244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0279 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 
149 aa  292  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  76.87 
 
 
148 aa  228  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  74.15 
 
 
148 aa  221  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  66.44 
 
 
149 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  62.59 
 
 
149 aa  174  4e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  59.73 
 
 
160 aa  169  7.999999999999999e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  62.86 
 
 
138 aa  166  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  36.24 
 
 
151 aa  93.6  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.24 
 
 
151 aa  92.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 
161 aa  89.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  38.46 
 
 
151 aa  84.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 
163 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  37.31 
 
 
168 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 
150 aa  79  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  33.85 
 
 
155 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  36.13 
 
 
149 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  33.85 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.97 
 
 
155 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  35.46 
 
 
151 aa  73.2  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  29.53 
 
 
154 aa  72.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  33.79 
 
 
147 aa  72.4  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
152 aa  72.4  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
153 aa  70.9  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  32.84 
 
 
147 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
153 aa  71.2  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  32.33 
 
 
151 aa  69.7  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  30.61 
 
 
155 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  29.05 
 
 
154 aa  69.7  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  33.59 
 
 
159 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  32.09 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  32.09 
 
 
151 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  29.85 
 
 
149 aa  62  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  30.65 
 
 
150 aa  62.8  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  28.87 
 
 
154 aa  62.8  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  29.1 
 
 
149 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  29.85 
 
 
194 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  34.68 
 
 
164 aa  60.5  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  33.33 
 
 
225 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  30.71 
 
 
570 aa  56.6  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
449 aa  56.6  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 
222 aa  56.2  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  32.95 
 
 
238 aa  55.8  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.34 
 
 
225 aa  55.5  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  35.71 
 
 
226 aa  55.8  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  29.81 
 
 
729 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13760  hypothetical protein  35.63 
 
 
1065 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.217439 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
234 aa  54.3  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.19 
 
 
211 aa  54.7  0.0000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  28.85 
 
 
214 aa  53.1  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.62 
 
 
257 aa  53.5  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 
472 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.91 
 
 
231 aa  52.8  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  29.66 
 
 
222 aa  53.5  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.5 
 
 
228 aa  52.8  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04510  cyclic nucleotide-binding domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G03170)  29.17 
 
 
923 aa  51.6  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  31.93 
 
 
224 aa  52  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2678  cyclic nucleotide-binding protein  34.65 
 
 
1017 aa  52  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0916435  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.62 
 
 
239 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.71 
 
 
219 aa  51.6  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3120  predicted protein  28.18 
 
 
241 aa  51.6  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.81 
 
 
227 aa  51.6  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  28.47 
 
 
261 aa  50.8  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.36 
 
 
220 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  26.67 
 
 
160 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.72 
 
 
624 aa  49.7  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0798  transcription regulator  25.69 
 
 
213 aa  50.1  0.00001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892201  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.5 
 
 
230 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  34.91 
 
 
598 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.83 
 
 
212 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.13 
 
 
223 aa  49.3  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
226 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.54 
 
 
225 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.41 
 
 
236 aa  48.5  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  27.1 
 
 
215 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
227 aa  48.9  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
225 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
246 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.5 
 
 
225 aa  48.5  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.24 
 
 
225 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
225 aa  48.1  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  33.64 
 
 
583 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  32 
 
 
261 aa  48.1  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3676  cyclic nucleotide-binding protein  30.97 
 
 
1043 aa  47.8  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.88824  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  27.1 
 
 
215 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.68 
 
 
228 aa  47.8  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82287  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit)  29.17 
 
 
441 aa  47.8  0.00005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.770378 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.76 
 
 
237 aa  47.4  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
229 aa  47  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
254 aa  47  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  23.91 
 
 
225 aa  47  0.00009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
165 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
241 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.36 
 
 
238 aa  46.2  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  25.83 
 
 
495 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
228 aa  47  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4383  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.13 
 
 
221 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140178  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.9 
 
 
229 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  26.28 
 
 
245 aa  45.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.73 
 
 
228 aa  46.2  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  30.5 
 
 
286 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>