74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0231 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  100 
 
 		 126 aa  254  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  75.4 
 
 		 126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  59.35 
 
 		 124 aa  146  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  59.48 
 
 		 125 aa  145  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  55.17 
 
 		 123 aa  140  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  58.4 
 
 		 126 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  54.31 
 
 		 123 aa  135  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  56.03 
 
 		 126 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  59.48 
 
 		 119 aa  130  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  50.86 
 
 		 126 aa  130  6.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  54.31 
 
 		 128 aa  127  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  55.17 
 
 		 127 aa  124  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  48.7 
 
 		 118 aa  124  5e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  56.03 
 
 		 127 aa  123  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  48.74 
 
 		 121 aa  123  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  48.7 
 
 		 125 aa  122  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  50.42 
 
 		 125 aa  122  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  51.72 
 
 		 119 aa  121  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  44.07 
 
 		 125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  46.4 
 
 		 401 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  46.49 
 
 		 120 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 125 aa  110  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  47.83 
 
 		 118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  47.06 
 
 		 125 aa  108  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  54.39 
 
 		 127 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 125 aa  107  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 123 aa  106  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  41.23 
 
 		 117 aa  100  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 134 aa  99  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  40.34 
 
 		 140 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  38.6 
 
 		 137 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  40.17 
 
 		 124 aa  86.3  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  36.44 
 
 		 141 aa  84.3  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  36.44 
 
 		 152 aa  84  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 409 aa  84  7e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  38.39 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  39.64 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  30.33 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 124 aa  70.5  0.000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  35.54 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  29.84 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1597  helix-turn-helix domain protein  29.03 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  29.75 
 
 		 155 aa  53.1  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  57.14 
 
 		 334 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  25.42 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  29.79 
 
 		 132 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  28.72 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  27.93 
 
 		 135 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  31.2 
 
 		 138 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  31.2 
 
 		 138 aa  47  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  31.2 
 
 		 138 aa  47  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.2 
 
 		 138 aa  47  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  37.68 
 
 		 80 aa  47  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  31.2 
 
 		 138 aa  47  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  31.2 
 
 		 138 aa  47  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  31.2 
 
 		 138 aa  47  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  30.86 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  31.2 
 
 		 138 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  26.55 
 
 		 132 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 143 aa  45.4  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  27.59 
 
 		 139 aa  43.9  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  28.45 
 
 		 139 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 121 aa  43.5  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  26.55 
 
 		 138 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  27.88 
 
 		 140 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  27.88 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  26.72 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  22.81 
 
 		 157 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  22.81 
 
 		 179 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  25.42 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  25.42 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  25.42 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  25.42 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  25.42 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>