0201  methyltransferase GidB  40.41 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2866  methyltransferase GidB  37.44 
 
 		 205 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0426802  normal  0.092936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3456  methyltransferase GidB  39.25 
 
 		 195 aa  125  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2665  methyltransferase GidB  41.62 
 
 		 208 aa  122  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102332  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0005  methyltransferase GidB  37.17 
 
 		 193 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1228  putative GidB, glucose inhibited division protein  39.49 
 
 		 206 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2889  methyltransferase GidB  39.49 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2847  methyltransferase GidB  34.67 
 
 		 217 aa  97.8  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.165278 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2405  methyltransferase GidB  41.75 
 
 		 217 aa  92.4  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.897894  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  37.35 
 
 		 236 aa  87.8  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4980  methyltransferase GidB  35.91 
 
 		 210 aa  85.9  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3754  methyltransferase GidB  31.4 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0139272 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9051  16S rRNA methyltransferase GidB  33.92 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0166723  normal  0.835328 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3112  16S rRNA methyltransferase GidB  37.25 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.26699  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7094  methyltransferase GidB  30.61 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0693  methyltransferase GidB  28.65 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.108298  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2855  methyltransferase GidB  32.51 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2553  methyltransferase GidB  33.13 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000314957  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  34.48 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4508  methyltransferase GidB  30.93 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0275677 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3590  methyltransferase GidB  30.12 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0001  methyltransferase GidB  34.24 
 
 		 209 aa  77.8  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0073145  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0135  methyltransferase GidB  32.4 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4859  methyltransferase GidB  31.41 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6482  methyltransferase GidB  34.57 
 
 		 213 aa  77.4  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0936076 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4588  16S rRNA methyltransferase GidB  37.17 
 
 		 242 aa  77  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.188204  hitchhiker  0.000465387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9385  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase involved in cell division-like protein  28.77 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5410  methyltransferase GidB  37.74 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5091  methyltransferase GidB  34.84 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4695  methyltransferase GidB  33.51 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0675107  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0042  methyltransferase GidB  35.8 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6073  16S rRNA methyltransferase GidB  30.16 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.942341  normal  0.22977 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3084  16S rRNA methyltransferase GidB  34.09 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.247732  unclonable  0.0000000260442 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0833  16S rRNA methyltransferase GidB  30.05 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  32.73 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5784  16S rRNA methyltransferase GidB  31.65 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0206259 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5106  16S rRNA methyltransferase GidB  36.96 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000203893 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2407  16S rRNA methyltransferase GidB  27.54 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4238  methyltransferase GidB  33.74 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0051  16S rRNA methyltransferase GidB  34.19 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3365  16S rRNA methyltransferase GidB  36.48 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.653683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1035  16S rRNA methyltransferase GidB  30.58 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.943257  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23430  16S rRNA methyltransferase GidB  31.08 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4220  methyltransferase GidB  37.5 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.113234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0807  16S rRNA methyltransferase GidB  27.85 
 
 		 231 aa  72  0.000000000007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5408  16S rRNA methyltransferase GidB  31.01 
 
 		 225 aa  72  0.000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_38010  glucose-inhibited division protein B  33.33 
 
 		 210 aa  72  0.000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  31.01 
 
 		 225 aa  72  0.000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0894552  normal  0.113174 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6920  methyltransferase GidB  31.89 
 
 		 207 aa  72  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.884506 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0911  16S rRNA methyltransferase GidB  30.81 
 
 		 212 aa  72  0.000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3558  glucose inhibited division protein  34.69 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2156  methyltransferase GidB  37.74 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  36.07 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5944  methyltransferase GidB  36.23 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2147  methyltransferase GidB  33.7 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3374  methyltransferase GidB  31.87 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23540  methyltransferase GidB  31.29 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1749  16S rRNA methyltransferase GidB  27.53 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3722  methyltransferase GidB  32.43 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000000027143  hitchhiker  0.00000187347 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  28.42 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4542  16S rRNA methyltransferase GidB  31.32 
 
 		 265 aa  67.8  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  28.96 
 
 		 214 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18741  16S rRNA methyltransferase GidB  29.49 
 
 		 248 aa  67  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.947759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0209  16S rRNA methyltransferase GidB  31.28 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.444443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  30.12 
 
 		 204 aa  67.4  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1318  methyltransferase GidB  30.65 
 
 		 219 aa  67  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0582047 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2756  methyltransferase GidB  28.04 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  30.12 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2517  methyltransferase GidB  29.47 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00460923  hitchhiker  0.00173513 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03243  16S rRNA methyltransferase GidB  31.69 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>